万历亲政，大约积极于礼乐之事，以万历十三年为最。万历十四年春，因郑贵妃生子、论国本事，君臣之间渐生不虞。如前所说，当沈鲤有意求去之时，也是神宗对朝臣纷争日生倦心并有意疏远的开始，也即所谓“万历怠政”由此渐启端倪。
万历十四年九月，神宗以试马伤额，恐为臣子见，引疾自讳，竟连日免朝；十月，又诏头眩体虚，暂罢朝讲，时享太庙也遣官恭代，更传谕“非朕敢偷逸，恐弗成礼”云云。礼部主事卢洪春忧愤之下，立即上疏，措辞甚厉，道“陛下岂以遣臣恭代为不废礼乎”，而直斥万历引疾自讳，“果如人言，则偶以一时驰骋之乐，而昧周身之防，其为患也浅。果如圣谕，则似以目前衽席之娱，而忘保身之术，其为患也深。若乃为圣德之累，则均焉而已”；又道“且陛下毋谓深居九重，凡有举动外人无由知也……人主之举动，近则天下视之，远则后世传之，诚于中必形于外，要有难于终掩者，今日诸臣即使尽惮陛下威严，莫敢明目张胆以臣□君过，万一有稗家野史掇拾道听，私托笔札，垂之后世，陛下岂能尽禁之，而又何以自解乎？故臣愚以为陛下真疾也，则当以宗社为重，毋务豫乐以基祸，非疾也，则当以诏旨为重，毋务为矫饰以起疑，力制此心，明示天下，检饬于大廷广众，而亦不放纵于深宫燕闲”，疏末，卢氏言辞益为峻切，竟不惜一死，请神宗诏旨谢天下，明示已过，前此引疾不过“挟数用术，文过饰非，以聋瞆天下之耳目”耳。[31]这等奏疏一上，自然神宗暴怒，坚持不听内阁之说，立命锦衣卫廷杖六十，斥为民，永不叙用，诸御史交章申救，皆夺俸。[32]
此后，神宗怠政益甚：十五年二月，神宗引疾暂罢朝讲。[33]十二月，申时行上疏，道“今岁自开讲一次之后未蒙再御”，又举嘉靖皇帝为例，道是世宗“经筵日讲之外复讲大学衍义，盖临御二十余年，圣龄几四十未尝间也”，言下之意，嘉靖皇帝罢朝讲也不过四十以后事，由此可见，万历皇帝怠政从所未有。而万历却只是称疾，且待新春云云，可见，万历十五年这一年间讲习不过一次而已。[34]
十六年二月，继元旦朝贺外，复免朝讲；祭社稷，遣定国公徐文璧恭代。闰六月，申时行等不得已，奏请令讲读官虽遇免讲仍进讲章，使皇帝可以暇中阅取不至因循岁月，待秋凉后再开讲。[35]
十七年正月，免元旦朝贺，嗣后每元旦皆不视朝。[36]元旦如此，更无论平时。
十七年三月，因“奏对数多，不耐劳剧”，免升授官面谢，自是临御益稀。[37]
十八年二月，其实自十七年以来，以内阁大学士申时行为首，外廷诸臣纷纷上疏请神宗朝讲，如礼部侍郎李长春、河南道御史董子行、南京御史李自谦等，或不报或报闻，而已；于是，这一日，大学士申时行等因皇帝再次请进所撰讲章以备省览，从之。由这一次再请，也可知，进讲章以代面授也不过虚应故事罢了。史称“自后讲筵遂永罢”。[38]
万历十九年四月，享大庙，史称“是后庙祀皆遣代”。[39]
万历二十年正月，孟春享太庙，遣公徐文璧恭代。[40](www.xing528.com)
至万历二十三年十二月，云南道御史区大伦复谏郊祀代遣一事，其疏略云：“陛下嗣统御极，钦明文思，上帝属心，乃冬至大祀，复遣公徐文璧恭代，臣不知其可矣。臣闻之郊则报本而反始，仁之至也；郊则尊祖以配天，孝之至也。《礼》称唯圣人为能飨帝，此岂臣工之任耶？……王者祀天之道，唯仪与诚，遣官恭代，仪则具矣，诚于何有？”并论不合以定国公徐文璧代祭勤勉，加衔太师，“郊祀重典不宜遣代，缘此加恩，尤不可训，愿收回文璧恩命，自今南北郊祀庙享时祭必烦躬荐，则上下格而休征应矣”[41]。诏革职返乡。当时，因谏徐文璧事，被革职者还有张同德等。[42]
史料种种所传达的信息，不外两点。其一，郊礼、庙礼尚且如此，是时各祀典之徒具其仪可推想之。进而论之，祭祀雅乐本就赖典礼而存者，其荒废程度当更甚于礼，势必会使隆庆以来雅乐衰亡的趋势一发不可收拾；其二，神宗拒与外廷合作的态度昭然若揭，在上者无意礼乐，而外廷重建雅乐的期望亦最终成空。尚需指出的是，当万历一朝，朝廷之上积极重建雅乐的声音其实并不高涨，外廷诸臣的批评指向始终只在万历的怠政——即帝王的不与礼乐，是在礼乐之践履，而非礼乐之制作。作为嘉靖制作自任的反动，万历以来，廷臣于具体礼乐制作也多务实，而渐趋于无为。沈鲤主持春官期间，便是典型。当时，原任广西浔州府桂平县知县何予方进献乐书，沈氏覆疏，便明确道，乐学失传已久，今太常所用与何氏所著都不过器数制度之末，至于元声、元气之所以异同者，已无从考共，唯待真正学有传授、穷年究心者，方能洞察精微；因是知乐者难求，遂迅速折向务实，道是五帝三王不相沿乐也其来已久，何氏至欲取《虞书》之文节为乐舞，不过胶柱鼓瑟，但使朝政有三代美善之实，今之乐犹古之乐，但人和而乐自和。因此，“方今水旱时闻，民多怳瘁”，并非议乐之时，但请人主和德修政云云。何氏之书，但“留备采择”而已。[43]这一主张，与洪武时鼓吹人和而乐和的务实精神颇有相似之处；也与南宋因恢复中原之业未成，遂罢教坊，但尚清净无为，也有相似之处。
万历二十三年六月，朱载堉上历算岁差之法，万历三十四年，上所著《乐律全书》。朱氏自承其乐（历）学渊源，源出家学，载堉得之于其父厚烷，厚烷得之于何瑭，壮岁又得诵何瑭、韩邦奇、王廷相等人著述。何瑭（1474—1543）为朱氏外舅祖，与王廷相、崔铣、何景明等皆为中州人，而韩邦奇与李梦阳、康海、王九思等人皆为陕人，弘治以来复古乐与复古文学中坚，其间崔铣与何瑭、韩邦奇、王廷相更号称知乐，知雅乐，也深谙当时之俗乐（北音），因此，都有意借径今之北音，以议复雅乐；也即是说，成弘以来，复古乐思潮大兴，外廷诸臣纷纷反对将礼乐之事付与羽流与教坊，弘治一十五年马文升疏更明确标举访名儒以定雅乐，同时便有崔铣、何瑭、韩邦奇等一干人有志考音定律。韩邦奇《苑洛志乐》一种便撰写于弘治末年，与之相应，也正是文学领域前七子的兴起。此后，嘉靖皇帝锐意制作，乐书的著作更进入高潮，朱载堉一书，也可以说是弘治以来至嘉靖一朝乐学大兴的一次总结，也即是三朝乐学的集大成者。其于乐律考核甚详，以为冷谦律失之太下，蔡元定律失之太高，所谓中和者，当为“清角调”，以第三弦为宫音，比冷谦高一调，比蔡元定低一调。《明会要》道：“时典乐尤世贤亦知音者，以所带来神乐观笙，吹其所习旧乐章谱，与琴谱相较，所论不虚也。”[44]如此，朱载堉正是沈鲤所说学有传授、穷年究心，遂能洞察精微的知乐者，然而，最终朱载堉的著作也只是奖谕之后，便束之高阁、以备采择而已。
当万历日益怠政之时，也正是内廷俗乐渐兴之时。一自怠政以来，日益转向的神宗以奉养两宫为由，于内廷别设四斋与玉熙宫，广近侍以习宫戏、外戏，内廷俗乐因此而大兴。相应，则是雅乐益为衰微。
万历三十七年二月，修坛庙乐器。
太常寺少卿倪思蕙言：“两郊殿庑、墙垣、顶帐、帏幙之属，以至陵坛、祠庙、袍服、乐器供用之类，无不圮坏，请命工部修理。”[45]
万历皇帝久已无意于雅乐，坛庙宫殿、祭器、乐器之类，已至“无不圮坏”的境地。器不存，乐何存焉？遥想之，不免凄凉之感油然而生矣。此情此景，于廷臣而言，所能为者，不过修乐器以虚待耳。只是这一请修，事在万历三十七年，次年初，倪氏卒。[46]
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