我国已经形成了包含法定不起诉、酌定不起诉、证据不足不起诉、附条件不起诉以及认罪认罚特别不起诉五种不起诉制度的体系。从制度体系而来看，我国五种不起诉制度层次分明、并行不悖，理应发挥繁简分流、提高诉讼效率的作用。然而，事实并非如此。从司法实践来看，我国不起诉制度仍然存在不少问题，阻碍了我国不起诉制度的发展。
首先，总体适用率偏低，难以实现繁简分流。从不起诉制度的功能来看，不起诉制度能够对案件进行过滤，从而实现案件的繁简分流。放眼域外，世界诸多国家不起诉制度适用较高，充分发挥了不起诉制度的过滤功能，有效提高诉讼效率。如日本2006年～2015年10年间不起诉率一直处于上升状态，由40.7%上升到50.4%，德国不起诉率也在20%以上，美国不起诉协议在刑事诉讼程序中更是大量存在。[43]这些国家的不起诉制度充分发挥了过滤案件的功能，有效提高诉讼效率。回视我国，从不起诉制度的历史源流来看，我国不起诉制度的确立和发展同样围绕如何实现审查起诉阶段刑事案件的繁简分流而展开。例如酌定不起诉制度的确立，通过赋予检察机关自由裁量权，尤其对那些已构成犯罪但情节轻微，按照《刑法》规定不需要判处刑罚的案件，行使自由裁量权作出不起诉决定，从而起到过滤案件的作用，实现案件的繁简分流，提高诉讼效率。然而，从当前我国不起诉制度的司法适用来看，适用率远远低于域外诸多国家。关于我国刑事案件不起诉率，请参见表6-1：
表6-1 我国2014年～2018年刑事案件不起诉统计表[44] 单位：人
由表6-1可以看出来，我国自2014年至2018年之间不起诉率在5%～7%左右，远远低于域外诸多国家的不起诉率。[45]不起诉率低意味着我国不起诉制度在实践中无法发挥案件过滤功能、提高诉讼效率的作用。从2014年至2018年全国法院判处无罪或轻缓性的情况来看，我国不起诉制度确实没有发挥出过滤案件的功能。关于我国2014年至2018年全国法院判处无罪或轻缓性的情况，请参见表6-2：
表6-2 2014年～2018年全国法院判处无罪或轻缓刑情况[46] 单位：人(www.xing528.com)
由表6-2可以看出来，在人民法院生效判决中，判处无罪、宣告免予刑事处罚以及拘役、管制、缓刑、单处附加刑等轻缓刑平均约占45%。当然，判处无罪或轻缓刑的比例是多方面原因的结果，但是不起诉制度适用率低是其中重要的原因。事实上，对这些案件，如果可以在审查起诉阶段合理适用不起诉予以处理，可能会有更好的效果。[47]由此可见，不起诉制度适用率低，导致难以实现繁简分流。
其次，酌定不起诉制度与附条件不起诉制度的适用条件存在竞合，导致司法实践无所适从。法律表现形式理性化要求之一即法律规范体系之间各个要素相互联系及其内部的一致性，不仅要有法律规范调整人们（包括国家机关）的各项行为，而且法律规范本身要结构严谨，层次分明，具有和谐性、不能自身相互冲突。[48]在刑事诉讼中，不同的不起诉制度之间应当形成结构严谨、层次分明的体系，且不同的不起诉制度的适用应当是和谐的。然而，按照现行《刑事诉讼法》的规定，只要事实构成犯罪且情节轻微按照《刑法》不需要判处刑罚，就可以适用酌定不起诉制度。也就是说，酌定不起诉制度的适用并未附加任何考察条件，一旦作出即是最终不追究刑事责任的状态。而附条件不起诉制度的适用条件有五个，分别是未成年人犯罪案件、涉嫌刑法分则第四章、第五章、第六章规定的犯罪、可能判处1年有期徒刑以下刑罚、符合起诉条件、有悔罪表现。“符合起诉条件”意味着检察机关认为事实清楚，证据确实充分，这与酌定不起诉制度一致。此外，“可能判处一年有期徒刑以下刑罚”意味着有可能不需要判处刑罚或者免除刑罚，而且，酌定不起诉制度本身并未禁止在未成年人犯罪案件中适用。由此可以看出来，附条件不起诉制度的适用条件与酌定不起诉制度的适用条件存在竞合之处。倘若未成年人犯罪案件同时符合酌定不起诉制度和附条件不起诉制度的条件，则适用何种不起诉制度就存在争议，这必然导致司法实践部门无所适用。倘若检察机关一味适用附条件不起诉制度，则会架空酌定不起诉制度在未成年人犯罪案件中的适用；反之亦然。由此可见，检察机关在同时符合两种不起诉制度的案件中适用不同的不起诉制度，只会破坏法律的统一适用，遑论树立法律权威了。
再其次，被害人针对不起诉决定寻求救济的机制设置得不够合理。不起诉制度功能的发挥，需要建立一套与制度运行相配套的具体规范作支撑。这主要涉及不起诉制度的适用条件、不起诉制度的适用程序、不起诉制度的救济机制等问题。我国现行《刑事诉讼法》及相关司法解释对上述问题均有规定。对不起诉制度适用程序问题，2019年最高检《规则》有所完善，如规定检察机关立案侦查的案件不起诉决定的作出由本院负责捕诉的部门报检察长批准后作出。然而在适用条件上则存在酌定不起诉制度与附条件不起诉制度适用条件上的竞合等问题，对此上文已有详述，此处不赘。在不起诉制度的救济机制上，虽然现行《刑事诉讼法》《监察法》及相关司法解释明确规定了公安机关、监察机关、被害人以及被不起诉人等人的救济机制，但是不起诉制度的救济机制仍然存在问题，尤其是被害人的救济机制不够合理。一般而言，被害人作为犯罪行为直接侵害的对象，往往有着较为强烈的追究犯罪嫌疑人、被告人刑事责任的意愿。倘若检察机关对犯罪嫌疑人作出不起诉决定，则意味着被害人“复仇”的愿景没有实现，此种情况下被害人通常会对不起诉决定不满。为了解决被害人救济无门的问题，我国现行《刑事诉讼法》赋予被害人将公诉案件转为自诉案件，直接向法院提起自诉的权利，即对于侵犯被害人人身权利或财产权利的公诉案件，如果被害人对检察机关作出的不起诉决定不服的，有权直接向法院提起自诉。[49]应当承认，允许被害人直接向法院提起自诉的初衷旨在保障被害人的诉讼权利。在此类案件中，由被害人承担证明责任，即被害人提起自诉须提出足以证明被告人有罪的证据，否则法院驳回起诉。然而，我国现行《刑事诉讼法》并没有赋予被害人收集证据的手段和措施，更甚的是，国家专门机关收集有罪证据尚且存在困难，遑论作为法律外行的一般个体，其追诉犯罪成功的难度自不待言。从有关学者的实证调研数据来看，被害人不服检察机关不起诉决定向法院提起自诉的成功率并不高。有学者以被害人不服酌定不起诉决定向法院提起自诉的情况作为调研对象，发现S省2013年至2016年间，检察机关对9576人作出酌定不起诉决定，但仅有5人针对酌定不起诉决定提起自诉。[50]由此可见，被害人针对公诉案件直接向法院提起自诉的做法在实践中十分罕见，被害人陷入有权无利、告状有门但无路的尴尬境地，[51]导致被害人通过向法院提起自诉以实现对不起诉决定监督的途径形同虚设。[52]应当承认，被害人提起自诉率低的原因是多样的，但是缺乏收集证据的手段导致难以成功是其中重要原因。需要指出的是，2021年最高法《解释》为了解决被害人取得证据困难的问题，明确规定被害人有权向法院申请调取证据。而且，针对通过信息网络实施的侮辱、诽谤行为，被害人提起自诉，但提供证据确有困难的，人民法院可以主动要求公安机关提供协助。[53]毋庸置疑，这在一定程度上缓解了被害人取得证据困难的问题，但并没有得到根本解决。
最后，不起诉制度设置不能满足司法实践发展的需要。如上文所述，我国目前确立了包括法定不起诉制度、酌定不起诉制度、证据不足不起诉制度、附条件不起诉制度以及认罪认罚特别不起诉制度五种不起诉制度。然而，随着经济全球化的发展趋势，近年来我国企业在国际社会上开始遭受合规问题的诘难与挑战，如2018年6月中兴通讯因合规问题遭到美国商务部诘难，迫使中兴通讯通过完善合规计划、支付巨额罚款等方式换取生存空间。[54]同样的，抖音海外版Tik Tok在2020年也因合规问题遭到美国禁令。[55]在此背景下，加之我国检察职能的发展需要，在审查起诉阶段如何激励对企业合规计划的重视以及制定合规计划成为审查起诉阶段的新问题。放眼域外，要求企业制定合规计划并根据企业完成情况最终作出是否起诉决定的做法作为一种企业犯罪司法治理模式，因其有效激励企业重视合规计划而受到世界诸多国家的青睐。回视我国，我国不起诉制度的种类并没有专门的措施应对此种新变化，可以说，目前不起诉制度的设置不能满足司法实践发展的需要。
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