（一）控股公司组织结构的潜在系统风险
股权结构是公司治理的核心，相当于一种议事规则，决定着金融控股公司的风险偏好和战略选择。当前情况下，部分金融控股公司业务激进，企业集团存在股权结构复杂、交叉持股、多层持股、信息披露不足、受益所有人不明确、集团内又嵌套集团等情况，复杂的股权结构无法真正体现股东的实力和责任，扩大了集团的经营风险，实践中的典型案例如安邦集团[78]。
央行发布的《中国金融稳定报告2018》也将金融控股公司“隐匿架构”列入七类风险特点之中[79]。部分非金融企业特别是私人资本控股的企业，利用复杂的股权安排、关联关系、特殊目的载体、股权代持等手段，尽可能隐藏受益所有权和控制关系。即使存在虚假出资和不当关联交易，监管部门也难以发现。一些企业通过层层控股、交叉持股金融机构，以负债资金出资，推升整体杠杆率，或者利用分业监管的缝隙，操控壳公司进行循环注资，或者借助外部融资，短短几年内总资产翻了上百倍。在虚假出资情况下，集团整体缺乏能够抵御风险的真实资本，资本约束严重弱化，极易产生系统性风险。
正是因为金融控股公司存在组织结构上的系统风险，《金融控股公司监督管理试行办法》第18条规定，金融控股公司应当具有简明、清晰、可穿透的股权结构，实际控制人和最终受益人可识别，法人层级合理，与自身资本规模、经营管理能力和风险管控水平相适应。金融控股公司所控股金融机构不得反向持有母公司股权。金融控股公司所控股金融机构之间不得交叉持股。这反面反映出我国目前的金融控股公司和被控金融机构的组织结构设计不合理，容易引发系统风险。
从比较法的角度来看，多数国家和我国台湾地区均对金融控股公司的股权结构作了限制，日本要求银行控股公司不得再控股金融控股公司和主要从事非金融业务的公司。韩国对金融控股公司持有非金融公司、关联公司股权，金融机构持有金融控股公司股权，单一股东、非金融企业持有银行控股公司股权等方面作出严格限制，并严格限制反向持股、交叉持股行为。我国台湾地区对金融控股公司的股东资质和交叉持股问题具有明确规定，要求金融控股公司不得反向持股[80]。
（二）政府救助引发的道德风险
金融控股集团往往规模宏大，牵涉面广，一旦破产将对社区乃至社会产生极大的负面影响。国家或政府考虑到公司重生有利于保留大部分工作岗位，减少失业人员，维持社区繁荣，增进社会收益，通常会对破产企业施以援助之手，以公共财政、纳税人的钱援救个别公司[81]。政府协助的典型例子见于2009年通用汽车破产案、绍兴华联三鑫破产案。在绍兴华联三鑫破产案中，因破产金额高达千亿，处理不当将严重打击绍兴县的经济，因此绍兴县政府向绍兴市和浙江省求助，稳定银行贷款，要求对华联三鑫及其母体公司和关联公司的贷款不回降、不抽资、不起诉，并给予公司转贷、增贷。政府的倾斜性救助政策虽在一定程度上有利于破产企业的新生，却因举公共财政之力和使用纳税人的钱，易引发社会公众的质疑，进而触发道德风险。
（三）关联交易导致的集团内风险扩散(www.xing528.com)
金融控股公司的另一重要隐患是关联交易，具体体现为一些非金融企业利用所控股金融机构提供贷款、担保等方式获取信贷资金、操纵利润、转移或隐匿资产，将所控股金融机构作为“提款机”套取巨额资金，向实际控制人或最终受益人进行利益输送，严重损害金融机构和投资者的权益。集团内部的关联交易通常导致各子公司人格和财务混同，公司独立人格制度遭受挑战，集团内部以及集团和外部债权人的债权债务关系十分混乱。
金融控股集团关联交易频发的原因在于内部风险隔离措施不到位，集团内部子公司与母公司之间以及子公司之间并没有设置有效的防火墙，内部资金转移定价缺失，同时部分子公司缺乏足够的自主权，不能完全根据市场化原则平衡风险和收益，资金划拨转移、随意进行相互担保。当任何一家子公司发生风险或破产时，风险便向其他子公司传染，易造成金融控股公司甚至行业的系统性风险[82]。
在2018年两会期间，前央行行长周小川就提出了关联交易的问题和应对措施。其指出金融控股集团内部的金融机构之间，或是金控集团的实体企业以及海外企业之间都可能存在关联交易，要强化关联交易的管理，在金融机构和控股公司之间以及和其他实体企业之间建立防火墙制度。
有观点指出，为防止金融控股集团的关联交易，应在交易金额和交易主体两个维度建立防火墙。第一层防火墙交易金额是从额度上进行限制，可以根据金融控股公司规模的大小设立不同的“红线”。第二层防火墙交易主体可以分为以下几个方面：一是明确金融控股公司及子公司的独立法人地位，需独自承担法律责任，严禁集团高管在子公司兼任高管或兼职，禁止或严格限制子公司之间相互派驻董事、监事和高管；二是禁止子公司之间交叉持股或子公司对母公司反向持股等；三是对金融控股公司内部不同业务主体之间的跨市场和跨行业合作、资金的相互调度及使用等方面，设定明确而严格的监管要求。如业务合作、资金调度等都必须建立在市场化原则的基础上[83]。
从比较法的角度来看，多数国家和我国台湾地区均对防范金融控股集团的关联交易进行了规定。美国明确规定了金融控股公司的交易原则、关联方认定以及关联交易的风险防范。日本规定银行与其特定关系人或特定关系人的客户之间不得从事不利于控股公司的交易或行为，同时对董事兼职作出限制。韩国对金融控股公司、其子公司、股东之间的授信、经营等做了规定，严格控制大股东授信，禁止不当干预所控股金融机构。我国台湾地区对金融控股公司与其子公司间及各子公司间的业务或交易行为、共同业务推广行为等作出规定，要求金融控股公司的银行子公司和保险子公司不得对关联方发放无担保授信，不得损害客户权益[84]。
（四）虚假出资、资本金重复计算的防范
金融控股集团杠杆率高，虚假出资风险严重，这在民营系金控集团中表现尤为突出。一些企业通过层层控股、交叉持股金融机构，以负债资金出资，推升整体杠杆率，或者利用分业监管的缝隙，操控壳公司进行循环注资；或者借助外部融资，短短几年内总资产翻了上百倍。虚假出资情况下，集团整体缺乏能够抵御风险的真实资本，资本约束严重弱化，一旦集团内部的子公司出现债务无法偿付的问题，风险将迅速蔓延至各个子公司。
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