1.分税制下地方政府资金短缺。《预算法》第8条规定：“各部门预算由本部门及其所属各单位预算组成。”[96]无可否认，分税制的建立对我国财政格局产生了重要影响，其在促进中央宏观调控和规范政府间财政关系方面发挥了重要作用。分税制加大了中央财政，缩减了地方的税源，导致地方税收不足。同时，属于地方的事务又过多过杂，事权与财权之间不匹配，导致地方政府的财政支出带有明显的功利性。如在基础设施投资上热情高涨甚至过度供给，而教育等公共产品的供给上则缺乏动力。[97]随着我国经济的快速发展，政府财政收入也有了大幅度提高，政府在教育投资方面应有较大的增长。但事实上，政府高等教育投资的比例不升反降，达不到世界平均水平，甚至落后于许多其他发展中国家。
2.高等教育投资的比例有待提升。我国政府行使着经济职能，甚至介入一般性竞争领域中，政府职能出现“越位”现象。同时，对于政府应当行使的公共服务职能，尤其是教育投资职能却重视不够，出现“缺位”现象。政府职能的“越位”主要是指政府对经济建设工作过于热忱，投入比例过高。与之相对，政府职能的“缺位”则主要表现在政府预算对以教育为代表的公共服务工作关注不够，支出比例过低。数据表明，截至2007年，我国GDP为246 619亿元，增长速度超过了10%，当年的高等教育财政支出却仅占GDP的0.6%。这在世界范围内都属于较低的水平。(www.xing528.com)
3.高等教育投资预算权力设置不合理。我国高等教育经费的预算编制、拨款和使用管理权一直归属于财政和计划部门，教育部门却很少参与教育财政预算工作。这就造成了高等教育事权与财权的分离，高等教育投资的分配与管理难以体现出科学合理性：一是教育经费的划拨缺乏监管，透明度不够；二是教育经费的投入与发展需求难以平衡；三是教育部门无法行使有效的宏观管理调配权，极易造成资源的大量浪费。政府有关部门只注重根据财力大小编制教育预算，是一种维持性而非发展性的教育预算。[98]
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