（一）强大的法人持股构成了日本公司治理制度的一大特色
在日本，控制公司股权的主要是法人（即金融机构和实业公司），股权结构以法人股东为中心。相应地，公司治理也体现出了以法人股东为中心的特征。
法人股东持有股份并不以红利和“资本收益”为目的，而是为取得对公司的控制权，从而在一定程度上影响对公司的经营。因此，他们不会因为股价变动抛售股票，形成了较为稳定的股东关系。公司之间相互持股加强了关联企业的联系，使企业之间相互依存、相互渗透、相互制约，在一定程度上结成了“命运共同体”，亦被称为“利益星座”。
此外，相互持股、交叉持股现象普遍，由此形成了股东稳定、所有者被架空、公司的监督机制流于形式以及经营者行使决议权的局面。
（二）金融资本特别是主银行制[10]，在日本公司治理中发挥着重要作用[11]
银行和金融机构持股占相当大比重，这对于日本公司的融资和公司治理都产生了直接的影响。
主银行制的本质是债权人参与公司治理的一种非正式制度安排；商业银行与企业并非简单的信贷关系，而是包括融资、信息、管理等多重关系。其主要特征：①主银行是企业资金的最大出资方，银企之间存在债权债务关系；②银行持有企业股份并参与企业的财务管理；③主银行有义务为企业提供信息，并派出自己的人员代表参与管理。
在公司治理的具体运作中，主银行制形成了一套有效的利害关系者治理机制：①公司与主银行间形成了通畅、准确的信息传导机制；②改变了传统的债权人不参与公司治理的机制；③银行往往不单纯给关联公司贷款，还通常持有大量股票，即既是债权人，又是大股东。当公司盈利情况良好时，银行只是作为“平静的商业伙伴”而存在；当公司盈利开始下降，主银行能很早就通过营业往来账户、短期信贷、与公司最高管理层商业伙伴的长期个人交往等途径获取信息，及时发现问题；如果情况继续恶化，主银行甚至可以通过召开股东大会或董事会来更换公司的最高领导层。
从表面看，日本公司的董事会并没有银行代表，实际上并非如此，日本商业银行的通行做法是，由公司主银行的前任主管（1名或更多）担任董事。这位前任主管实际上在为主银行收集信息，并对公司主管实行严密监控。当他对公司主管经理的经营业绩不满意时，可以利用股东大会罢免这些经理人员。
主银行制股权、债权的双重型，使得其在公司治理过程中能够采取比较实用、灵活的方式。例如，可在事前、事中和事后任何一个环节进行对公司的外部治理。事前治理是指投资者对法人企业提出的投资项目的经济价值进行评价和考察；事中治理是指资金注入企业后，投资者介入法人企业，直接检查经理人员的经营行为、企业的运营状况及资金的使用情况；事后治理是指投资者检验厂商的经营绩效或财务状况，判断公司在出现财务困难的情况下能否继续长期生存下去，并利用这些信息决定是否对经理层给予可能的校正或惩罚。
（三）股东大会形骸化
实践中，股东大会形同虚设，并没能充分发挥法律赋予的对公司经营大政方针做出决策的权力。大部分公司每年仅召开1次股东大会，而且大多为“走过场”，股东大会沦为履行程序的“鼓掌大会”。例如，在日本大部分的股份有限公司中，出席股东大会的股东人数极少；在股东大会上也没有实质性的审议；股东大会的所用时间一般也只有30分钟左右。[12]究其原因，法人股东的大量存在以及追求交叉持股的稳定结构是造成股东大会形骸化的主要原因。法人股东与经营者关系密切，他们在立场上与其说是去监督经营者，不如说是更倾向于确保和助长经营者地位的稳定。毫无疑问，公司间相互持股对股东大会的监督功能造成了很大的伤害。
并且，股东大会实际上成为经营者、总会屋和从业员工股东合作演出的场所，一般股东尤其是个人股东对股东大会失去了兴趣。总会屋，是“职业股东”或“特殊股东”的意思，他们或者为了敲诈的目的而在股东大会上进行捣乱；或者受雇于公司帮助经营层顺利过会。总会屋是日本特有的一种现象。而为了对付“总会屋”，很多企业在股东大会上利用持股的职工来对付。这些持股股东坐于最前列，对股东大会议长的发言做出“没意见”的响应，以压倒“总会屋”的发言，但这也同时剥夺了一般股东发言的机会。[13]
与之形成对比的是，日本公司会通过举行定期的“经理俱乐部”会议对公司主管施加影响。例如，在该会议上，包括银行和法人股东在内的负责人与公司经理一道讨论公司的投资项目、经理人选以及重大的公司政策等。日本“经理俱乐部”会议并不是正式的公司治理结构，但实际上却是银行和其他主要法人股东真正行使权力的场所。
（四）董事会实际拥有业务决策及执行权，与经营层高度的“二位一体”(www.xing528.com)
日本《公司法》规定，股东大会选举董事和监事，再由董事会选举经营者。而公司实际操作为，经营者来提名董事候选人，而且在股东大会几乎都能原封不动地通过。换言之，经营者选举董事，董事会选举经营者，亦即等于经营者自己选举自己。故经营者不但脱离股东大会的控制，亦摆脱公司监事会的监督，从而掌握公司的控制权。
在日本董事会中，股东代表特别少。董事几乎全部都是仰赖日本独特的终身雇佣制和年功序列制的恩惠，从公司职员中一步步提升上来的。[14]例如，在上市公司特别是大公司中，具有股东身份的仅占3.9%，其余都是内部高、中层的经理管理人员等。由此可以看出，董事会并不是股东真正行使监控权力的机构。[15]董事会成员绝大多数来源于内部经营专家，董事会实际已成为经理人员内部控制的有效场所。
而日常公司运行活动中，由董事组成的“业务会”或“经营者会议”、“常务会”，代替董事会进行最高经营决策的角色。其作为经理的辅助机构，具有最高业务执行机构的功能，此种最高决策机构与最高执行机构的统一，是日本公司权力制度的一大特色，从经理到董事既是决策者，又是执行者，使日本的经营者在公司几乎拥有至高无上的权力。
在董事会内部，一般划分为董事会会长（担任公司的代表董事）、社长（相当于总经理）、副社长（相当于副总经理）、专务、常务等职衔。在董事会会长和总经理的选任问题上，二者相互影响的程度比较大，董事会整体影响弱化。
根据日本《公司法》，董事会至少由3名董事组成。实际运作过程中，大多数公司的董事会规模都比较庞大。例如，1995年的统计数据显示，上市公司平均董事人数为19人；而按照企业规模看，资金超过500亿日元的大公司，约60%的董事人数超过30人，其中大约20%的公司董事人数超过40人。[16]
（五）监事会沦为董事会的从属机构
从法律上看，日本的监事会与董事会属于并列平行关系，监事由股东大会选举产生，实行对董事会的业务监督和财务监督。
但由于日本经理层实际控制公司，决策权和业务执行权合二为一，监事的人事权实质掌握在社长手里。因此，监事实际上形同虚设，总体来讲日本监事制度的运行不是很理想。
从日本公司的实际状况看，实际担任监事的，大多是原来担任过董事但尚未升为社长、尚未升到董事却已接近退休年龄的“部长”之类的经营者（担任过社长、会长、副总经理的人则很少再担任监事）。同时，从监事的业务经历来看，一半以上的人并未在公司里担任过与监察工作有直接关系的职务。因此，监事职位成了“光荣告退之阶”或“名誉职位”，从而使得整个监事会成为董事会的从属机构。[14]
（六）激励机制——年薪制和年功序列制
在公司治理上，日本长期以来采取的激励机制是年薪制和年功序列制。
年功序列制的主要内涵是：员工的基本工资随员工本人的年龄和工龄的增长而每年增加，而且增加工资有一定的序列，按各企业自行规定的年功工资表次序增加。企业按员工入厂年限对员工进行分层，入厂在2年内的叫新人层；3～5年的叫一般层；6～9年的叫中坚层；10～14年的叫核心层；15年以上的叫监督层。以丰田汽车公司为例，员工的工资收入除按年功序列确定的基本部分（约占49%）以外，其余一半以上仍由活的因素，如效率、成绩等决定。
经理人员报酬主要是工资、奖金，奖金与其贡献挂钩。此外，还有职务晋升、荣誉称号等精神性激励措施，而非欧美国家通过股票期权实施激励机制。
当前，年功序列制在逐渐崩溃。于是，探索更有效的激励机制成为日本公司治理上一个非常现实和重要的课题。
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