自魏晋宝掌结庐初创，至唐代首次大兴土木重建，多宝寺已经历了数百年岁月。栉风沐雨，秋霜冬雪，挺到了明宣德年间（1430），多宝寺却不幸遭遇战火兵燹。面对残垣断壁，寺中僧人，难耐苦寒者，投往他处；不舍旧情者，坚守苦挨。直到明英宗即位，多宝寺方迎来再生之机。朝廷看好此地，于是拨款重修多宝寺，且还立下两块方形石幢。其中一块前面刻着《佛顶尊胜陀罗尼咒》，背面刻着《多宝寺石幢记》，记述了此次重修多宝寺的情况。庙宇建好后，朝廷锦上添花，特别御赐大藏经典，并修建藏经阁予以专藏。借助朝廷此番重建多宝寺的东风，赴京答谢皇恩归来的住持释子量再次发力，将山门北侧的破塔修缮一新，并在寺院周边栽松植竹。同时还开始了多宝寺历史上最大规模的扩张，将大安门外的一大片田地，东至官草山，南到寺左的沙河，西达白土沟，北抵象鼻嘴，共计三百七十块田土纳入多宝寺的范围。此时的多宝寺，可谓殿宇恢宏，松竹茂盛；僧人云集，香客不绝；田产雄厚，富甲一方，进入了历史上最为辉煌的时期。
然而，似乎应了“盛极而衰”那句老话，明末清初的战火，使多宝寺再遭涂炭。据清光绪二十七年（1901）《华阳县志》卷二十一《寺观》载：“多宝寺，治城东外十里，魏晋时宝掌禅师道场，唐显庆间重修，道因法师藏经于此。明正统间重修，崇祯间毁，国朝康熙二十九年释百城重建，雍正十一年重修。”文中提及的“释百城”，即百城上人。他于清康熙二十九年（1690）航海而至。感动于士绅、里人的热情挽留，便慷慨解囊，出资主持修复多宝寺。经过数十载的苦行坚修，多宝寺方得佛光重现。不过，多宝寺虽然“林树蓊翠，清渠环之，亦伽蓝胜地也”，但毕竟地处荒僻郊外，远离繁华城区，当时的交通设施亦不发达，又无车马代步，香客大众来往甚不方便。加之城里更有大慈寺、文殊院等禅林香火鼎盛，因而很少有人愿意舍近求远来此游赏拜佛。挨到清乾隆年间，多宝寺已是门庭冷落，香火稀疏。偶有人至，“扑哧哧”惊起飞鸟一片。
伴随国运之不济，多宝寺“活”在清代很艰难，以至于嘉庆二十年（1815）时，展现在主修《华阳县志》的举人潘时彤眼前的景象，竟然是“有屋数椽，半就倾圮，中肖释子像，遂披荆榛扫尘坌，见石幢二峙龛左右……”一片残败破落。置身于蓬蒿荆棘间，抚摸着尘封土埋的石幢，潘时彤不禁发出了“百城航海传灯后，惆怅何人更打包”的感伤之问。航海而来的百城上人重修了这千年古刹，可如今有谁来撞钟击鼓，报知晨暮呢？怅惘之情表露无遗。
不过，就在潘举人探访残寺九十二年后的清光绪三十三年（1907），已元气大伤的多宝寺仍“挣扎”着进行了一次培修，勉强支撑着最后的一点颜面。(www.xing528.com)
至民国初年，世道混浊，多宝寺更是每况愈下，以致“入民国后，斩伐一空，寺址遂仅余一殿，路人犹知为多宝寺云”。其时的主持法号“豁然”，治寺亦太过“悠然”而缺少“肃然”，致使戒律松弛，一应僧众则轻薄修为，耽于喝酒赌博，还在酒后与人斗殴，引发纠纷，惹恼了官府，多宝寺终被查封。而觊觎已久的军阀，趁机夺了庙产，用作驻军之所。多宝寺从此衰败，一蹶不振。没了香火，失了田产，众僧难以为生，纷纷避走离去。而那位住持虽号“豁然”，面对窘境却并不豁然，无法可施，只得拎着包裹，黯然离寺，还俗回家，种地务农去了。曾经辉煌一时的千年古刹多宝寺，从此沉沦……
据说，多年后，有人来到这里，目睹寺庙早已荒废不存，只剩下残砖断瓦。在一片荆棘丛中，依稀可见那两块石幢，其中一块上刻《妙法莲花经》，为清雍正年间所立，其余尽无。
对于多宝寺的凋敝，潜心研究地方历史文化的作家刘小葵的观点值得关注。他认为，传说怪诞、来历不清，缺乏脉络清晰的传承线路；僻在乡野、交通不便，礼佛朝拜之途难行；人才不济、时断时续，没有后继精进的高僧大德等等，固然是多宝寺凋敝的原因。但最主要的原因却是有清一代，多宝寺虽为临济宗正脉，却没能得到朝廷和官府的颁赐和奖掖，即未能进入主流价值的管道。而同城的昭觉寺获康熙题诗，大慈寺和文殊院均得御笔题额，王朝最高统治者的青睐不啻强有力的扶掖。而纵观中国历朝，官方的倡导可极大影响民间的信仰。多宝寺在清代恰恰缺了这一要素，自然难与三者分庭抗礼，最终导致礼拜香火不旺、经济收入不厚、士庶寻游鲜至，而逐渐湮没。[3]
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