长期以来，我国少数民族高等教育在宏观管理方面实行双重管理，即由国家民委和国家教育部两个行政系统负责管理。前者主管民族学院（大学）的行政、人事及教育经费的使用等；后者主要对民族学院（大学）进行教学等业务方面的领导和指导。形成这种双重管理的格局有其历史的原因，特别是与新中国成立初期我国民族问题的实际情况和需要有关，并且也发挥了积极的作用，也可以视为我们的一个创造与经验。现在的主要问题是，政府有关部门对学校的行政干预太多，民族高校缺乏办学自主权。另外，管理上的分割，使少数民族高等教育各个子系统各自发展，缺乏必要的统筹和协调，难以发挥整体效益。少数民族高等教育宏观管理改革的关键在于理顺政府和高校的关系，扩大高校办学自主权。国家民委颁发的《关于加强所属民族学院改革和发展的总体思想和主要任务》中提出，委属民族学院改革和发展的总体思路和主要任务是：“民委逐步简政放权，转变职能，由对所属民族学院的直接行政管理转变为运用多种手段宏观管理。扩大学校的办学自主权，进一步明确学校承担的义务、利益和责任，使其真正成为面向社会自主办学的法人实体。”此外，还应理顺民委系统与教育行政系统的管理关系，加强两者的统筹与协作。
当前，民族高等院校内部管理仍存在着体制僵化、管理观念和管理方法落后等多种弊端。学校机构重叠，非教学人员比例过高，教职工仍是端铁饭碗、吃大锅饭，用人效益和办学水平不高，严重影响着学校的发展。民族高等院校应逐步建立起主动适应民族地区和少数民族经济与社会发展需要和我国教育改革整体目标的，具有自我激励、自我约束、自我完善、自我发展能力的内部管理机制，全面提高学校的办学效益和整体水平。(www.xing528.com)
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