2000年，在全国高等学校管理体制改革中，河海大学结束了长期隶属于国家水利部管理的行业办学模式，整建制划归教育部管理。在管理体制发生变化后，为了推进河海大学建设“水利特色，世界一流”的办学目标，教育部先后与国家水利部、江苏省人民政府签署共建河海大学协议，有力地推动了河海大学学科建设、人才培养、科学研究等方面持续发展。
（一）推进教育部、水利部共建河海大学
为了保持并发展河海大学的办学特色，不断推进研究型大学建设，在河海大学整建制划转教育部主管以后，教育部、水利部先后3次联合发文或正式签署共建协议。
2001年8月，在河海大学划转教育部不久，教育部和水利部就共建河海大学经过商讨达成重要共识并联合发布文件，主要内容包括：教育部支持河海大学根据水利事业发展需要，继续保持水利特色，大力发展水利学科、专业以及相关支撑学科、专业；水利部继续对河海大学在相关学科建设与专业设置、人才培养规格与教学质量、科研项目申报、国际合作交流、信息沟通等方面给予指导和支持等。
2005年10月，在河海大学建校90周年大会上，时任教育部部长周济和时任水利部部长汪恕诚签署了教育部水利部继续共建河海大学协议书。根据该协议书，教育部支持河海大学积极推进“211工程”建设，保证中央专项经费落实到位，充分考虑水利行业的艰苦性和河海大学水利专业的特殊性，在学科建设、人才培养、科学研究等方面给予必要的政策支持；水利部继续保持对河海大学办学的指导与支持，根据行业发展需要，结合水利事业发展规划，在人才培养、学术研究、科技攻关、科技成果转化、对外交流合作等方面给予河海大学更多的政策支持[2]。(www.xing528.com)
2011年11月，教育部与水利部在北京签署共建河海大学等8所涉水高校。根据共建协议，教育部和水利部将支持8所涉水高等院校在人才培养与学术交流、科技咨询与科技合作、学科与创新平台建设等方面的改革发展，并建立定期磋商机制。
（二）推进江苏省、教育部共建河海大学
在推进教育部、水利部实现部部共建河海大学的同时，教育部和江苏省人民政府积极就省部共建河海大学进行协商。根据2009年双方签署的教育部江苏省人民政府共建河海大学协议书，教育部和江苏省人民政府建立共建河海大学的协商议事机构，通过共建支持河海大学强化办学特色，加大师资队伍建设投入力度，不断提高办学水平和科技创新能力，努力把河海大学建设成为国内一流、在水利学科领域具有重要国际影响、特色鲜明的高水平大学[3]。
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