然而，在李建勋看来，中国当时的教育行政尚存在重大问题，远未能承担起其应有的“五大功能”。全面抗战期间，李建勋对中国当时教育行政的现状进行了系统的调查研究，其中包括中央的教育部、各省的教育厅、市县的教育局（科）等。李建勋发现，中国当时的教育行政存在很多不容轻视的一系列问题，具体而言，有如下六端：
其一，“组织单位以数目字分”。分工合作是工作效率得以提高的基本方式。最好的分工标准是以工作的性质和单位的功能，而以数目划分是最下策的办法，如教育部各科及各省教育厅所设立的一、二、三等科（课）等。其二，“县教育行政机关之组织过于简陋，不足以发挥其应有之功能”。各市县教育机构大多仅由局（科）长一人、督学及事务员若干人组成而已，这样简陋的教育行政机关既未顾及其所应承担的“功能”，又未注意于彼此的职务分工。其三，“缺乏研究机关，不足以尽领导责任”。当时教育行政机关“率多例行公事之处理”，因其内部缺乏必要的研究机关而未能负起研判教育发展趋势和拟定政策方案的“领导”责任。其四，“未备参议机关，不足以收集思广益之效”。当时的教育行政决策多为“官厅决定”，缺乏掌握教育理论的学者和拥有实际经验的办学人员的积极参议，因而教育行政“不易推行而尽利也”。其五，“缺乏专业人才，难期专业之科学化”。当时教育行政在关系教育发展之调查、整理、研究、计划、施行等方面存在严重不足，对于教育行政机关之用人则不免以亲故、派别、势力、情面做标准。其六，“督学制度不良，未能受督导之效”。从性质上讲，督学应有“行政视导”和“教学视导”之分；从类别上讲，应有各级各类学校之限；从空间上讲，应有不同地区之别。但当时督学办法并无性质、类别、区域之分，任督学之人更无健全之训练，再加上我国国土面积之大、交通之不便等因素，当时教育督导“无法熟察”“多不切实”“以致国家虽有督学之设，实际得其惠者甚少”。[23](www.xing528.com)
针对这些问题，李建勋不无感慨地指出：“一般人对于（我国）教育行政机关之工作，讥为‘等因奉此’制造所”[24]“几无所事事，可胜叹哉！”[25]一针见血地指出中国当时的教育行政流于形式、忙于应付、陷于例行公事而不能自拔的弊端，为国家和人民在无形之中所蒙受的不可估量的巨大损失而深感叹惜。
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