1997年2月，宁波市文物保护管理所全面接管庆安会馆，其间对馆内原有的承租户进行清退，包括庆安会馆的附属用房全部腾空，同时成立庆安会馆维修工程办公室。
鉴于会馆的历史地位、文物价值，宁波市历史文化名城保护委员会、宁波市文化局筹备修复庆安会馆。准备工作之一便是先会同古建公司的技术人员对庆安会馆的建筑状况进行实地勘察。对比历史资料，残损情况分为四种：首先是原址建筑缺失，如原有的照壁、接水亭所在的位置已成马路，仪门、前戏台、前厢房和花厅等建筑在供小学使用时为扩大学生运动场地而被陆续拆毁；其次是为了方便学校、工厂使用，大殿、后殿等两侧承重山墙被肆意穿墙开窗；再次是因年久失修，当时建筑屋顶普遍漏雨，建筑构件糟朽十分严重；最后是馆内的“三绝”——砖雕、石雕和朱金木雕都遭受人为破坏，残缺不全，连俗称“鸡笼顶”的戏台藻井上的盘花拼板也脱落严重。
1997年2月18日，根据查勘结果，在庆安会馆召开了维修方案技术论证会。经过与会领导和古建筑专家探讨研究，确立了“维持现状，局部恢复原貌”的维修原则，制定了针对性的修缮方案。[2]
同年8月11日，施工人员进入庆安会馆现场，庆安会馆首期工程南首偏房维修工程正式开工。南首偏房坐落在会馆后殿左首，是七间二弄的重檐楼房。由于在接管以前，该楼一直是校办工厂的生产车间，长期的重物积压使偏房西山墙地面下沉，致使西边拼柱梁倾斜，经维修后得以校正。西边次间和梢间的两根栋柱因劈裂糟朽已失去承载能力，只得用相应的材料更换。厢房东西两侧的配间和重檐已被拆除，维修时按原建筑规制重建。维修东西山墙及马头墙顶，南面围墙修复后增砌至原有高度。屋面瓦片全部翻修，更换残破望砖，重砌元宝屋脊。南首厢房整体维修于当年年底全部完成，在竣工验收会上得到了专家的肯定。
宫门维修作为二期工程于1998年2月15日开始施工，主要内容有砖雕修复、卷棚修复、重砌磨砖墙、整修四线屋脊及部分雀替花板等。宫门门楣原装帧有14幅砖雕，很多已面目全非，其中2幅全部脱落。施工人员采取了对图案中的主要人物用同样的砖料进行修补，而对损伤较轻的其他部位进行加固维持原貌的办法。至于2幅脱落砖雕应重刻什么内容，由于没有资料，只能从周围破损的砖雕中寻求有关线索，经过仔细辨别和研究，确认了脱落的砖雕与旁边2块砖雕的内容反映的是古代百姓渔樵耕读的日常生活。维修后4块砖雕远看浑然一体，近看肉眼能分辨出修复材料颜色不一致，达到了博物馆展陈修复的良好效果。在剔除门面石灰过程中，还意外地发现了庆安会馆原来的直立匾额保存完好，在增补了周围的二龙戏珠砖雕后，“天后宫”三个贴金大字格外醒目。
大殿明、次间的石雕龙凤檐柱是庆安会馆石刻作品中的代表作，技艺高超的古代工匠采用了镂空雕法，在整块石料上一气呵成，龙腾云海，凤鸣苍穹，形象生动，雕工精湛，纹理走势自然流畅，为石刻艺术的精品。其中龙凤石柱的头有缺失，该次维修故意未修复。据史料记载，庆安会馆每年都要举办各类祭祀活动。每年农历正月初一至十五，会馆要组织庙会活动，其他如风神、吴帝、龙王生日都会举行供祭活动，但以农历三月二十三的天后诞辰日祀祭大典最为隆重。是日，会馆内外整洁一新，庭中纛旗飘舞，殿内珠灯齐明，祭台上供奉着各商号提供的丰盛的祭品，祭祀典礼由地方官员或绅士主持，从祭人员依次参拜，渔民信徒扶老携幼前来祭祀叩拜以祈求航海平安，祭祀活动中有民间文艺表演，秧歌、舞狮、戏剧等节目奉于戏台，人神共娱，热闹非凡。[3]据传，有一年前来看戏的人实在太多，会馆宽敞的明堂人满为患，几无立锥之地，许多人只得附壁攀高而观，以至于大殿龙凤石柱上的凤头都被攀拉折断。(www.xing528.com)
会馆仪门、前厢房及前戏台的重建工程是开工以来工程量最大的项目。重建方案是以1960年南京工学院绘制的庆安会馆纵剖图和现存的屋基基础为依据制定的，仪门原6根檐柱改为蟠龙石柱，以增加会馆建筑的艺术氛围。重建工程于1999年11月1日动工，到2000年12月底，全部的重建项目完工。
庆安会馆附属建筑位于庆安会馆东侧，北面部分为两个相邻的四合院建筑。据实地调查，这里为历史上庆安会馆董事会聚会场所，许多关于会馆及航运的重大事宜在此决策；为庆安会馆撰写碑记的清代学者董沛亦曾居住于此。这两处文物建筑均因年久失修破损严重，尤其是安澜会馆，部分建筑已面临倒塌的危险。在2000年6月开始的宁波滨江核心区旧城改造中，对这两处文物的保护有较大的争议。维修组在进一步挖掘文物价值和历史内涵的基础上，多次向有关职能部门提出了庆安会馆、安澜会馆和庆安会馆附属建筑保护利用的综合方案，得到了市规划局等有关部门的大力支持。2000年9月，在市城乡建委重大建设项目管理办公室的主持下，确定了安澜会馆迁移至庆安会馆南侧进行异地保护、庆安会馆完整保护的基本方案。
维修完成后，根据庆安会馆建筑原貌和天后宫的功能定位，将之辟为浙东海事民俗博物馆，于2001年12月正式对外开放。
2012—2017年，庆安会馆对馆内的石刻砖雕进行了科技保护。
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