进入十九世纪七八十年代，由于西方列强进一步加强了对中国的侵略，中国周边海防和边防相继吃紧，清政府逐渐加强了沿海、沿边地区军队的建设和改造，在规复旧制的同时，还进一步汰弱留强，加强训练，加强武器的更新换代。
1880年，黑龙江省因为前期所建的练军并没有多少成效，在筹备边防的大背景下，黑龙江省加强了对练军的建设，并计划常练马步士兵10000名，因部议拨饷30万两，行令要就饷酌减。此前东北练军的将军定安酌拟马队1000名，步队9000名，为两班轮演，每两个月一换，这是不减兵数的训练方法。节省经费也为一时的权宜，后来因为马队换班有些推诿，勤惰不齐，就改为常驻训练，而各城跳队仍旧轮班操演。
文绪担任将军后，进一步加强对黑龙江省练军等陆营的建设，训练的方式也变得多样化。常驻操练的项目加入了所谓的抬枪和青龙阵之类的内容。在省城有改练长胜炮，令调教习前来教练各项阵队技艺。这也是一种变通的思路。
文绪认为，兵贵精而不贵多，练艺的同时尤其需要练心和胆。欲求一律精强，势必得常驻训练和专精一志。查部拨练饷30万，原是练队5000人，自应就饷常驻训练，以收实效。所以在他的练军计划里，将省队练军马队1000人仍旧常驻操演外，所有各城练军步队，请汰弱留强，精加节选4000名，改为常驻训练，以收历久精强不息之效。
由于各城情形不同，所以在训练的过程中也应因地制宜办理。具体来说，呼兰与吉林省交界，常受马贼的扰乱，没有防军，不能不依靠练军以资巡防，而追缉截剿却又必须依靠马队，因此计划将该处步队练军改添马队300名，在所建立的练军中，共计有马队1300名，步队3700名，总共马步练军5000名。当然，这些练军编成队伍，按所有各城的轻重情况分拨兵员，进行训练和驻防。这些新式训练，必须等所调的洋枪、洋炮和教习、员弁到齐后才能进行。
问题是，练军中的马队步队，各有营制，并不完全相同。黑龙江省练军，步队都按马队的营制，带队官太多。因此计划查照奉天步队营制，统领自带1营，以下各官，应撤者撤，应节省者节省，这样计算下来，练军5000人马步队，核计大约可以省银三万两。加上减造一些火器，可以节省银8000余两。总共节省银38000余两。如此下来，原拨练饷30万两，约计可以够用[150]。
在武器装备方面，东北海防新创建了水雷营。1889年，奉天营口地方，前因办理海防，制设水雷营，以资扰守，陆续于外洋、天津添置机械、电线、棉花、火药等件，运解到营，应设雷库十间，存放电线、军械各器，层层堆放，已无余地。后又在该营电库西边添盖药库五间，地盘筑深七尺，作军用火药库[151]。
为了国防而进行的练兵，在新疆显得更有意义，其对绿营的整顿和改革也是比较滞后的。长期以来，清政府的军队由于吃空额者多而战士少，新疆也不例外，绿营的营兵长期不足额，各省无劲兵可调，新疆省于是选取土著兵民以及各处就食，兵民授地耕垦，一备军食，一备战守，无事则驱其尽力陇亩，有事则调其效命锋镝，且耕且战，即兵即农，但效果并不理想。他们遇到战事就观望而不敢作战。
清政府在大乱之后，逐渐加强对新疆军队的建设和改造，同时在新疆还设立行省，以吏治的方式进行治理。
新疆在战乱之前，南北两路驻兵有40000余人，岁需经费一百四五十万两。其换防官兵俸赏、行装、盐粮等项，给予内地者数目也不小。咸丰年间，军兴以后，议款维艰，因此清政府计划将陕、甘两省调往口外换防的官兵，自咸丰三年起概行停止，其喀什、噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、乌什、阿克、克苏库车、喀剌沙尔八城应设的防兵即由伊犁、乌鲁木齐绿营内如数酌拨，如绿营不够，即在满洲营官兵内通融调拨，一律定为五年更换。这样做主要出于财政上的考虑。“新疆兵饷为数最多见，当库款支绌之时，若不亟思变通，此后愈难为继。”[152]所以陕甘总督、伊犁将军参赞大臣、乌鲁木齐都统、叶尔羌参赞大臣，按照所奏，变通办理，仍具有一定的合理性。当时的伊犁额设的满汉营及四部落官兵15600名，分驻九城四爱曼及各卡伦地方，控制夷回，镇抚边屯，最关紧要。
新疆经过战乱后，原来的旧制已经无法规复。哈密以西各满营旗丁，乱后孑遣仅存，旧制万难规复。以古城、乌鲁木齐两处来看，此前古城领队大臣胜安由北京来到新疆，道出哈密，看到古城满营房屋久已鞠为茂草，该处旗丁总共不过十数人，胜安自以为可以补授这些缺额，原可以马上担任这个新职。结果发现这个古城无队可领，无营署可住，进退维谷，殊形狼狈，怅然越天山北去[153]。
左宗棠于1876年夏秋之交率领军队克复乌鲁木齐。当时满城倾圮，瓦砾荒凉，未见旗丁一人。然后进克南路各城，始将旗丁之被贼胁迫者陆续拨出，咨送乌鲁木齐安插，然为数亦属无多。所以胜安的精明强干，又世受国恩，锐意想有所作为以图报称，但是所管的旗丁只限于此数，心里极不是滋味。虽说都统有兼辖镇迪道之责，而政务亦甚简少。不足以发抒其才气，他的离去也是情理之中的事。
其他旗丁，如哈密办事大臣明春所部健锐、威仪各营，已奏明全行裁撤。其所管辖的回民事务，也经左宗棠奏准归哈密通判管理。新疆时事变迁，都统及办事领队各大臣，兵少事简，几无异投闲置散。在乌鲁木齐设立抚标官兵，南北两路均宜另设额兵。添置总兵、副将、参游、都守、千把等官，作为永远边防之计。乌鲁木齐提督应先驻喀什噶尔城以安抚要塞。吐鲁番及南路旧有参赞办事领队各大臣员缺，一律裁去。自哈密北至伊犁所有都统及办事领队各大臣员缺，也酌量裁撤。马里坤、古城、乌鲁木齐、库尔喀拉、乌苏等处所余旗丁，零星分布，无济实用，把他们归并于伊犁满营，集中管理和训练，以期渐成劲旅。这是对旗兵的安排和管理上的变化。
承平时期，新疆南北两路归伊犁将军统领，乌鲁木齐都统也兼辖镇迪一道。如设巡抚，则可以避免政出多门。伊犁满营，应改照各省驻防将军营制，重新进行整顿，务求精实可用，庶于边防有所裨益。总之新疆不复旧制，必须照行省的办法进行管理。所以在战乱之后，一方面要裁汰勇丁，另一方面还要规复兵额，变通营制，方能永固边防。
当时，新疆营制在四个方面进行了变通：增骑兵；重火器；设游击之师；以所裁之勇编为绿营制兵。
第一，增设骑兵是当时新疆军务改造中的重要内容。各省绿营定制，步多骑少，扼要防险，战于山谷，这是步兵之利。出奇进剿，平原荡决，这是骑兵之利。新疆各城，广川大原，间以戈壁，所以必须减少步队增加骑兵，这是亟应变通的。(www.xing528.com)
第二，重火器更是这次新疆军务改造的重要内容。军兴以后，多尚火器，且越讲越精，以他器敌火器，则他器钝而火器利，以火器敌火器，则旧者钝而新者利，少者钝而多者利，所以外国水师，非恃兵众，唯恃器精。而又勤于习练，减养兵之资，为购器之费，这是应当变通的地方。
第三，设立游击之师，增加军队实力。新疆各城营汛设立制兵，为数不能过多，此城有警，彼城设防，各顾辖境，力难分救。因此南北两疆，应当设立游击之师。居中驻扎，统以知兵大员。此项兵丁，不供他役，规模严整，以期士气常新，设遇各城有事，风驰电掣而赴之，无事之岁，南北两疆，各于边界定期会哨，振武扬威，隐戢奸宄，这是亟宜变通的地方，正“所谓变通营制方能永固边防也”[154]。
第四，将所裁的营勇改编为绿营制兵。
经督办新疆军务大臣刘锦棠奏明，就关外所裁的营勇，选其精壮耐劳者编成绿营制兵，改行饷为坐粮，这其实是一项重要的政策。因为关外营勇，有籍隶陕、甘的，离新疆比较近，这些人在风土方面与新疆相似。有籍隶东南各省的，他们多被贼掠，辗转投营，里居氏族不能自知。也有原籍受到兵灾，田庐已空，亲属已尽，不可复归者。更有寇乱之日树怨于乡，以异地为乐土，故里为长途者。选择这些人作为制兵，有很多好处。他们久经战阵，可期其得力，这是一利。参用屯田之法，兵食两足，这是二利。关外多一精兵，关内就少一游勇，隐弭无数事端，这是三利。所谓裁汰勇丁就可以规复兵额，两者可以互补，“边域要地，治兵为先，兵强则边固，边固则民安，民安则事理矣”[155]。
后来，刘锦棠、谭钟麟等人又对新疆的官制、营制进行了变通。
根据他们的奏折，新疆抵定，左宗棠请设行省，大概以维持久固之策。刘锦棠认为，左宗棠原奏，自督抚、司道、府厅、州县以及各种杂项官太多，费用不易筹集。办理善后，因革损益，百废待兴，而要以固结民心为主，即设立行省，也当从州县办起。然后再设督抚以统辖之。这是逐步经营的方法。查新疆北路，由哈密以至精河，中间镇迪道所属州县各官，均已得到恢复原来面目。伊犁同知，收复后即可委员往署，地旷人稀，再有之官足资控制。无须另设多员。只是南路八城，只有吐鲁番一同知，辟展一巡栓，其余七城克复以后，一切善后事宜，如清丈地亩，稽查户口，征收税厘，皆委员办理，已经数年。委员非尽不善，第以空名办实事，时复更易。既无责守，亦无平成，安得与斯民相维系之念。所以在南路设立丞卒、牧令等官，七城各设一官，在喀什噶尔、阿克苏各设巡道一员，如北路镇迪之例，皆归钦差大臣统辖[156]。
在战乱后新疆的军队改造中，裁撤营勇，规复绿营旧制，也是一个重要的内容。
根据额尔庆额的奏折，新疆的塔尔巴哈台非有重兵镇压，不足以固藩篱。前任参赞大臣春满任内，奏定章程，以汉人队伍2000人，旗兵队伍1000人在此驻扎，明显加强了这里的军队防守，这是很好的。但问题是，汉人队伍一般都是从关内招募而来的。他们久役思归，有百分之八十以上都不安本分。所以改造的重点在于，遣撤各营勇丁，所遗缺额，原议派员入关招募，添补成军，计划改为坐粮和土勇两项，除此别无良法。
查塔尔巴哈台旧制，原有换防制兵1000名，伊犁换防兵1000名，本处额鲁特各部落旗兵1600名。自从新疆乱后，屡有变更，不能划一。
基于此，改造的重点是，将汉人队伍2000人概行裁撤，规复绿营旧制，拟请就近由甘肃各镇抽调可携带家眷的精壮兵丁1000人。伊犁现无兵可调，拟将塔尔巴哈台、索伦、锡伯旗队作为驻防，并在额鲁特、察哈尔各部落内共挑选精壮蒙兵1600名，合之现有的旗队1000人，仍符合3600名的旧额，选派得力将弁，分起管带，认真训练，一二年后即成劲旅。该制兵等既有身家，自无他患。
在饷章方面，绿营制兵按每马兵1名月给银4两，每步兵1名月给银3两，守兵1名月给银2两。旗队则每马兵1名月给银4两，步兵1名月给银2两。所有绿营官弁，当时屯防副将所辖共35员，自必再行添设。通计官兵等廉俸、心红、马乾及办公津贴、添制军装、器械等项，共需银20万两左右，每年可节省1万余两。
另外，为了更好地留住这些军队，拟请每兵1名，除由地方官支给车辆外，酌给川资银60两。约计关外各军悉改坐粮，裁减善后经费。每年可节饷银50余万两。该制兵到防后，即酌量发给牛具、籽种，认地开垦，三年后按亩升科，于守戍之中寓屯田之法，一举两得。该地土著、汉民甚为稀少，汉民共141户，内除有眷口者94户，其余均无家室。塔尔巴哈台防营，业经添补足额，改设步队3营，马队4旗，共员弁勇丁1998名，一律支领坐粮，共计每岁需正饷银11万8千318两2分，其余一切款面，仍照旧案支发[157]。
西北地区的陆军建设中，大部分省份都在加强马队的建设。如陕西省，可以说是边腹要区了，战乱初平，兵制未复，从前因时制宜，酌留马步防勇扼驻巡防，这是所谓的防军，同时还挑募练军居中策应。所以战乱初平后陕西省军队主要是防军和练军。后来，陕西省因为原留的营勇尚多，经过多次更章裁减，每岁额饷较承平时要少一些。所存的马步防练各军，勉强分布。旗兵方面，各旗营分防地段，常有数十里或数百里不等。匪帮太多，等到闻报追拿，步勇每苦不及。基于此，陕西省军队改革的重点在于多添练马队。1891年，陕西巡抚鹿传霖就当时的兵饷额数，酌量裁减步队，增添马队，以期得力。
查陕西省防军马队，为数不多，当时只有抚标中营1营，官弁7员，马勇225名；西林马队1起，官弁3员，马勇连伙勇168名；左翼马队1起，官弁3员，马勇连伙勇137名；右翼马队1起，官弁3员，马勇110名。练军马兵则有亲兵1哨50名。前巡抚随时裁并，人数既多寡不齐，月饷也参差不一。
鹿传霖改定划一章程，统一防军马队营制，将原存防军中营马队每营统一为250人。同时裁撤旗营中的步队，以月饷改练马勇150名为1旗，名叫抚标前旗马队。将西林马队裁去伙勇，也以150人为1营，名叫后旗马队。并将左、右两旗马队各定为125人。又将练军义精营裁撤，改练马队，连原存马兵50名，共成250人为1营。合计防军马勇1营4旗，共800人，练军1营，马兵250名，总计马队兵勇1050名，每营各设营哨官弁7员，每旗各设营哨官弁4员，薪水、公费俱照旧章定，拟马勇月饷一律改为6两6钱，通盘核算，以步改马，每月约增饷银100两，每岁共只增银一千数百两。“增饷甚微，而获益甚大。”[158]
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