随着国际资本流动、贸易往来和劳务交流的发展，在国际经济领域中，国际双重征税问题，已是跨国投资者和各国政府共同关心的问题。此外，根据税收的国际惯例和我国与有关国家（地区）签订的税收协定，《企业所得税法》和《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》（财税[2009]125号文件）对有关免除国际重复征税的问题也作了具体规定。
（一）居民纳税人境外缴纳税款的扣除
税法规定，对负有居民纳税义务的居民企业，其来源于中国境外的所得已在境外缴纳的所得税税款，可以在汇总缴纳所得税时，从其应纳税额中扣除。但扣除限额不得超过其境外所得依照我国税法计算的应纳税额。扣除限额应当分国（分地区）不分项计算。
（1）计算公式：
1）境外所得税税款抵扣限额=境内、境外所得按税法计算的应纳税总额×来源于某外国的所得÷境内、境外所得总额
2）汇总计算应纳所得税总额=境内、境外所得总额×适用税率-境外所得税税款抵扣额
（2）运用上述公式计算境外所得税扣除限额和汇总应纳所得税额时，应注意以下几个问题：
1）第一个公式中的“应纳税总额”，包括企业所得税税额和地方所得税税额。
2）扣除限额采取“分国（分地区）不分项”原则，其中的“分国”，是指居民企业在境外两个或两个以上的国家（地区）设有机构，应分别不同国家（地区）计算税收抵扣限额。所谓“不分项”，是指居民企业在同一国家或同—地区，如果既获得营业利润，又有间接投资取得的利息，特许权使用费等项所得，那么，在确定扣除限额时，可不逐一区分各项所得，而是分别按照在每个国家（地区）取得的所得总额计算税收抵扣限额。
（3）居民企业来源于境外的所得在境外实际缴纳的所得税税款，超过抵扣限额的，其超过部分不得作为税额扣除，也不得列为费用支出，但可以用以后年度税额扣除不超过限额的余额补扣，补扣期限最长不得超过5年。(www.xing528.com)
（4）所得税税额抵免限额的规定，仅适用总机构设在中国境内的居民企业。居民企业在抵免税款时，应提供境外税务机关填发的同一年度纳税凭证原件，不得用复印件或不同年度的纳税凭证作为抵免税款的凭证。
例11-2
某企业于2009年度取得境内生产经营应纳税所得额300万元；设在A国的分公司取得所得150万元，已在A国缴纳所得税60万元。计算该企业境外缴纳税款的扣除限额及在我国汇总缴纳的企业所得税税额。
1）境外所得税税款抵扣限额=（300+150）×25%×150÷（300+150）=37.50（万元）
2）汇总计算应纳税所得额=（300+150）×25%-37.50=75（万元）
留待以后5年内继续抵扣的余额=60-37.50=22.50（万元）
（二）非居民纳税人境外缴纳税款的扣除
外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所，从中国境外取得的与该机构、场所有实际联系的股息、红利、利息、租金、特许权使用费和其他所得，应视归属于中国境内机构的所得，如果这部分所得被境外税务当局征收了企业所得税，除国家另有规定者外，其在境外已缴纳的企业所得税税款可以作为费用扣除。
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