自1644年满洲人入关之后，一个军事强大、幅员广阔、人口众多的王朝在东方崛起。清王朝是一个由少数民族统治的多民族统一王朝。为达到长久统治目的，清王朝积极争取其他民族对清王朝统治地位的承认。清朝统治者积极宣扬儒家文化，将自己塑造为儒家文化的继承者和保护者，如康熙皇帝在其统治期间，大规模编书，期望将“治统”与“道统”会聚于“皇权”之中。雍正皇帝在其所著《大义觉迷录》中强调“华夷一家”的观念，宣称清王朝继承天命的正统性，以期消弭汉人的夷夏之防。1723年，雍正诏令追封孔子五代王爵，而乾隆皇帝更是九次晋谒孔庙，并与孔氏后裔联姻。这些做法都是为了获得汉族知识分子的拥戴，巩固清王朝的统治。
清圣祖爱新觉罗·玄烨（1654—1722年）
由于回族穆斯林族群在明代获得了较大的发展，清王朝不仅允许回族穆斯林的存在与发展，还施行了适当尊重的宽容政策。清王朝统治者对回族穆斯林的宗教信仰和民俗传统均有一定程度的了解，并能按照“因俗而治”的统治策略进行治理。康熙、雍正等皇帝均曾下旨保护穆斯林族群的宗教活动和文化传统，如北京牛街礼拜寺就保存着一块康熙三十三年（1694年）六月的木制圣旨牌。但受文化差异和国内政治情势变化的影响，清王朝统治者也会对穆斯林族群产生一定的消极看法和态度。乾隆四十六年（1781年），由于清政府处置失策引发了西北回族穆斯林的反清斗争。清政府严酷的处置方式使得各地回族穆斯林受到巨大压力，回族社会的封闭性逐渐加深。清初开放性和包容性的宗教和文化氛围渐渐消失，取而代之的是回族穆斯林生活世界的“内卷化”。
怀圣寺教崇西域匾额
清代回族穆斯林主要通过族内通婚实现民族繁衍，人口增长较为迅速，对回族民族意识的产生、宗教意识的强化、社会组织的形成都产生了重大影响。道光年间，回族人口已达200多万。回族的分布也愈加广泛，在西南、西北以及杭州至北京的运河两岸，形成了大量的回族穆斯林的聚居区。为躲避人口压力和战乱，清代回族还陆续迁往西藏、新疆、内蒙古和东北等地。(www.xing528.com)
清代回族以务农为主，兼营商业和畜牧业的生计方式逐渐固定下来，各地回族的地域性色彩也开始出现。回族从事商业的人口众多，商贸行当主要是牛羊、皮毛、土特产等，以个体经营为主。在手工业领域，回族传统手工的发展更加兴盛，如屠宰业（牛街）、制革业、珠宝行业等等，都远超以往。
清初，一批清真寺也在此时建立、重修和扩建，出现了聘请经师、选聘教长的制度。随着经堂教育的兴起，开学阿訇取代了“伊玛目”而成为集教育和宗教权威于一身的宗教领袖，被称为“掌教阿訇”或“教长阿訇”。清代回族穆斯林的译经活动非常活跃，许多有关伊斯兰教的哲学、历史、人物、制度、民俗等方面内容的书籍被译介为汉语，被称之为“汉克塔卜”。回族知识分子用“以儒诠经”的方式去解释伊斯兰教教义和教法，如刘智的《天方典礼》，使得回族穆斯林成为中华民族的重要组成部分和不可或缺的一分子。
北京牛街礼拜寺
清代著名回族学者刘智所著《天方典礼》
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