对于一些事情，三部书的记载小有出入，或颇有不同，因而使今人对史实产生不同的看法和误解。这就是有的书记载较为忠实于历史，而有的较差，有的较甚，其篡改诸事，举例于下：
1.改写雍亲王参加储位争夺的历史：
《起居注》二年（1724）八月十七日记雍正帝说他在藩邸时，因无争夺储位之心，故能“坦怀接物，无猜无疑，饮食起居，不加防范，生死利害，听之于命”。
《上谕》一书也是这样写的，《实录》将“生死利害”写作“此生利害”。虽然仅变动了两个字，但意思大有出入，“生死利害”反映储位之争有生命危险，事情非常严重；“此生利害”，则不涉及生死问题了。两个记录，令读者对储位斗争的尖锐性产生不同的感觉，实录的记载，掩盖雍正帝参予这场斗争的严重性。
《起居注》二年（1724）五月二十日记录雍正帝指斥廉亲王允禩的上谕：
“廉亲王之意，不过欲触朕之怒，必至杀人，杀戮显著，则众心离失，伊便可以希图侥幸成事，虽然伊不过作此妄想耳。”
同年八月二十二日，雍正帝谴责大阿哥允禔、八阿哥允禩等：“俱不知本量，结为朋党，欲成大事。”
实录记“侥幸成事”为“扰乱国家”，“欲成大事”为“冀遂其志”。“侥幸成事”，“欲成大事”指允禩等要做储君，当皇帝，在雍正帝继位后谋求皇位，“冀遂其志”之“志”是什么，比较含糊，“扰乱国家”是危害政治，不一定是指皇位。这两处，《实录》与《起居注》的不同，模糊了允禩的政治目标，也减轻了他的罪责，看来雍正帝的话是像《起居注》记载的，不过做实录时将它修改了。
3.降低反朋党的调子
雍正帝即位，大反朋党，元年（1723）四月十八日为此训饬大臣，《起居注》作了如下记载：
“尔等臣内不无立党营私者，即宗室中亦或有之，尔等若以蒙皇考宽大幸免罪愆，仍蹈前辙，诱惑朕之无知弟侄，不改恶习，徒致杀身灭族。有何益处？昏昧极矣。”
《上谕》的文字与此微有不同，然意思不变，《实录》没有“诱惑朕之无知弟侄”一语，“不改恶习，徒致杀身灭族”句写作“仍蹈前辙，致于国法”。“杀身灭族”一语令人毛骨悚然，“致于国法”则掩盖了杀机。这样的记载，就把雍正初年反朋党政治斗争的血腥味冲淡了。
4.隐讳雍正帝不正当的权术(www.xing528.com)
胤禩党人敦郡王允
获罪，雍正帝为难为允禩，故意叫他发表处理意见，事后直言不讳地说明此事，故《起居注》于二年（1724）四月十二日记云：“允
之事交与允禩者，特以难之，并无他意”。
《上谕》将这件事系于初八日条，原文是：“允
之事交与允禩者，特以观其如何处置，并无他意”。
前一记载表明雍正帝有意难为人，机心太深，权术不正，后一文字对他搞权术就不那么赤裸裸暴露了。
5.改动雍正帝责难人不当的言论
雍正帝在二年（1724）七月十六日发布了著名的《御制朋党论》，谴责朋党为害之烈，其中批评欧阳修惟君子有党而小人无党说，《起居注》记为：“欧阳修朋党论创为邪说……朋党之风至于流极而不可挽，实欧阳修之厉也。设修在今日而为此论，朕必诛之以正其惑世之罪。”其杀气腾腾，溢于言表。《实录》撰写者将“欧阳修创为邪说”变为“异说”，不写影响至今的那句话，又把上引最后一句改为“朕必饬之以正其惑”。两书的意思出入甚巨。
6.一定程度改变雍正帝对允禩评价的记录
《起居注》记载雍正帝在二年（1724）四月初七日对诸王大臣论说允禩为人：
朕之此弟较诸弟颇有识量，可资于理，朕甚爱惜，非允禟、允
等可比。
是说允禩有才有识，《上谕》和《实录》则云：
允禩较诸弟颇有办事之才，朕甚爱惜之，非允禟、允
等可比。
盖《起居注》时允禩尚在人世，还未彻底搞臭，皇帝对他的美言可以照实记录，迨至编辑《上谕》和《实录》时，允禩早已被定为结党夺嫡的恶人，不能过多讲他好话了。而有见识，是人的大关节处，给了这个评价，如何又去非法搞朋党？史官就只好把这个意思去掉了。
7.改变雍正帝不准确的论事语言
雍正帝于三年（1725）四月十三日责备盛京的贵胄腐化奢侈，说他从前到盛京谒陵，见城内“酒铺即有千余家”，《起居注》作了这样的记载。他的话夸大了事实，盛京没有那么多酒店，《实录》对此记录为“酒肆几及千家”。《实录》记载符合盛京酒店事实，而不是雍正帝的谈话实录，这一矛盾的产生，是纂修官掩盖雍正帝不合事实之言论的失误。
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