全面抗战爆发后，孙毓棠主动放弃了学位，从日本回到战火纷飞的祖国，辗转到达昆明。
孙毓棠初在云南大学教书。当时也在云大执教的施蛰存说：“一九三八年，凤子也和她的新婚夫婿孙毓棠来到昆明。他俩在云南大学附近租了三间民房。中间是客厅，东西二间作卧室，凤子和孙毓棠住在东间，西间让给独身的王以中。吴晗也在云南大学，我和他同住在一个宿舍。孙毓棠搬来之后，吴晗就常去他家打桥牌，每星期总有三四个晚上。有时我也去参加。”孙毓棠后来转至西南联大专任讲师、副教授。
野丁用生动传神的笔墨描绘孙毓棠和凤子的形象。先来看孙毓棠的素描：“说起孙毓棠，其威名也不过是近年来的事。照样子，也不过30左右，一张清癯微黄的脸，两颧骨像胡桃般地隆起，头发一直像稻草似的散乱着，看起来像永没有好好地梳洗过，个子很高，但因此益发显得瘦削，一袭不合称的衣裳，上面有好几处沾满了油污。裤管的直线也都绑成一团，他走路迂缓，说话声音很轻，老像是惧怕着什么似的，嘴角一天到晚吊着一根烟蒂，头总是低着，像沉思着什么，他给人的最初印象是孱弱和蔼，一个属于诗人典型的人。”
这一段描述，勾勒出孙毓棠的画像。在西南联大不修边幅的教授很多，比如沈有鼎、曾昭抡。落魄诗人兼具迂腐学者的形象，可能只是表面罢了。
野丁用赞叹的笔墨描绘凤子：“是个中等身材，有着一双大眼睛的女人，她的脸蛋相当美丽，那浓黑的眉毛及微圆的嘴唇都给人以诱惑。她说话软抑，北京话讲得十分流利，音调有一股媚劲，所以动人。”
看野丁对两人的描述，两人不般配。实际上，孙毓棠和凤子在昆明最初的日子可谓琴瑟和鸣，比翼双飞。但是演过曹禺执导的《原野》和《黑字二十八》之后，两人的生活相对沉寂了。
话剧热过后，凤子应《中央日报》总编辑之约，负责编辑该报的周末副刊《平明》。她曾向施蛰存约稿，1939年8月16日，施蛰存的随笔《爱好文学》发表在凤子主编的《平明》副刊上。近水楼台先得月，孙毓棠的两首短诗《鹧鸪》《渔》也发在同一期。而凤子本人写的散文经常发表在《大公报》文艺副刊上。
在性格上，孙毓棠与凤子反差很大，一个沉静似水，一个热情如火。有时，孙毓棠为了历史学研究，潜心治学，把自己反锁在一个房间，不受外界干扰。而凤子的心属于舞台，她不甘心在沉闷的生活中，把自己的天性束缚起来。她在自己主持的副刊上发了一篇题为《飞》的短文。她觉得昆明的生活太单调了，她向往一个新的精神生活，寻找一个理想的英雄。于是，她真的飞到重庆去了。
学者王次澄说：“当曹禺回返重庆时，凤子意欲随往发展其舞台生命，孙毓棠为了成就她的才华，竟然欣然同意了……不料此一别离，似乎就注定了两人未来分手的命运。凤子到重庆后，有了更多演出的机会，而且进入了电影界，声名如日中天。然而随之而来的是：她与曹禺间的绯闻不断地传到孙毓棠的耳里……一九四五年九月抗战胜利之后，他们在平和无争的情况下，正式办理离婚手续。”
凤子为何离开昆明？《绮才玉貌——凤子图传》的作者张彦林在书中写道：“据说，凤子与孙毓棠的离异是婚外情所致，但不是曹禺，而是西南联大剧团的名誉团长陈铨。陈铨此时已有妻室，是陈铨追凤子，还是凤子追陈铨，不得而知。”
一对人人羡慕的才子佳人，最终劳燕分飞。
孙毓棠在1938年冬天写了一首短诗《镜子》，也许折射出两人微妙的情感：
你爱明月，明月就在这镜子里。
你爱云，花，花和云也在这镜子里；
镜子高高地就挂在你的心窗外，(www.xing528.com)
照着你一切的欢喜，却照不见你。
两人之间，终究不对等。这“镜子”飞到了重庆，意味着凤子对这段婚姻的放手。
此前一个月，孙毓棠发表的一首诗，似乎预示到两人分离的结局。
别
干这么一杯，就此分手。
你奔向大海，我攀高峰；
好在我喜欢深林虎豹，
你爱波涛和暴雨罡风。
凤子“飞走”之后。孙毓棠不再写诗了，当时有人说：“诗人的歌喉喑哑了。” 我们无法得知诗人封笔的真正原因，这里面肯定有无法言说的爱情创痛。
凤子在她晚年写的回忆文章《迎接金婚》中有这样一段文字：“我结过婚，已离婚。离婚的丈夫是位学者，也喜好文艺，甚至上台演过戏，但性格上我们差距很大。他希望有一个安定的家，他也同意我演戏，但只是‘玩耍’，绝不可以‘下海’。他为了要做研究工作，把自己反锁在屋里，希望我最好一天不回家。当时我年轻，抗战初期，我想参加演剧队，不甘于业余玩耍。到不了前线、敌后去演出，我就跑到当时抗战时期的陪都重庆。重庆聚集的影剧人员多，我参加了中国电影制片厂、中国万岁剧团，从而成为一个职业演员。两地分居多年，我们终于协议离婚了。”
抗日战争胜利的消息传来，凤子受中共党组织安排，以《新民报》特派记者的身份，与国民党接收大员汤恩伯一起乘飞机首批抵达上海。
一到上海，她就又投入到紧张的工作中。后来，在中共上海党组织指导下，凤子主编的《人世间》于1947年3月20日在上海出版第一卷第一期。她有《人世间》这块文艺园地，聚拢了一批著名文学艺术家，多是重庆时期的故人。1947年4月1日，一位年轻英俊的美国青年敲响了凤子的家门。他叫沙博理，在杨度的女儿杨云慧的介绍下，他来找凤子学中文。沙博理最初认识凤子时，他没有料到，后来，他又打开了凤子封闭多年的情感大门。凤子认识了沙博理之后，原本一幅没有色彩的画，自此有了颜色。
1948年5月16日，她和沙博理喜结良缘。在他们的婚礼上，郑振铎是证婚人，新月派著名女诗人方令孺是介绍人。他们相濡以沫，相亲相爱，度过风风雨雨的岁月。凤子与沙博理携手相伴，直至白发，成就一桩跨国婚姻佳话。
孙毓棠与凤子分手后，他全身心投入到历史学研究中，感情世界是灰暗的，直到1952年3月与王务灼女士结合。随着人生第二春的来临，他的内心世界焕发了生机，又充满了诗意，变得丰富多彩。王务灼1951年毕业于清华大学经济系，大学时代曾修过孙毓棠的“中国经济史”，对老师的学识和风范十分仰慕。经过平淡真挚的交往后，两人牵手步入婚姻的殿堂。孙毓棠大她16岁。他们的婚姻美满幸福。即使孙毓棠1957年被错划为“右派”，王务灼也一直不离不弃。两人生死相依，患难与共，情感老而弥笃。
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