1904年11月18日，云南农职学院的前身“云南蚕桑学堂”的第一批全日制的80名学生（据林绍年上奏《开办学堂折》）正式进入学堂开始学习。学堂第一位校长为昆明候补县长林志恂。同时，学堂从浙江高薪聘请3位教习陈之藩、骆缵郊、邱仲刚，他们怀着以农立国的理想，从四面八方汇拢。
3年后的1907年，学校迎来一个大发展时期。这一年，晚清云南省政府提学使叶尔恺将自己创办的云南森林学堂与云南蚕桑学堂合并组建“云南官立农业学堂”。这是一所跨越清朝与民国两个时代的学校，恰处于中华“千年未有之大变局”（出自李鸿章同治十一年五月《复议制造轮船未可裁撤折》，原文为“此三千余年一大变局也”）的揭幕时期。它选择了一个意味深长的地方——昆明贡院（今云南大学东陆校区）作为自己的校址，这是长达500余年云南举行科举考试省考的地方。世道发生了翻天覆地的变化，几乎就是一夜之间，中国人的理想变了，修身齐家的方式不再是“学而优则仕”，要治的“国”要平的那个“天下”也马上就不再是“一家之天下”了。
1911年辛亥革命之后，云南官立农业学堂更名为“云南省会农业学校”，又名“省立甲种农业学校”（区别于各地举办的等级为初级的“乙种农业学校”）。
云南农职学院在晚清及民国初年办学期间，省立甲种农业学校1912年举办的“蚕业讲习所”教员名单内，一位伟人的名字赫然在列：朱德（《蚕业讲习所同学录》，原文为：“体操教习朱德，字玉阶，云南陆军讲武堂步兵科区队长”）。朱德同志是中国人民解放军的缔造者、中华人民共和国的缔造者之一，他实现了解放全中国、为共产主义奋斗终生的理想，他的理想不是从天上掉下来的。(www.xing528.com)
云南是朱德同志修身齐家的地方，也是他苦苦追寻人生理想的地方。1909年，朱德同志从四川仪陇老家千里迢迢步行至云南投考云南陆军讲武堂。他讲道：“在（老家）教书这一年中间（1908年）世故人情更懂得多了。对社会上新旧势力的斗争，政治上各种阴谋压迫都有了新的认识，对于新的发展感觉到更需要，于是下了决心到云南去。决心是怎样下的呢？问题就是非得救国不可。”在云南，朱德同志参加了推翻清政府的云南“重九起义”，与心爱的姑娘肖菊芳组成家庭。经过痛苦的抉择，1920年，朱德同志毅然放弃在云南的地位及房产，前往上海乃至欧洲，走上了寻找加入中国共产党救国救民的曲折伟大的人生道路，云南和四川老家，被永远铭记在朱德同志的脑海里，那是他出发的地方，那是他初心萌发的地方。
马克思说：“如果我们选择了最能为人类福利而劳动的职业，那么，重担就不能把我们压倒，因为这是为大家而献身；那时我们所感到的就不是可怜的、有限的、自私的乐趣，我们的幸福将属于千百万人，我们的事业将默默地、但是永恒发挥作用地存在下去，而面对我们的骨灰，高尚的人们将洒下热泪。”
2018年9月13日，崔金赋同志在党员大会上做报告时，代表学院全体党员、全校师生，庄严表达拥有114年历史的百年老校面对未来的新使命、新理想：“到2024年，即建校120周年，实现在校生12000人以上，通过国家级优质院校验收，基本建成国内一流、辐射东南亚南亚、特色鲜明的优质农业高职院校。”
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