清算了张居正的“遗风”，神宗终于长长地呼出一口“恶气”，树立了皇帝自己的权威，开始了亲政的日子。
张居正死了，万历差点没掘他的坟，鞭他的尸。戚继光也死了，威风八面的他晚景无限凄凉，连妻子也把他抛弃了，他只好随海风而逝。狂书生李贽被万历皇帝以“敢倡乱道，惑世诬民”定罪，他那“反孔子”的《焚书》彻底地被皇帝焚毁了，他自己也在狱中割喉，他那惊世骇俗的思想也就成了时代的绝响。
作家夏坚勇说，这个时代的改革夭折了，武事消弭了，思想自刎了，只剩下几个不识相的文臣在那里吵闹着“立国本”，却被皇帝打烂了屁股，又摘了乌纱帽，发配得远远的，至此皇帝就不用上朝了。
万历皇帝是一个权力欲极重的人，但是他在早期也不是个平庸之君。他搞定了三大征，即在东北、西北、西南边疆几乎同时开展的三次军事行动：平定蒙古鞑靼哱拜叛乱；援朝抗日战争；平定西南杨应龙叛变。神宗对于每一次军事行动，似乎都充分认识到了其重要性。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任，对于指挥失误的将领的坚决撤换，都显示了神宗的胆略。
可是，这样一个本应是好皇帝的君主，怎么就沉沦成后来的昏君了呢？不用后人去总结，皇帝当时的臣子就给他列出来了。
大理寺左评事雒于仁上了一疏，疏中批评神宗纵情于酒、色、财、气，并献“四箴”，足可以形容万历帝的后半生。
万历好酒，一则他自己爱喝，二则明末社会好酒成风。朝野上下都是如此。
爱美之心人皆有之，万历自己也承认自己很好色。
至于贪财，万历在明代诸帝中可谓最有名了。他说：“朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。”(www.xing528.com)
关于“气”，万历说：“人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？”看来他认为惩治那些不听他的大臣，便是一种生气。
金庸说：这个皇帝是明朝诸帝中在位最久的。他死时58岁，本来并不算老，可是他却未老先衰，更抽上了鸦片。
酒色财气外加一个鸦片，在当政后期近三十年不上朝，也就没什么稀奇的了。黄仁宇称这万历以帝王的身份向臣僚做长期的消极怠工，在历史上也是一个空前绝后的例子。
万历四十三年（1615），他才因“梃击案事件”勉强到金銮殿上亮了一次相。
那一年，一个名叫张差的男子，闯入太子朱常洛所住的慈庆宫，被侍卫发现逮捕。政府官员们对该案的看法分为两派，互相攻击。一派认为张差精神不正常，这只是一件偶发的案件。另一派认为它涉及夺嫡的阴谋——万历帝最宠爱的郑贵妃生有一个儿子朱常洵，她企图使自己的儿子继承帝位，所以收买张差行凶。万历帝和太子都不愿涉及郑贵妃，为了向官员们保证绝不更换太子，万历帝才在龟缩了26年之后，走出他的寝宫，到相距咫尺的宝座上，亲自解释。
这一次朝会很是有趣。万历帝出现时，是由从没有见过皇帝面的宰相方从哲和吴道南，率领文武百官恭候御驾。然后万历和他的太子开始向大臣们表示彼此关系的亲密，以及对太子的信任，并询问诸大臣有何意见。当时方从哲除了叩头，不敢说一句话，吴道南更不敢说话。两位内阁大人如此，其他臣僚自没有一人发言。御史刘光复大概是想打破这个僵局，于是开口启奏，可是，他一句话没说完，万历帝就大喝一声：“拿下。”几个宦官立即把刘光复抓住痛打，然后摔下台阶，在鲜血淋漓的惨号声中，他被锦衣卫绑到了监狱。对这个突变，方从哲还可以支持，吴道南自从做官以来，从没有瞻仰过皇帝仪容，在过度的惊吓下，他栽倒在地，屎尿一齐排泄而出。万历帝缩回他的深宫后，众人把吴道南扶出，他已吓成了一个木偶，两耳变聋，双目全盲，几日之后方才渐渐恢复。
这就是万历皇帝罢朝26年之后唯一的一次朝会，没谈国家大事，只有那声“拿下”，让大臣们胆战心惊，且后果惨重。从此又是5年不再出现，5年后，万历帝去世。张廷玉在《明史》中对明神宗万历帝的盖棺论定是：“明之亡，实亡于神宗。”
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