1.被授权投资的机构或被授权的部门权力过于集中，行使尚不够规范
国有独资公司的最终所有者是国家，国家作为“虚拟化的所有权主体”一般通过委托其授权投资的机构或授权的部门，代理其作为国有独资公司的权力机关行使股东会的部分职权，以致出现上文所提到的公司决策行为外部化的问题。同时，根据《公司法》的有关规定，“国家授权的投资机构或国家授权的部门有权指定国有独资公司的董事长、副董事长及董事会成员（职工董事代表除外）”；“国有独资公司监事会主要由国务院或国务院授权的机构、部门委派的人员组成”，由此导致被授权的投资机构或被授权的部门同时拥有国有资产所有者、管理者、监督者和行政机关的多重身份。从法律层面上看，这一机构设置与权力安排使得国有独资公司不能实现真正的“政企分开”，公司对被授权投资的机构或被授权的部门存有较大的依附性，而无法真正拥有独立的公司法人人格和利益。[9]另一方面，被授权投资的机构或被授权的部门在公司运营中往往会出现滥用代理权，破坏企业治理独立性的情形，而且也可能会出现对公司疏于或者怠于行使代理权的情形。由此，公司的董事会或个别公司领导的权力就失去了必要的监管，可能会导致侵吞公司财产，架空国家的股东地位，造成国有资产的流失。这就为公司的内部法律风险的产生埋下了诸多隐患，这也是国有独资公司需要面对的在防范法律风险上的一大挑战。
2.董事会权责不够明确与“内部人控制”问题
被授权机构委托给国有独资公司董事会的权利和责任不够明确，公司董事会多有内部人组成，与经理层的融合程度较高，董事长可能是法定代表人兼党委书记兼总经理，在实践中往往难以保证董事长切实负起国有资产产权代表的责任，直接造成这样的后果：即虽有明确的投资主体定位，但没有明确的责任主体负责，政治责任的“强控制”和经济责任的“弱控制”结合在一起，[10]最终很可能会出现“内部人控制”问题。
“内部人控制”最早是由美国斯坦福大学教授青木昌彦所提出的。青木昌彦在分析20世纪七、八十年代东欧国家的激进式改革时，发现在经济转轨时期因中央计划部门突然解体或者完全退出而出现权力真空，经营者事实上取得了对企业的完全控制权；同时工人在改革中也获得了利益，经理层通过与工人共谋使其利益在企业战略决策中得到充分体现。青木昌彦把这种现象称为“内部人控制”。“内部人控制”也被用来描述在现代企业制度中，由于所有权与经营权的分离，股权高度分散，经营者实际上或者依法掌握了公司的控制权。[11]
在我国，国有独资公司的董事会兼具权力机关和业务执行机关的双重职能。国有独资公司的董事会不仅拥有一般有限责任公司董事会应有的公司经济管理的执行权，而且享有除国家授权投资的机构或国家授权的部门行使的股东会职权以外的股东会职权。[12]由于我国《公司法》并未对国有独资公司董事会职能的行使规定有效的监督机制，加上国有出资人与自然人股东相比缺乏利益驱动与约束、代表国有出资人的外部人在公司中的力量较弱，难以产生制衡的机制，容易造成董事会和董事行为随意化，导致出现内部人自肥、不当关联交易失控、侵占公司资产和利益、损害股东利益的“内部人控制”问题。[13]由此极易引发公司的诸多法律风险。(www.xing528.com)
3.监督机制不够健全，监事会的作用有限
我国《公司法》规定，“国有独资公司监事会主要由国务院或国务院授权的机构部门委派的人员组成，并有公司职工代表参加”，明确了由国务院及其授权的机构向国有独资公司派出监事会。尽管向国有独资公司派出监事会是从体制上、机制上、法律制度上规范对国有独资公司的监督，是在充分维持国有独资公司自主权的同时完善监督机制的有效做法，[14]但其本身仍不够健会，还存在着下列问题：
其一，由于缺乏与之相配套的内部监督机制，派出监事会制度作为一种外部监督机制难以真正有效地发挥其监督作用。国有独资公司监事会是针对公司内部不设监督机构而采取的一项监督公司财产增值的措施，属于外在于公司的外部机构。我们必须看到，这种外部监督机制效用的充分发挥，需要诸多内外部条件，特别是需要较为完备的市场条件，但目前在国有独资公司经营管理中尚不具备这些条件，这决定了派出监事会制度这一外部监督方式不能充分发挥其效用。
其二，国务院及其授权机构派出监事会的组成存在缺陷。依据我国《公司法》的规定，国有独资公司监事会的组成分两种情况：一是由国务院委派的代表和职工代表组成，二是由国务院授权的机构、部门委派的人员和职工代表组成。其中第二种情况存在明显的缺陷：首先因为监事会的监督所具有的更多是一种形式上的意义，导致公司董事长、经理与监事会主席可能出自同一单位，合谋违法行为难以得到有效的制约与监督。其次在我国由职工代表出任的监事与公司实际上存在着一种隶属关系，很难行使监督权，在现实中由公司或公司工会出面提名选举的职工监事，因其与公司不是存在着内部行政隶属关系，就是存在着雇佣关系，容易使职工监督权产生不了实际意义。
其三，监事会的职权范围还有待于相关行政法规加以进一步明确，并为其行使职权提供切实的制度保障。同时，由于国有独资公司不设股东会，国有独资公司内部不存在固定的常设的监事会机构，难以及时有效切实地实施监督工作，国有独资公司“内部人控制”问题严重，导致国有独资公司的内部监督缺乏强有力的约束。[15]
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