第二次基隆之战后，台湾兵单饷缺，抗法形势日益严峻，此时来自清廷的援助起了十分重要的作用。清廷通过各种渠道了解了台湾的局势，想方设法加强对台湾的援助力度。清政府把援济台湾作为重要的事务，得知基隆被占后，一面谕令岑毓英等合力进兵西贡，迅速前进，同时激励刘永福率军进剿，攻击太原、北宁各城，“攻其必救”，迫使法军分兵西援，以缓解台湾的压力。[166]而法军也确因越南战事吃紧，把战争重心重新转回北圻，无法满足孤拔所要求的增援兵力；一面催促新授钦差大臣督办福建军务左宗棠、闽浙总督杨昌浚迅速到任，竭力保全台湾，同时令江南、闽粤各省派兵济饷，尽量满足刘铭传的请援。
如左宗棠所言：“目前军务，重在援台，而援台之兵，难在渡海。”[167]由于法军封锁台湾，援军难以及时渡台，如何突破法军的封锁成了各省援助台湾的关键问题。接到台北再次遭到法军进攻的消息，清廷即时调兵支援。但先前调派的刘朝祜4营，还有1000余人滞留于上海。在清廷的催促下，邵友濂、龚照瑗用重金雇英商船“威利”号，经过一番努力，分两批终于分别在11月15日与12月27日恒春和台南登陆，随行还携带不少军械和饷银，“恰应刘铭传之急需”。[168]接着，曾国荃如法炮制，仍雇用“威利”船将从广东订购的枪支弹药运至台湾。除运送了南洋的援台物资，“威利”号还把北洋派出的聂士成部800余人，连同各种军火饷银，于1885年1月27日运抵台东卑南。在厦门一地聚集的各路援军渡台同样不易。彭楚汉等雇船渡台先后失败。吴鸿源本计划带两营渡台，但即使重资雇请洋轮或民船运送，也因法舰封口不果。他不得已变通办法，仅选带精锐“春”字一营，雇用四五只渔船，从惠安的崇武、獭窟等渡口，夤夜潜渡至台中梧栖港登陆。但随后王诗正、陈鸣志却因法舰加紧巡逻，滞留于澎湖20余日。直到孤拔分兵北上阻截南北洋5舰，王诗正等部才趁势乔扮客商，搭乘“平安”商船，至卑南登台。“平安”轮船还先把刘璈所募岳勇运至台南。除此之外，仍有不少援军未能及时抵达台湾。1884年10月10日，清廷任命杨岳斌为帮办福建军务以辅佐左宗棠，带湘军八营赴福建，[169]但杨岳斌所部则迟至次年3月7日才抵达卑南。待其到达台北，战事已结束。
获悉刘铭传极度饷缺，李鸿章、左宗棠、张之洞等也设法通过洋行及其他途径汇兑台湾。其时台北兵勇每月需用饷11万两，但至光绪十年九月（1884年10、11月间）库存饷仅余10万两，万分危急。杨昌浚、叶文澜先后派专人到达台北，觅兑10万余元，“暂救目前”。[170]1884年12月中旬，张之洞先派林国祥携银3万两赴台。又托香港商人向台湾商人汇款，并致书刘铭传，若此方法可行，以后“可源源照办”。[171]之后，经彭楚汉等人的多方筹措，至光绪十年十二月，台北陆续收到兑款30余万元，“可支至二月底”，饷缺的压力逐步得到缓解。[172](www.xing528.com)
此外，为了对付法军的封锁，左宗棠请求清廷派遣南北洋舰船护送援台兵轮。曾国荃调派“开济”“南琛”“南瑞”“澄庆”“驭远”5舰，准备与李鸿章调派的北洋舰只汇合（后因朝鲜事变，北洋二船改派朝鲜），南下援闽。但南洋舰船的行动很快便被法军获知，孤拔在12月初暂时取消对台南的封锁，把舰船集中于基隆和淡水两地，然后亲率“巴雅”号、“凯旋”、“杜居土路因”号、“梭尼”号、“益士弼”号等舰，北上阻截中国军舰。[173]2月13日，南洋5舰在石浦洋面与法舰遭遇。经过两次激烈战斗，清军损失“澄庆”“驭远”两舰，而“开济”“南琛”“南瑞”三舰在镇海守军的支持下，打退了法舰的进攻。此次作战清军虽然失利，但吸引了封锁台湾的法舰，为援台的各路清军顺利登陆台湾，赢得了宝贵的时机。法舰直到1885年初才恢复了对台南、高雄的巡逻。[174]
据统计，在台湾抗法期间，清政府命令南北洋、广东、福建等督抚，给台湾运兵员万余人：包括杨岳斌所率一营500人，陈鸣志所部1000余人，刘朝祜部2000余人，王诗正部2500余人，聂士成部875人，吴鸿源部500人，广东500人，刘璈等所募1500人；饷银100余万两，包括北洋15万，南洋5万，广东约30万，福建约七八十万；前后膛枪约2万杆，大炮60门，以及子药大批，远远超过台湾军民自筹的数目，成了支持台湾抗法战争的重要物质力量。[175]当时刘铭传感叹道：“十月以前，将士多病，敌势猖獗，饷尽援绝，土匪四起。臣左支右绌，万分竭蹶，已无生望”，赖有各省不遗余力地支援，“台北军势得以稍振”。[176]总之，在中法台湾之战期间，清廷尽力调集大陆各省人力、物力、财力，设法突破法军封锁，援助台湾的抗法斗争，这是台湾最终取得抗法斗争胜利的重要条件。
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