在处理申请人的信息公开申请时，行政机关必然需要对其所申请信息的性质进行实质审查，以此作出是否准予公开的决定。在涉及商业秘密的政府信息公开中，行政机关往往不仅要对商业秘密进行实质判断，其还需在决定不予公开时衡量不公开是否会损害公共利益，而“公共利益”与“商业秘密”一样，也是一个极具不确定性的概念。两个不确定概念相遇，会产生更大的不确定性，这也极易导致行政机关武断恣意地行使行政权力。因此，行政机关对商业秘密的审查义务较其他类[11]信息公开申请而言只能更加严格，而不能流于形式。
行政机关对所申请信息是否涉及商业秘密必须进行实质审查，主要基于以下三点理由。
第一，是法条解释的应然之意。《政府信息公开条例》第32条规定，依申请公开的政府信息公开会损害第三方合法权益的，应当书面征求第三方意见。此条款规定的是第三方意见征询程序，该程序启动前提为“待公开信息会损害第三方合法权益”，很明显，对前提成立与否的判断过程是一个价值判断过程，公开信息的利益与第三方利益同时得以被行政机关考量。行政机关若要更好地把握“公开信息的利益”，其必然要对公开信息的内容进行实质判断。那么此处需要公开的信息是什么呢？就是《政府信息公开条例》第15条规定的“涉及商业秘密、个人隐私等公开会对第三方合法权益造成损害的政府信息”。(www.xing528.com)
第二，行政机关对所申请信息是否涉及商业秘密拥有“首次判断权”。行政首次判断权是指法院在审理行政案件时，对于行政机关职权范围内未予判断处理的事项，法院不得代其作出决定。[12]例如在余穗珠诉海南省三亚市国土环境资源局案中，法院认为行政机关对一项企业信息是否涉及商业秘密拥有首次判断权。依据权责统一原则，行政机关的“首次判断权”既是一项权力，也是其法定职责，其不履行该职责行为，构成行政不作为。另外，只有行政机关进行“首次”判断之后，法院在审理此类案件过程中，才能对信息是否涉及“商业秘密”进行“二次”判断，否则法院只能责令行政机关重新作出答复决定，此时，申请人可能会对行政机关重新处理决定不服再次诉至法院，造成司法资源的浪费。
第三，行政机关以涉及商业秘密为由的不予公开决定实质上是对公民知情权的侵害，公权力对私人利益的侵害必须有法律依据且详细说明理由。[13]《政府信息公开条例》第5条规定政府信息公开“应当坚持以公开为常态、不公开为例外”，对于“例外”的适用应当审慎并严格限制。因此，行政机关在适用商业秘密的豁免公开条款时，应当对所申请公开的信息进行实质审查，对其确属涉及商业秘密的信息承担举证责任。[14]
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