西学之风渐盛，在朝廷的明文鼓励下，学校所授诸知识不再限于四书五经，转而尊崇西方实用科学。仅仅就其所习内容而言，朝廷试图将“中学”和“西学”兼容，纳入学生的学习内容之中。在考核体系和选拔层级、职名方面，学堂仍固守旧有的制度。如宣统元年（1909年）选拔优生，仍“由提学司饬据各属，切实保送，先行分场认真口试，秉公遴选。复由臣亲自覆试，严加甄录，照章取录。择拔生两名、优生五名，先后榜示晓谕”[33]。在选拔学生之时，官方所依之程序仍为旧制。在清廷正式下令广设学堂之时便强调，“学堂本古学校之制，其奖励出身，又与科举无异。历次定章，原以修身读经为本，各门科学，又皆切于实用，是在官绅申明宗旨”[34]。根据清廷之意，学堂与古代之学校形制差别并不大，甚至将其视为依古学校之制而建，只是学生所习内容趋向于实用之学。实际上这是西学盛行于中国后官方对其进行本土化的改造，试图以此让求学诸生仍沉浸于“古学校”体制尚未发生本质性变动的迷梦中。通过科举制选拔出来的官僚，以及或入学受过教育或捐纳产生的生员们是帝国统治下层社会的基础，一旦这种制度受到冲击，就意味着帝国统治的根基受到极大威胁。在不得不正面应对西学冲击之时，朝廷只能通过制度化的解释将西学移植到帝国尚可控制的统治基础之上。
概括来讲，清廷坚持的是“中学为体”这一触及其统治根基的价值导向。根据时人陈明的阐释：“泰西昭于治术而闇于治理，中国昭于治理而闇于治术。治理，本也；治术，末也。治理执乎经，治术徇乎权。治术可以康一时之天下，治理可以康万古之天下。”[35]他认为“中学”与“西学”各有专精，不可偏废，然学习“西学”的目的在于实现“天下”一时之康盛，想要保证“天下”持久的昌盛，只有坚持“中学”的本位。这种观念看似保守，但对于当时的知识分子和朝廷而言已经是一种思想大解放，在西方文化的冲击下，他们已经作出极大的让步。[36]只有在坚守“中学为体”的基础之上，清廷才既可维护统治秩序，又可广纳“西学”，广兴学堂。朝廷的统治秩序本就依孔教礼制而建，当这种秩序受到冲击，不得不接受改变时，惟有将中西二学融合，并强调对其区分主次，才能维护“中学”的正统地位。“中国欲明自强之策，当以西学寿中学之穷，不当以西学裂中学之防；当以中学药西学之病，不当以中学摈西学之奇。融中西、酌常变、达经权，因时制宜、衡量施行，以保孔教、以存黄裔。”[37]
在文化方面，无论是官府代表还是民间知识分子，他们对于保存国粹的取向有明显的共性，都不同程度地倾向于中西调和的取向。[38]到了清末，许多知识分子虽然意识到清廷政治上的腐败，但在“中学”与“西学”的本末之争层面，他们非常维护“中学”的本位。清末著名翻译家沈毓桂认为：“西学自当以中学为本，而提纲挈领固亦有道也。务愿有志西学者勿视中学为具文，䌷绎中国之文辞，以旁通西国之义蕴。……由中学以触类而引申，而凡西士新译地理备考、海道图说、西洋兵书皆足资我考证。他如英志联邦、万国公法、博物通考、天文算学、格致学、光学、声学、热学、植物学、重学等书，尤足扩我聪明。我人荟萃中西两学，以尽其精微、以裕其经济，而又勿计近功、勿图小就。”[39]需要注意的是，沈氏并非因循守旧之人，他深受西学影响，并先后与蔡尔康、林乐知等人合作编修发行了《民报》和《万国公报》。他并非因固守传统而捍卫“中学”的本位，而是在接受、了解西学的基础上还坚持“中学为本”的立场。他认为国人在掌握“中学”的基础上学习西方的各类知识，才能够触类旁通，将它们掌握并灵活运用。“西学”的传入可以扩充时人的知识，增长见闻，因此对其应持开放的态度，将它与“中学”融合，但这些必须在“中学为本”的基础上实施。(www.xing528.com)
政府与民间在很大程度上分享着共同的知识资源，朝野之间的冲突和紧张程度并不那么严重。[40]这一点从双方皆坚守“中学为本”的观点可以体现出来。只是民间知识分子表明的态度和立场可能受到其他因素的影响而发生转变，与官方相比，他们更有选择的余地。官方对于“中学”本位的坚持，则没有选择的余地，并且还需将这种坚持落在实际行动上，以维护自己的统治。1903年，在官府准备出资派送第二批学生到日本留学之际，云南巡抚奏称：“先后所派员生已至二十六员名之多，则督率自不可无人。且中学西学互相表里，日本各校虽有伦理一科，究无经史专门。若不专派中学教习，责令兼教经史，且恐本殖荒落，习染徒深，转无以植其基而泽其气。”[41]该巡抚认为留日学生在日本没有受过专门的“中学”教育，怕派遣的留学生荒废本业专习西学，遂奏请派专门的中学教习赴日授以留日学生中国的传统经史文化。此举意在维护“中学”本位，同时也显示出官方对于“西学”的警惕和担忧。
清廷在协调“中学”“西学”之间的关系时坚持“中学”的本位，在建制学堂的宗旨中体现得尤为明显。从山东学政对各郡县生员的谕示条文中可以看出，官方强调其坚守“中学为体”的指向：“盖闻任重道远，惟志士可以为仁。后乐先忧，为秀才即当励学。……诸生近圣人居，学圣人学，须知以经史为根柢、以性理为本原、以博放古今周知中外为通才。无论所学何事，必以习经史为主。于微言大义、治乱得失、典章制度了然于胸中，自不为邪说所惑，由是兼习西学。”[42]此则条文虽为某一具体省份的学政发出，但仍能反映出官方对中西学问碰撞时的态度。从条文的内容可以看出，官方告诫生员“无论所学何事，必以习经史为主”，先习传统文化，再“兼习西学”。新式学堂日渐普及，大有取代旧式学校之势，这也意味着帝国统治根基的大动摇。在这场无硝烟的中西文化之战中，朝廷如果不坚持强调“中学”的正统地位，也就意味着失去其统治依据，无异于缴械投降。然而官方一面倡导广设学堂，授以诸生实用之学，行动上给西学的渗透让渡了相当的空间；一面又从舆论导向上强调不过分重视其效用。如此亦昭示着官方在顺应新发展与维护旧秩序之间的矛盾心态。
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