高速公路收入绝大部分来自于车辆通行费（另外还有广告收入、服务站租金或经营收入等）。车辆通行费收入全部由高速公路公司的出口收取。目前，各出口收取的通行费基本上统一集中到各省交通管理部门下属的清算中心，在清算中心结算后，划到各高速公路公司的收款账户，再由各公司支配使用。
高速公路运营后，支出有以下6个方面：
（1）偿还借款本息。基本上每条高速公路都有银行贷款，偿还贷款本息是其最大的支出。
（2）日常管理费用。包括收费站人员、管理人员、高速公路警察和路政人员的工资费用；其他管理费用，如保险费、接待费等。
（3）维修费用。日常养护费用约每km10万元/年；每7～8年大修一次，一般为当年维修费用的13倍。
（4）折旧。折旧方法一般有车流量折旧法或直线折旧法，在运营初期，如果采用车流量进行折旧，因车流量还未达到预期的流量，支出较小，可以保证一定的盈利水平和较好的财务指标。
需要指出的是，自主经营型的高速公路才计提折旧，政府还贷型公路的是不计提折旧的（政府公路集团的支出中，提折旧不是普遍现象）。
（5）偿还股东借款、分红等。
（6）税费。主要有营业税及附加、所得税等。
在支出时，由于收费账户一般会质押给银行，资金的使用一般能在银行的监控之下，实际上，也只有在银行的监控之下，才可以保证收入优先偿还借款。(www.xing528.com)
当前，国内高速公路运营主体基本可以划分为：①地方交投集团。②公路运营上市公司（实际控制人绝大部分也是各省交投）。③全国性高速公路集团。④部分民营企业。而地方交通投资集团控制了绝大部分的收费公路，如甘肃、福建、四川90％以上的收费公路均为省交投控制，江西、江苏、贵州、浙江则控制了80％以上。
注：中外公路收费之比较
兴起于20世纪90年代的国内收费高速公路，若按规定的收费年限推算，近几年内将迎来收费到期的高峰。虽然现在对于收费年限的规定尚未定论，处于长期的中央与地方、政府与市场博弈阶段，但纵观全国，各地高速公路延长收费期限几成定局。
2011年6月，五部委发布《关于开展收费公路专项清理工作的通知》，在之后的收费公路清理工作期间，大部分省市均对收费公路进行了一定的整治，对收费标准更是加大调整。但由于受到地域化差异，工程造价、运行成本、通车流量、物价水平等因素的影响，想要建立全国甚至全省的路网统一收费标准难度很大。从收费标准上看，仅就全国收费公路小客车（7座及7座以下）而言，目前平均为0.42元/km，有接近一半的省市低于该标准，尤其集中在西部地区。
从世界范围来看，各主要国家采取的收费手段基本上分两类：其一是以美国、中东欧为典型的政府主导建设及养护的低收费福利模式；其二是以日本、南欧为首推行兼顾公平、用者自付的特许经营模式，这与我国“贷款修路、收费还贷”理念较类似，其收费标准也基本与我国相近。单从收费角度来看，国外的收费公路整体费率略低于我国标准，但收费年限绝大部分比我国的时限要长，如法国、西班牙等欧洲国家在30～60年，日本为45年，菲律宾为50年，而美国由政府和投资者在特许经营协议里自行商定，短则40年，长则可达上百年之久。具体如表5-1所示。
表5-1 各国高速公路收费标准
自2010年来，为了降低物流成本，我国对高速公路打压的政策先后有：①2010年12月，全部高速公路需执行“绿色通道免费政策”，对合法装载鲜活农产品的运输车辆免收车辆通行费。②2011年6月交通部等五部委决定开展一年的收费公路专项清理工作，对部分二级路停止收费，且暂停高速公路资产上市转化为经营性资产。③2012年8月，开始实施重大节假日免收小型客车通行费。
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