金税三期上线和各类自行开发软件的应用，对全区各系统各项工作起到了较好的支撑作用，有效地提升了全区地税系统信息化建设及应用水平。但由于“多级开发，缺乏统筹”的大格局所限，区各级地税机关自行组织开发的应用软件未能集中人力、物力依次解决影响面大、难以突破的焦点与难点问题。着眼于地税长远发展的，以金税三期应用为应用主体，以全区统一开发软件为辅助的软件开发运用体系未能形成。
1.金三功能有待完善，部分业务支撑不足。金税三期系统上线后，结合《纳服规范》和《征管规范》的推行，全区地税系统各项业务流程已趋于规范化，但在排除操作习惯的因素后，仍存在金三系统操作不便，部分功能存在缺失的问题：
（1）查询、统计功能有待完善。便捷的查询及统计是高效开展日常征管工作的重要基础支撑，也是避免重复、低效的报表上报，减轻基层工作压力的保障。但目前金三系统对基层操作人员日常征管的查询、统计功能支撑较弱，表现为金三系统中的查询统计较为固定模式的统计报表，基层单位无法根据基层多变的实际业务，自行组织更为丰富的查询条件进行自定义统计。金三系统中固定模式的报表与税务总局及日常工作需要的存在无法衔接的地方，无法完全适应不同口径的统计需求，比如常用的《税源统计表》《票证年报》均无法直接生成。在调研访谈的约83名基层工作人员和15名基层单位股所（分局）长中，多数人员表达了优化查询统计功能的愿望。
同样由于上述原因，部分区局业务处室和市局科室由于无法直接在金三系统中生成满足于总局、自治区地税局统计需要以及日常征管需要的报表和相关数据，又将查询与统计的工作任务层层向下传导，一定程度上增加了基层上报报表的工作量。基层单位普遍反映，金三系统上线后，报表报送的要求不降反升，某些看似应当由区局或者是市局统一汇总上报的数据，反倒由基层单位逐层统计，除效率低下以外，往往由于人工统计的不准确性，导致上报数据失真。
2016年某县（区）地税局通过《广西报表上传系统》层层上报的报表，共计达1456份次。其中大量为税收优惠情况的统计，比如营业税优惠政策落实情况调查及小微企业所得税税收优惠情况调查等。由于统计工作量大，时限要求紧，人手缺乏等原因，基层人员很难逐户开展相关统计工作，极个别不负责的税收管理员甚至通过臆造数据进行报表填具，严重影响了数据的总体真实性。
再如，报表系统中《享受综合类税收优惠季报台账》，内容涉及再就业、军转择业、残疾人、个人住房、北部湾等税收优惠，按金税三期系统功能设置可以在征前减免查询、税收优惠信息查询两个界面进行数据统计，不需基层再次统计上报，而实际工作当中，这个报表仍由基层逐级上报。
（2）业务流程监控的推送和提醒功能缺失。在目前人少户多的实际情况下，基层干部由于面对众多部门的工作指令，工作事项较为细致、繁琐，而相应的办理时限要求又较严，可能存在应付式工作以及工作遗漏的问题，因此基层管理者迫切需要方便地实施各类事项的流程及结果监控。但目前金三系统不支持对应当监督和催办业务的推送及提醒功能，致使基层管理者无法有效了解所在部门积压及未办事项的数量与具体内容。
经对金三系统的“待办事项”的数据抽取，发现目前系统仅支持任务执行人查询自己的待办事项，而无法按部门查询、汇总统计所有待办事项，致使部门负责人并不知晓本部门待办事项数量，也无法知晓本部门人员未完成工作任务的数量，导致了涉税事项疏于管理问题的发生。
（3）批处理功能有待完善。对于业务量较大的基层单位，批处理功能是按时完成工作任务的重要工具，但金三系统批处理功能仍有待加强。例如针对催报催缴业务，金三系统会在申报期限结束后生成催报催缴清册，但无法大批量生成催报催缴文书（一次仅可打20份），此时，则需要税收管理员手动操作生成催报催缴文书。例如某城区管理员管户为2600户单位纳税人，由于某月附征税申报率仅为60%，需要催报1040户，单打印文书一项工作就需要反复多步骤操作52次。向定期定额的个体工商户发送《定期定额核定通知书》业务，非正常户调查的《责令限期改正通知书》业务，欠税户的《责令限期缴纳》业务等均存在类似问题。
（4）操作便捷性有待提升。系统操作便捷可以最大限度地避免复杂流程下的误操作，大大减少基层无谓的工作量，同时极大提升纳税人的满意度，但金三系统操作的便捷性有待大幅提升。税收管理员和办税大厅工作人员均对此存在意见，本次调研共收集了金三系统操作便利性问题约21个，主要集中在房产税和城镇土地使用税基本信息采集和申报功能便利性较差，统计结果输出有误，系统页面设计缺乏冻结首列功能、大量操作页面不能直观列出事项内容，数据之间的部分关联关系存在瑕疵，流程设置存在矛盾，系统操作卡顿问题，错误提示不明确等方面。
2.金三系统开发基于旧模式，征管转型支撑不足。2017年，国家税务总局根据《改革方案》和国务院“放管服”的改革要求，下发了《关于转变税收征管方式提高税收征管效能的指导意见》（税总发〔2017〕45号，以下简称45号文）和《关于进一步深化税务系统“放管服”改革优化税收环境的若干意见》（税总发〔2017〕101号，以下简称101号文），明确了征管转方式工作要求。当前的征管改革目标是对纳税人和涉税事项进行科学分类和对各层级、各部门管理职责进行合理划分的基础之上，依托现代信息技术，推行风险管理，将有限的征管资源配置于税收风险或者税收集中度高的纳税人。改革主要涉及对目前两大核心业务重大调整，一是税源管理由“管户制”改为“管事制”；二是以高、中、低三类风险为导向进行差异化管理。而金三系统对于以风险管理为发展方向的征管转方式支撑存在明显缺失。(www.xing528.com)
（1）对部分基础管理事项流程支撑不到位。金三系统中，没有对前台即时办结事项进行后续管理的推送功能。比如，税收优惠备案的推送核查无法自动向后台进行转办，导致前台业务办结后，无法向后台管理部门进行推送，后台工作人员只能够通过查询，排查相应疑点，工作效率低且税收风险无法进行控制，同时也影响了今后以风险为导向的专业化管理工作的开展。再如，股权转让业务在由前台接受工商部门的数据变更推送后，无法即时产生业务提醒，只能够在重要的工作节点（比如旺征期间）进行人为推送，有可能错过实施风险管理的最佳时限，也导致旺征期间多项任务的重复叠加。另外，在注销管理中，缺失税源管理所（分局长）的审核流程，目前可以由前台办结或由税收管理员办结，与实际上工作要求及业务流程不符。
根据某市初步核查的22项税源基础管理事项在金三系统中的业务流程进行操作可行性梳理时，发现无法支撑“管事制”改革业务需求的达到12项。因此目前征管转方式试点只能在金三系统内采取变通、迂回的方法，导致工作量加大，且存在管理风险。
（2）对风险推送缺乏归口管理及差异化管理措施。目前金三系统“决策二包”暂无法全面支撑基层的风险管理业务，导致涉及基层单位的风险任务呈现多渠道、无重点下发的情况频繁发生。基层单位接受到的风险任务中，属于基础管理的一般性风险和属于重点管理的专项重大风险混杂；正确数据和错误数据交叉；由不同部门（包括征管、劳务税、财产行为税、所得税、收规、监察等）通过不同渠道（包括公文、FTP、风险管理系统等）下发的数据又多头呈现，致使基层税收管理员疲于应付，难以注重实效。
3.开发软件支撑有限，有待实施系统整合。目前全区地税系统部署建设的应用软件涉及行政管理、税收征管、税种管理、办税服务、税务稽查等领域，基本实现了税收工作领域的全覆盖，但其实际设计、操作、运用与金三系统之间进行整合的空间十分大，同时在操作应用的过程中，基层普遍反映出现较多的系统操作故障。
（1）未能实现与金三系统的全面整合。基层同志普遍反映金三系统中个人税收管理系统与金三核心征管软件整合不好的问题，主要表现为：无法进行自然人全部收入的综合查询，工作人员必须分别在个税系统和核心征管软件中不同的模块当中分别查询工资薪金、劳务报酬、财产转让所得等税目的收入情况；易税门户、网上办税平台和金三系统的个税明细申报表模板均不相同，模板维护与内容更改较为困难；网上办税平台系统申报成功后，无法及时更新至个税系统，导致纳税人无法查询自身已经申报缴款金额等问题。
（2）软件开发的整体效用较低。全区层面的48个软件和各级地税机关的47个软件在开发及使用中突显“各自为政”的现象，形成三个方面的问题：一是主导业务部门均从自身视角组织开发，较少考虑其它部门相关业务之间联动，更无法考虑与金三系统的规范接入与整合；二是各自遵循不同的业务规范，各自设计软件和数据架构，各自实行不同的数据入口控制标准，采用不同的数据口径，导致各软件之间无法实施联动分析，形成新的“数据孤岛”。三是由于新政策和新规范不断出新，需要软件配合不断升级，各软件自行升级后导致相互之间逻辑关系、数据关联不断产生新问题。很多应用软件功能单一，只能满足某个税种或者查询数据的需要，未能进行统一运用及整合。
（3）自行开发软件易用性不佳现象普遍。由于无法统一部署及统筹开发，自行开发的软件存在功能瑕疵不可避免，同时由于缺乏强有力的快速响应处理规范，各业务部门主管部门需要自行调动资源进行分散处理，因此自行开发软件的运用效果不佳的比例更高。
基层工作人员普遍反映各应用系统间的浏览器不兼容，对excel版本要求不统一；应用系统数量太多，且用户名和密码要求不一致，极易忘记用户名及登录密码。另外，对纳税人使用频繁的《网上办税平台》提出较为集中的意见，例如缺乏申报更正功能，导致纳税人回流至办税服务厅，加大了基层工作量的同时，纳税人对此意见十分集中，据统计截至2017年3月20日，此类纳税人达到6120户次，平均每个月超过2000人。
另外，部分自行开发的软件受到资源不足的影响，也导致软件应用和推广步骤较慢。
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