厘清上述各基本理念后，日本学者从基本概念出发，继续采用解释论的方式在独占禁止法条文框架内解决独占禁止法于实际应用中遇到的各种问题，例如：
1.对串标行为的规制
串标行为（日语：入札談合）在日本一般是指在由国家、地方自治体或私人举行的公共事业、大型工程等的招标中，投标者之间私下串通预先决定中标者的做法。[29]在独占禁止法中，串标行为被认定为典型的“硬核卡特尔”，应当作为上文提到的独占禁止法所禁止的“不正当的交易限制”（第2条第6款）行为加以规制。
然而，在实践中，串标行为并非能够简单地通过“行为要件+效果要件”的构造加以认定。这是由于，诚然串标行为作为“硬核卡特尔”明显实质性限制竞争且违反公共利益，但其并不完全符合典型的不正当交易限制的行为要件。
由于大型工程等所需时间往往较长，工程也经常被分段招标。投标者往往先达成串标的意向（即“基本合意”），再于发标方开始招标时进行具体的协调（即“中标调整”，日语：受注調整）。这样的“基本合意—中标调整”构造在理论上似乎能直接对应上文介绍的“意思联络—相互拘束”构造，但当串标行为构成独占禁止法规定的刑事处罚[30]时，对共犯的成立、罪数、时效起算点等的认定就成了问题（例如，不正当的交易限制到底是状态犯还是继续犯；尽管基本合意的达成即意味着不正当的交易限制，但基本合意的达成本身很难被发现与证明）。
对此，日本刑法学者主张如果将不正当的交易限制当作状态犯（这是因为他们认为如果将其作为继续犯，那么会导致行为期间内因人事变动成为负责人的自然人因前任的违法行为成为被告人的不公平结果），将各个中标调整单独作为违法行为看待。然而，由于串标行为历时较久，如果将其作为状态犯会导致距离基本合意较久的中标调整行为可能因诉讼时效已过而无法得到规制。因为，这一派主张为上文提到的“共同遂行”赋予独立意义，将基本合意作为“相互拘束”，将每次中标调整作为“共同遂行”。这样，由于“共同遂行”也成为有独立意义的行为要件，那么每次中标调整也就成了独立的犯罪，而不受距基本合意的时间问题的困扰。这被称为“状态犯+遂行活用说”。
与此相对，竞争法学者则主张不正当的交易限制为继续犯，因此也就没有必要将基本合意与中标调整分开看待，而是将其看成一个整体加以规制。这样也就不需要为“遂行”赋予独立意义，进而维持一直以来的独占禁止法的解释，这被称为“继续犯+遂行不活用说”。最终由于独占禁止法的修改延长了公诉的时效与除斥期间，遂行活用说的意义下降，“继续犯+遂行不活用说”成为通说与司法实践中的主要理论依据。但围绕串标行为的规制这一连串的讨论本身，可以作为独占禁止法的解释论应用的典型例子加以参考。[31]
2.独占禁止法的域外适用：本国需求者理论的产生
由于独占禁止法上并没有明确的域外适用相关条文，出现损害日本国内的竞争行为时，理论上可以不区分国内国外经营者而直接根据针对上述的各违反独占禁止法的行为进行规制。
然而，由于域外适用本身在实践上较为困难而且过去送达程序不完备等原因，日本对海外经营者作出的独占禁止法违反行为曾经并非直接通过相关法条，而是通过第6条进行规制。《独占禁止法》第6条规定，禁止经营者签订内容为私人独占或不正当的交易限制的国际性协定或契约。(www.xing528.com)
第6条的存在意义在于当域外适用较为困难及向日本国外经营者进行送达手续不完备时，[32]竞争执法机关可以根据该条要求在日本国内的合同当事人解除内容为反竞争行为的合同，进而达到规制该反竞争行为的目的。这种做法也被称为“间接的域外适用”。但是这种间接的域外适用会导致真正的违法行为人无法得到处理，加之2003年修改后可以采用公式送达方式，这种做法的意义越来越小，甚至有意见认为应当直接废除这一做法。[33]
在这一背景下，独占禁止法学界参考美国反托拉斯法的域外适用“效果理论（effects doctrine）”，从《独占禁止法》第1条的解释出发，着眼于第1条的“促进国民经济民主而健全的发展”的“国民经济”一词，发展出“本国需求者”理论（自国需要者说）。根据这一理论，独占禁止法中的“国民经济”指日本的国民经济；因此，当发生在国外的反竞争行为对本国（即日本）所在的需求者产生影响时，方可认为该行为对本国产生影响，进而本国有权对该行为加以规制。本国所在需求者所形成的市场被称为“本国市场（即日本市场）”。通过“本国需求者”理论，独占禁止法成功地规制了诸如海洋软管价格协议案[34]等国际反竞争案件。[35]
3.对知识产权相关案件的竞争法适用
由于知识产权（著作权、专利权、商标权等）本身属于一种独占性权利，对知识产权的行使是否会产生反竞争效果，如何协调竞争法与知识产权法之间的关系就成为包括独占禁止法在内的各国竞争法需要解决的问题。
面对这个问题，《独占禁止法》第21条规定：本法规定中不适用于被认作根据著作权法、专利法、实用新型法、外观设计权法或商标权法行使权利的行为。
这一条被认为是独占禁止法针对知识产权的适用除外规定。但问题在于，什么是“根据著作权法、专利法、实用新型法、外观设计权法或商标权法行使权利的行为”？应当如何判断一个行为是否符合这一规定？
对此，独占禁止法学界发展出了一套三阶段理论，又被称为“宗旨脱离理论”（趣旨逸脱说）。这一理论从前述独占禁止法的目的与知识产权的本质入手，即将《独占禁止法》第1条中的“排除技术等不当限制……发挥经营者的创意”与《日本知识产权基本法》第10条规定的“在保护与促进知识产权时……需要考虑到促进公正与自由的竞争”结合起来，主张知识产权法与独占禁止法的终极目的相通，两者是互相补充的关系。因此，尽管独占禁止法不适用于行使知识产权的行为，但当该行为损害独占禁止法所要保护的“公正与自由的竞争”时，即判断该行为脱离了知识产权制度的宗旨，不属于行使知识产权的行为。
具体来说，三个阶段为：其一，从行为外观上观察是否满足“行使知识产权的行为”，如果直接不满足行使知识产权的行为则直接适用独占禁止法；其二，如果外观上满足行使知识产权的行为则进入第二阶段，讨论该行为是否脱离知识产权制度的宗旨，如果符合宗旨则不适用独占禁止法；其三，如果行为脱离知识产权制度的宗旨，则讨论该行为是否满足独占禁止法的要件，即是否真正构成违反独占禁止法。[36]
宗旨脱离理论被独占禁止法学界高度评价为：“在尊重第21条条文的同时，扬弃对待各个学说的对立，可以说是巧妙的解释论。在并不无视作为明示的适用除外规定的第21条的存在，防止其不当的扩张的同时，有效确保了独占禁止法被明确地解释和运用。”[37]
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