考古发现表明马来半岛和婆罗洲在12000年以前已有人类居住，换言之，“马来亚的历史，至少有一万二千年。”[20]那么，生活在史前马来半岛和婆罗洲的是什么人呢？他们来自哪里？又如何流动？
据学者们研究，东南亚的原始居民为尼格罗—澳大利亚人种，现今仍然存在的尼格利陀人就是该人种的重要一支，他们“身材矮小（身高1.53米以下），皮肤黄褐色，卷曲发或卷结发，面部特征与澳大利亚人近似，如牙齿硕大，下颌前凸，长头，宽鼻。”[21]这群人是远古马来半岛和婆罗洲的最早居民，考古证据表明他们与现今马来西亚的一些民族有联系。1990年在霹雳发现了已知的半岛人类中最古老的一具骨骼，被命名为“霹雳州人”，科学测定其骨骼与今天在马来西亚北部生活的皮肤黝黑、身材矮小的“奥朗—阿斯里人”（Orang Asli）有关联，与塞芒人也有关联。[22]所以学者认为目前马来西亚的塞芒人是尼格利陀人的分支。
来自中国大陆的蒙古人种也是东南亚较古老的人种之一，实际上，今天东南亚的居民大都属于蒙古人种。按民族学谱系划分，东南亚人可分为四大族系，即澳大利亚—美拉尼西亚人、南岛语系人、南亚语系人和汉藏语系人，后三者属于蒙古人种。
马来半岛和婆罗洲的远古居民属于南岛语系。冰川时期陆地相连，从北方中国大陆南下的远古居民，从马来半岛到婆罗洲，到菲律宾，再到伊里安，进入澳大利亚。另一条路线是经马来半岛到苏门答腊、爪哇，转向苏拉威西，再经马鲁古群岛、伊里安，进入澳大利亚，古爪哇硕人、爪哇直立猿人、惹班人、梭罗人证明了这条人种走廊。[23]据杨江的推测，南岛语系民族大约在6000多年前从中国大陆东南部和台湾出发，5500年前到达婆罗洲、帝汶岛，4500年前到达所罗门群岛和新几内亚，4000年前到达西密克罗尼西亚群岛，3500年前到达斐济岛，3000年前到达萨摩亚群岛。[24]南岛语系各民族经过数千年的迁移和浸透，直到公元初基本形成今日在东南亚的分布，他们主要分布在东南亚的海岛地区，包括菲律宾的比萨扬人、他加禄人、伊洛克人、比利尔人，印度尼西亚的爪哇人、巽他人、马都拉人、米南加保人、巴达人，以及印度尼西亚和马来西亚的马来人，越南的占婆人。[25](www.xing528.com)
至于马来人，学者们认为是多人种混血的结果。[26]邱新民认为是来自中国华南的古越人（巴来安人）南移与尼格利陀人结合形成了马来人，马来人的形成应该在新石器中期，长成于铜鼓盛行时期。[27]也有学者认为，马来人与奥朗—阿斯里人起源相同，其他因素包括对地理环境的适应导致他们生理特征的差异。[28]奥朗—阿斯里人是新石器时代从泰国南部迁来的南亚语系居民，他们也属蒙古人种，从这个意义上说，与属于南岛语系的马来人是同源的。
总之，在马来半岛和婆罗洲生活的远古居民，包括尼格罗—澳大利亚人种和蒙古人种，所形成的民族存在语言、文化、外貌的差异，但他们又与东南亚的其他民族有漫长的迁移、交流、渗透的历史，因而其原始文化有一定的相似性。比如马来半岛有铜鼓，而铜鼓在中国南方和东南亚分布甚广，马来西亚出土的铜鼓与越南东山遗址发现的铜鼓相似，不论这些铜鼓是外来的，还是本地的，都表明马来半岛的远古居民与其他人群的交流和联系。
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