嘉道之际，汉学弊端已经明显暴露。一方面，汉学末流盲目信古，求于枝叶，琐碎空疏，日益脱离现实；另一方面，人人自立考据名目，门户之争愈演愈烈，汉学成为趋炎附势、猎取功名的工具，士习不端、学风衰恶。早在嘉庆年间，就有汉学家指出汉学兴盛所带来的一大弊端，即门户之争，盲目信古。嘉庆三年（1798年）三月，焦循在给王引之的书信中，写道：“循尝怪为学之士自立一考据名目。以时代言，则唐必胜宋，汉必胜唐；以先儒言，则贾、孔必胜程、朱，许、郑必胜贾、孔。凡郑、许一言一字，皆奉为圭璧，而不敢少加疑辞。窃谓此风日炽，非失之愚，即失之伪。必使古人之语言，皆佶屈聱牙而不可通；古人之制度，皆委曲繁重而失其便。譬诸懦夫不能自立，奴于强有力之家，假其力以欺愚贱，究之其家之堂室牖户，未尝窥而识也……循每欲芟此考据之名目，以绝门户声气之习。”[67]黄本骥对此也言道：
自经生各立训故之学而门户分，门户分而讼端起。出入奴主，互相水火，一字一义，多者至数万言，少亦数十百言。穿凿附会，无所不用其极，而其本旨益混杂淆乱，无可依据。此其流弊。非尽废诸家攻击之说，以还经之本然，不足以为救。[68]
至道光朝，考据学流弊日甚，很多学者对此进行了批判。笃于汉学的沈垚言道：“乾隆中叶后，士人习气，考证于不必考之地，上下务为相蒙，学术衰而人才坏。”[69]有的学者指出：“近世言汉学者，喜搜古义，一字聚讼，动辄数千言，几如秦近君之说《尚书》。当天下无事时，文章尔雅，以之润色太平可矣。及其有事，欲以口耳之学，当天下之变，宜其束手无策。”[70]更有学者尖锐地指出：“数十年来，承学之士，华者骋词章，质者研考据……天下之士，遂真以食色为切己，廉耻为务名，攫利禄为才贤，究义理为迷惑，而官箴玷、民俗薄、生计绌、狱讼繁，百害籍籍，乘此而起。”[71]当时，对乾嘉学派抨击得最激烈的当属宋学阵营。潘德舆把社会风俗的败坏、道德人心的颓堕归结为乾嘉汉学对程朱理学的排斥。他说：“程朱二子之学，今之宗之罕矣。其宗之者率七八十年以前之人。近则目为迂疏空滞而薄之，人心风俗之患不可不察也……今人不满之者，每能确指其解经不尽吻合乎圣人，制度名物往往疏而不核，诚不为无见……而七八十年来，学者崇汉唐之解经与百家之杂说，转视二子为不足道。无怪其制行之日趋于功利邪僻，而不自知也。”[72]晚清理学名臣曾国藩对汉学末流也予以批驳，他说：
嘉道之际，学者承乾隆季年之流风，袭为一种破碎之学。辨物析名，梳文栉字，刺经典一二字，解说或至数千万言。繁称杂印，游衍而不得所归。张己伐物，专抵古人之隙。或取孔孟书中心性仁义之文，一切变更故训，而别创一义。群流附和，坚不可易。[73](www.xing528.com)
而宋学家方东树于清道光六年（1826年）撰成《汉学商兑》一书，大肆攻击汉学，把汉学指斥为“异端邪说”。他说：“汉学诸人，言言有据，字字有考，只向纸上与古人争训诂形声，传注百杂，援据群籍，证佐数百千条，反之身己心行，推之民人家国，了无益处，徒使人狂惑失守，不得所用。”[74]方氏之《汉学商兑》，对汉学全面、系统、尖锐地批评，“使清代汉宋之争出现了变化，开始了宋学对汉学的全面反击，改变了宋学在汉宋对峙中的守势地位”[75]。
今文经学派一方面借助经书研究成果，大肆攻击汉学的立论根基，一方面对汉学的于世无补的学风进行严厉批判。魏源对戴震以及段玉裁等汉学家一概反对，认为段玉裁“于《尚书》经师家法不明，专据马、郑本为真古义，因以《史记》之不同马、郑者，皆武断为今文”[76]。到光绪朝，今文经学更加兴盛，廖平等今文经学家对考据学进行了严厉批判，认为“国朝经学，喜言声音训诂，增华踵事，门户一新，固非宋明所及，然微言大义，犹尝未闻，嘉道诸君，虽云通博，观其共撰述，多近骨董，喜新好僻，凌割《六经》，寸度铢量，自矜渊博，其实门内之观，固犹未启也”[77]。他对乾嘉汉学家予以攻击，说“如《段氏说文》、王氏《经传释辞》、《经义述闻》，即使全通其说，不过资谈柄，绣槃帨，与帖括之墨调滥套，实为鲁卫之政，语之政事经济，仍属茫昧”，“阮刻《学海堂经解》，多嘉、道以前之书，篇目虽重，精华甚少。一字之说，盈篇屡牍；一句之义，众说纷纭。盖上半无经学，皆不急之考订；下半亦非经学，皆《经籍籑诂》[78]之子孙”[79]。康有为在《新学伪经考》中对考据学进行攻击，指斥其为伪经，认为东汉以来的经学多是刘歆伪造。“始作伪，乱圣制者，自刘歆；布行伪经，篡孔统者，成于郑玄。”“凡后世所指目为‘汉学’者，皆贾、马、许、郑之学，乃新学，非汉学也。”[80]《新学伪经考》网罗了以前今文经学家对古文经学所进行的零散、片段攻击，给予汉学以根本性打击，从而加速了其衰败。
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