晚清时期，清政府对于防军营伍的整顿问题，还有其他不同的整顿和改造方法，这些以求善后变通的方法确有不少，但有四件事情值得关注。
首先是随时换防的问题。
各省防军成立，初募练勇，实数还有八九成，这样防军应敌之师，短少还不至于太多，一经驻防无事，总统、分统、营官往往饬令勇丁几成告假，结果上行下效，互相徇隐。而在防的勇丁，或因病故，或因克苦离营，或因事故回籍，或因烟赌及犯营规革退，而勇额之虚悬已经不少了。
同时，总统、分统、营哨官及营务处，各调剂其亲戚故旧、家人妇女，捏开虚名，散隶各哨、各棚，随时坐扣实饷，以及幕友、随员、文案之跟随，也虚补名粮。营哨各官，瞻徇情面，习为故常，这样名粮之虚冒更是不少了。名册报部，则历历可稽，按之实在，则满七八成者固然很多，有的甚至有不满四五成的，这已经是很严重的问题了。
虽然各军都有稽查截旷的活动，而勇丁之多寡，只有总统以下各官知道。虚冒的名粮，也只有总统以下诸人分别扣除。各营的勇丁，又非他人所能点名清查，虚实固不可知，其强弱也不可知。此防越久，不堪深究。离京越远，更不堪深究，虚靡帑项，所以日甚一日，后果越来越严重。
要改变这些弊端，只有随时更调这种方法，这是简单的变通方法。或调东省之军换防南省，或换西省之营调防北省。不可彼此两省对调，更不可以彼此一军对调。这样做有更大的好处，当时刘锦棠一军尚须防剿余匪，吴大澂所部各营传闻尚为得力。无论何军，应令即时进行更调，不准督抚统兵大臣以久驻。
不愿意换防的理由，多是借口防军熟悉地方情形，深资得力，及有经手未完事件，未能遽令换防等语。这些都是捏词搪塞展缓，以遂其欺饰弥缝之计。其借口不可换防者，非欲拥兵自重，即恐利权旁夺，否则空额太甚，担心形迹破露罢了。
而且，换防时要明确规定，在拔营之先，应由督抚严饬各地方官，不许百姓临时应募充当长夫。开行之后，也不准游民沿路应募充当勇丁，总以该军实有勇丁自行搬运帐篷起行，由该管营、哨官严加约束到防。
关于换防的期限，不必预定年份，可以随时更调，使之仓猝募实不及。换防的远近，约在千里以外，庶得按站稽查。督抚预令各该州县，凡遇换防军营经过地方，沿途要隘详密查点人数，禀呈督抚奏报，即据勇丁多寡以定统兵诸臣的功罪。并请旨破除常格，准经过各州县核实造册。由驿呈报户兵两部，使小臣亦得效忠，这是兼听并观之道。免致督抚独任其怨，归于瞻徇，造报不实。“如是则防军之虚实，难逃千里共见共闻之耳目”[95]，这是应当变通的地方。
其次，由疆臣点校各军。
防军练勇由各军的总统官点名散饷阅操，少者无不以为多，虚者无不以为实，弱者无不以为强，究之多寡虚实强弱，政府固不得而知，即驻扎该处的督抚也是不得而知。
只有请饬下各督抚，于防军过境之时，近则调省，远则出巡，驻扎防军必由之路，无论何军练勇，调册点名阅操，在道路之中数之，则少者不能报为多，额之虚者不能捏为实，勇之弱者也不能饬为强，即或临时募补，技艺必不娴熟，则老弱者可以裁汰，冒充者可以斥退，随时据实驰报。
这样，朝廷就可以就其现有的勇丁以为额，以后只有裁减，不准募添，如此筹饷又有把握。等防军到防之后，督抚一年之内，或调省，或出巡，点名阅操四次，则将领之能否，勇丁之强弱，人数饷数之虚实，举可周知。这些都随时驰报，而保奖参劾，即存于其中。哪些营伍逐渐归于整顿，督抚果能破除情面，“核其名实，虽非其军统帅，亦必有所严惮，不敢弊端百出”[96]，这是应当变通的地方。
第三，饷归部拨。
各军夫价、公费、帐篷、勇饷均已裁汰之后，可以说是弊端全除。勇数又复核实，则饷项从新另有定数，这可以减少政府财政上的压力，对于旧章、新章是有利于统一的。
陆军军饷原本是由部拨。自咸同年间军务大乱，因由外省筹饷协济，即由外省解赴各军，免解部库发领。政府转折就延，造成军队事权下移，这只是时局紧张时的一种权宜办法。
军务平定后，如果仍由各省解赴指定各军协济，虽说简便，但恐相沿日久，视为固然，地方督抚将不复知有朝廷。当时的统兵诸臣，无非勋旧亲任，原可不疑，但是日引月长，老成凋谢，倘委任或非其人，则兵饷皆在将帅掌握之中，外重内轻，流弊尤恐更加严重了。
地方各督抚大臣，每年开支动逾数百千万两，政府不曾限制。但地方督抚忽视朝廷，已成外省积习。若不及早裁革虚冒，示以限制，提充库款，恐将来尾大不掉，政府遇有急需，必至呼救不灵了。
所以应当饬下部疆臣及统兵诸臣，此后防军月饷，除奉省现议新章，此外各军月饷，现由部拨者仍由部拨，由各省协济者，该军随京在二千里以内，所有各省协济该军饷银，悉令解部，由该军赴部请领。其有防军距京在两千里以外，前由各省协济，其协济省份距京较近距该军较远者，所有协饷悉令解部，也由该军赴部请领。只有协济省份距京较远距该军较近者，所有协饷虽暂免解部，应由该军督办先期奏请。俟奉旨允准饬部行协济省份，方得请领。但户部均应不能延迟，以免军心决望，或至饥溃。如此办理，朝权才不会下移，才可随时循名核实，不至如从前公款饷项皆在督抚、统兵诸臣之手，诚为二得之举，这也是应当变通的地方[97]。
这个办法，当时有人提了出来，但清政府对此未能有所行动，也不变轻易改变当时军权和饷权下移的事实，所以也只是一个说法罢了。
第四，汰兵补勇。
清代之前，历朝在开创之初，大都兵精而少，但是往往延及几代以后，莫不兵弱而多，清朝也不例外。国家额设旗、绿制兵60余万。洋务运动30多年来，行兵者皆以为不可用，于是广招练勇以成军，似觉得练勇可用。却不知前招的练勇，几代而后，由壮而老，精力消耗，且戍守安闲，强者必去，弱者方留，其不可用也已日益显现。
因此，改造的方法之一就是，随时裁革不可用的制兵，挑补可用的练勇，可收一举两得之效。(www.xing528.com)
此前是制兵不可用，应当随时裁革，补以可用之练勇。因为当时这两项兼支，坐耗粮饷，各省制兵至十余年不能造册报部，其兵政之废弛可想而知。各省防军至数百营无从核实，则饷项之撙节无从有望。因此，裁减虚冒，禁革弊端，上述三方面的变通核实，不过补救于一时，不能解救于永远。在此背景下，清政府多次明谕，饬令各省防军严行稽核，汰弱留强，这也是有意义的举措，但是各督抚、统兵大臣，并不能实力奉行，不过视为具文，粉饰因循而已。
所以，清政府特饬各督抚、统兵大臣，定限五年，将各省练营制兵、水陆防军等分年裁汰，各在五年以内随时裁撤挑补，五年以上俱定制兵之额。其有限满制兵、练勇尚未开除选补足额饰词延宕者，无非是想虚报空额，吞蚀口粮。
如果有应须设防，或疑不敷分布的，可以仿照前贵州巡抚岑毓英改定黔省抽兵补练章程，应设防军处所，即拨补制兵的练勇分起驰扎，仍以前带练勇的营官及黔省候补归标的武员管带，而总其成于巡抚，所有统领、营哨官、委员、文案、书识等月支薪水，比之各军无不核减。但是兵勇月饷也不及各军之半，应请饬部调查各省制兵、练勇营制粮册，逐一比较，按照黔省章程酌加口粮办理。
黔军的兵勇规定：短少一名，记营官大过一次；短少二名斥革营官；短少三名，军法从事。虽未必弊绝风清，然究不致如各军虚冒名粮之甚。这种办法已行之数年，并没有什么大弊。如果其他省能照此办法，裁汰疲弱的制兵，以勇丁补制兵之不足，这样则驻防东南的勇丁即以补东南空额之兵，其有东南之勇从西北等省驻防之军，或有不愿归西北等省之标者，则西北等省所裁制兵空额可补，其有不足，宁缺毋滥。其留防西北未尽归标之勇，足补西北等省所空制兵之额，即以之留防西北，以代空额的制兵。或留防之勇多于西北制兵空额，则以余勇之名补于东南兵额不足之省，“而以后粮饷可仍照各省饷章开支，如是则勇尽劲兵，额无空悬，饷不虚靡，然后可以经久”[98]。这也是应当变通的地方。
以上这些改革，如果真的实行起来，近则一年之中可以节饷数百万两，远则五年之外可以节饷千余万两，“则库藏安有不充，而以苏民困，则衣食所资厘金可减，以养官廉，则京员禄俸可增，以恤兵丁，则八旗口粮可加，殊于国家至计大有裨益。其有公忠体国者，必遵旨实力奉行，其有假公济私者，必违旨矫语难行”[99]。
清政府对此并没有一个统一的意见，但都察院代奏教习王开运敬抒管见一折中所提到的这些办法，有一些在个别省份中已经实行，并取得很好的效果。
防军中有不少费用也是可以进行改革的，例如各项公费。
防军有总统1员，每月约薪水银500两。数营有分统1员，每月约薪水银50两或者100两。每营有营官1员，每月约有薪水银50两，比起文员来他们的俸银已多出数倍。而总统每月又另有办公银约1000两，作为办公、赏犒、心红纸张、油烛、柴炭等费。文案委员等薪水在外，分统营官，每月也另有公费银150两或200两，作为添换旗帜、军装号衣、办公等费。
这些所谓的办公费用，从前攻战之军，奋勇者都有奖赏之费，受伤者有养伤之费，阵亡者有埋葬、搬柩、优恤之费。或遇败仗，有赶办军装之费。如果防军除应酬方面的费用外，其余有的费用还可以请饷报销，略有领解部费，阅操赏犒。这些虽然会有，但是一营能得到奖酬的也不过数人，何况奖赏未必重。此外，心红纸费所动用的并不多，油烛、柴炭则月有薪水，至于各营旗帜、军装未必每月添置。号衣、号褂虽一年、半年时有添换，如果不克扣勇饷就足够了，何必还要什么公费之类的。
凡此公费，所需的到最后又用在何处，这是明摆着的。可是还是有一年只发勇丁饷银九个月或十个月的，或者闰月并不发饷，这虽然不是各军都一样，而领解全是库平银，散发粮饷、薪水各项，每银一两扣四分，每万两扣减四百两。这项平余，也名为提出办公。“是则各军皆然，似此则办公等费有盈无绌，安用薪水之外每月又另加公费，然不准支销，则借口办公无资，按月支销，又未免贪冒殊深。”[100]这些所谓的办公费用，是可以裁减的。
防军中因为腐败现象太多，军官大都成为贪污腐化分子。所以，以上各项公费的占有和贪污就是典型例子。
此外，帐篷折价也是一项浮冒款目。
前敌行军，不得不携带帐篷，以免野处露宿，且转战无定，易于损失，不得不半年一换，或者周年一换。驻守的防军，必然修筑营房，以图永久安居。计工估价，必作正款加倍报销，而所有帐篷束之高阁，悉归无用。又何至半年一换，或八个月一换，或一年一换。每营每年所添换帐篷价银至六七百两之多。这些款目不过徒劳无功，多浮冒款目。“即或偶有多调，旧者尚存，可以适用。纵有破坏，弥补即可。爱惜存储，可以二年一换。”[101]而所谓的帐篷折价也是可以裁减的。
以上这些可以裁减的不必要的费用，如果真能减下来，约计每年马队一营可节饷银九千余两，步队五百人一营者可节饷银一万五六千余两[102]。
此外，防军参与农田水利工程建设，也是对防军职责的扩大，是防军对晚清经济发展的一大贡献。
1881年，左宗棠计划调湘淮军马步各营兴修水利工程，就是一个典型事例，在一定程度上表明了湘淮军在大战后对经济建设所作的贡献，也是一件值得称赞的事情。
近畿水利，关系国计民生，兴修具有重要意义，但是因为受限于地方财力，河堰又受淤过深，往往兴修无法进行。道咸以后，军需繁巨，政府对水利工程更是兼顾不及，即例定岁修之费，也屡屡折减，于是河务废弛更加严重了。凡永定、大清、滹沱、北运、南运五大河，以及附属的六十余支河，原有的关坝、堤埝无一不坏，减河、引河无一不塞。其正河身淤垫越来越高，其视河底竟高于河外民田数丈。每遇积潦盛涨，横冲四溢，连成一片，顺、保、津、河各属，水患成灾。
曾国藩担任直隶总督后，开始重视这个问题，并多次强调要以治河为务，但还是不能兴办河务大工。李鸿章接任直隶总督后，正值连年大水，不得不求修治五大河的方法。五大河以永定河之害为最深，但卢沟以上，束于两山之间，向无工程，其病实在卢沟以下。必须挑去二百余里中洪一二丈的积沙，方能顺轨，否则以南堤为北堤，而改河使南，另筑南堤以障之，也可安流弭节而去。如果挑去全河极厚的积沙，自来无此办法，也无出沙堆积之处。如改南堤为北堤，则固安、永清两县城近靠南岸，也须迁建。东西河之间宽广百数十里，淤泥厚极，人力难施，此工程艰巨，在当时条件下不能大办。
在此背景下，李鸿章逐渐设法，量力补救。频年以来，修复了永定河金门闸及南上北三灰坝，以资分泄；裁湾切滩以纾流势，加筑堤段，添备麻袋上车，以助抢险。这些工作，在很多情况下都是抽淮、练各军分助挑办完成的。
当时，淮军统领周盛传，于津东的兴农镇到大沽创开新河45公里，上接南运减河，又于减河两旁各开一渠，以便农田引灌，其兴农镇以下又开机工河六道，节节挖沟引水，营成稻田六万亩。且耕且防，对于海疆建设也是大有益处的。同时，李鸿章还在各河的上游并治，在上游修复闸坝，酌开减河，以资分减下游；挑挖正河，添辟减河，以畅去路。
这样的工作，李鸿章部淮军、练军各营，因为人数有限（仅二万余人），他们驻扎各要隘，修筑炮台，弹压地面，缉捕盗贼，各有专司，只能抽空就近协助河务工役，势难全撤要防，总的工程态势是招雇民夫，助以兵勇。在此情况下，左宗棠以所带各营伍，移治上游，正可辅助直隶兵力之不足。左宗棠以陕甘应饷之军，助直隶治河之役。也是一举两得的事情。左氏军自张口、怀来移驻涿州，永定河堤，同时请张之洞、张佩纶来主持，由此可知左宗棠的用心良苦[103]。
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