建文四年（1402年）六月十七日，朱允炆的亲四叔、以“清君侧”为名起事的燕王朱棣夺权成功，正式登基称帝，次年改元永乐。从此，官方记载中少了一位温文尔雅的惠帝，多了一位雄才大略的成祖。
史书记载，朱棣在登基之前，心里充满了期待和忐忑。
四年前，即建文元年（1399年）七月初五日的凌晨，朱棣正式扯起了“靖难”的旗帜，宣布废除建文年号，改称本年为“洪武三十二年”。从这一刻起，他真正地感觉到自己走上了一条无法回头、只能胜利的道路。
朱棣起事不久，北京城的四周要塞都被朝廷派来的10万重兵把守，而朱棣只有燕王府的800名亲兵，双方实力悬殊，无法武力对决。对此，朱棣的策略是阴谋加闪电出击。
七月初四日下午，朱棣用计将领兵包围王府的张昺和谢贵骗入王府斩杀，府外守兵群龙无首。五日凌晨，朱棣果断起事，命手下大将张玉和、朱能迅速出动，一夜之间占领了九门，城内明军纷纷投降。到了第二天，北京局势大定。
八月十二日，洪武朝唯一一位躲过朱元璋屠杀的开国宿将耿炳文率领30万大军北上平叛。出师才一个月，就兵败定城。十月，建文帝用李景隆代替耿炳文领兵50万再次去平叛，结果又失败了。到建文二年五月时，水陆重镇德州失守，城内百万石粮食及无数兵器尽为燕军所得，明军一败涂地。
在此期间，朱棣运筹帷幄、指挥若定，对战争的判断、分析和决策水平毫不逊于其父朱元璋。而南京城内的朱允炆则多谋寡断，毫无权谋之术。他在关键时刻识人不明，竟任命朱棣的心腹张信掌北平都指挥使司，让其监视朱棣，实则是与虎谋皮；他在出征前还告诫将士“毋使朕有杀叔父名”的妇人之仁，绑自己人手脚，授敌人于盾甲……失败的迹象已经非常明显。
朱元璋独特的集权方式，造成了他死后朱允炆的窘迫局面。他几乎杀光了一切可能会危及他及其子孙权力的文臣武将。无论是同起草莽、忠心耿耿的元勋，还是计定乾坤、辅国佐君的良臣，或者能征善战、勇冠三军的宿将，都被他除尽。他还收回了一切尽可能的权力，集中在帝王手中。因此，当他死后，等到建文帝即位时，身边竟然没有一个经得起考验的文武英才。
朱元璋机关算尽，预防了一切外人，却唯独没有防到萧墙之祸。他精心打造的拱卫帝室的防火墙，却将武器对准了自己钦定的接班人。
朱元璋偏执地认为，只有朱家的直系亲属，方可以分享权力。所以，他自己的子孙后代们无论是否出过力，都可以被封王。朱元璋对子孙的封王是实封，亲王不仅拥有自己的领地，还有属于自己的军队，是实实在在的小国王。朱元璋不惜一切分封权力，目的是打算依靠这些藩王来帮助自己“皇图永固”。
朱元璋的设计固然巧妙，但他完全忽视了一点，即诸藩王有无个人野心，那些拥有重兵的亲王们是不是永不眼红皇位。
洪武三十一年（1398年）之前，朱元璋健在时，藩王们还能老老实实地守在自己的领地上。可是朱元璋死后，新皇帝年仅22岁，并且他还是一个文雅、浪漫、充满理想主义的书生。这就不能不使那些在各自王国里积累了丰富的政治、军事经验，雄心万丈的叔父藩王们心潮上涌了。
建文三年（1401年）十二月，朱棣第四次出师南下。这一次出师，他一如既往地发挥着自己高超的战争智慧，并取得了最终胜利。
在此之前，朱棣在山东屡屡被南军大将铁铉和盛庸顽固纠缠。于是，他决定绕道山东，逼近徐、淮，直扑南京而去。
建文四年（1402年）五月二十日，扬州城不战而降。六月十三日，把守金川门的谷王朱穗和李景隆开门投降，南京沦陷。
南京城破后，皇城已禁闭。此时，朱棣并没有决定立即攻城，而是将燕军退驻金川门，并且递书给建文帝。朱棣希望朱允炆能主动逊位或者自裁，这样他就可以避免背上杀侄的罪名。但朱允炆的答复却完全超出了他的想象。当朱棣看见皇城内的火光时，他已明白让朱允炆自动逊位是不可能的了。但是他还心存幻想，急忙派兵救火，以确定朱允炆的生死。然而，朱棣并没有找到朱允炆。
第二天，投降的朝中文武及诸王纷纷以个人名义上表请求朱棣即位。朱棣反复推让之后，于六月十七日举行了登基大典，成为中国历史上著名的永乐大帝。
从战争结束那一刻起，朱棣就尴尬地发现，虽然自己赢得了战争，却并没有受到欢迎、拥戴和臣服。(www.xing528.com)
靖难之变不过是一次皇族内部统治者之间争权火拼的事，不论谁做皇帝都与老百姓无关，大家为何要抵制朱棣呢？道理很简单，不过是伦理纲常而已。按照儒家弘扬的理念，朱棣不是胜利的英雄，而是一个不折不扣的谋权篡位者。人们不可能情愿放下万古长存的道义而服务于一个篡位者。
还有一个原因，则可能是建文帝朱允炆的“贤德”所致。
虽然在位时间很短，但朱允炆在任内推行了一系列大受百姓欢迎的新政，如将全国的田租减免一半、取消江南重税、裁汰政府冗员等，极大地减轻了百姓的负担。同时，他还宽刑律，一改朱元璋时期“重典治国”的策略。后人将朱允炆的四年之治比作“阳春”。
反观朱棣上台前后的残暴，他不被人接受是必然的。因此，朱棣上台后，大多数忠于建文帝的官员纷纷选择了弃官、隐退、逃亡甚至殉道等方式来表达对新皇帝的不认可，这种局面一度让朱棣措手不及。
方孝孺是明朝开国功臣宋濂的得意门生，建文帝时期又是朱允炆的老师和首席顾问。他在士林中的声望极高，被天下读书人视为楷模。基于此，最后一次出征前，朱棣的军师姚广孝曾深谋远虑地叮嘱朱棣，无论如何都不能杀方孝孺，杀了他，天下读书的种子就绝了。
南京城破后，方孝孺被捕。朱棣记着姚广孝的话，同时想借助方孝孺的名望让他为自己草拟即位诏书，从而让整个士林对他皇帝身份的合法性予以承认。面对朱棣的要求，方孝孺投笔于地，不给朱棣草拟诏书。结果朱棣大怒，命人将其磔于市，并灭其十族、杀873人。
方孝孺的拒绝让朱棣彻底明白了，受过正统儒家教育的士人们绝不会轻易接受的，只有通过屠杀，才能使那些士人迅速扑倒在他的脚下。于是，他放弃了讲理，再一次举起了血淋淋的屠刀。于是，整个永乐元年都在血雨腥风、毫无节制的大屠杀中度过。朱棣要用自己的行为告诉别人：“顺我者昌，逆我者亡。”
朱棣登基以后，尽管对文人实施了大规模的屠杀、酷刑以及极其歹毒的身心摧残，但朱棣知道，单靠这些仍然远不足以平弭朝野上下乃至后世的非议。他要做的是一步步从根本上彻底毁灭一切“篡位”证据，让一切对自己“非法性”的异议结束。
朱棣
朱棣首先是焚毁历史，然后再伪造历史。史载，在朱棣的授意下，一大批人专职“焚史”一事，千方百计、不惜一切地销毁了建文朝的文字记录，致使到最后建文朝史事只字不留。与此同时，为防“怀疑怨谤”，他还下旨严禁民间谈论或书写建文时期的历史，如果被发现，即灭九族。
朱元璋的《明太祖实录》在建文帝时期已经修过，但是朱棣上台后并不满意。他要把所有有利于朱允炆的记述都删减干净，然后再添加进去自己的辉煌形象，以显示自己才是朱元璋钦定的接班人。
那部世界上块头最大的《永乐大典》真正的出身是朱棣名为搜集古今文献，实为彻底消除不利于自己的历史资料，是企图永远掩盖其篡位事实的工具。
朱棣通过种种手段牢牢控制了“史者”的操守和气节，然后摧残他们，收服他们，进而通过他们操作历史。控制了历史之后，朱棣的第二个手段则是制造白色恐怖。
害怕世人的非议成为朱棣一生的噩梦。他担心在某个隐蔽的角落，有人会对他“念念有词”，有人在对他进行抵制。他异常恐惧地认为，若是不加控制，这些人总有一天也许会慢慢汇聚起来，变成一股能够正面冲击他的力量。
为防止抵制他的力量壮大，朱棣认为自己必须先发制人。他命令兵部发布公告：不准百姓“疑惧”，更不准在背后议论，否则就是死罪。为了彻底防止人们对他非议，他还鼓励民间百姓相互揭发。朱棣还重新起用了锦衣卫，恢复其刑侦职能，只要是锦衣卫认为某人不法，即可直接投入诏狱定刑定罪，甚至还可以只要皇帝同意，便可越过法律程序将人犯直接处死。
对于疯狂地想要将所有的权力集中在自己手里的帝王来说，这些手段是有效的。
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