据《史记·孔子世家》载，鲁定公十四年（公元前496），孔子由鲁国大司寇代行宰相职权，“诛鲁大夫乱政者少正卯”。此事详情细节散见于诸子书。如《荀子·宥坐》载：
孔子为鲁摄相，朝七日而诛少正卯。门人进问曰：“夫少正卯鲁之闻人也，夫子为政而始诛之，得无失乎？”孔子曰：“居，吾语女其故。人有恶者五，而盗窃不与焉：一曰心达而险，二曰行辟而坚，三曰言伪而辩，四曰记丑而博，五曰顺非而泽。此五者有一于人，则不得免于君子之诛，而少正卯兼有之，故居处足以聚徒成群，言谈足以饰邪营众，强足以反是独立。此小人之桀雄也，不可不诛也。”
《说苑·指武》所记大略同上，稍异之处有三：其一，诛少正卯的地点指实为“东观之下”；其二，“五恶”的第一条为“心辨而险”，第四条为“志愚而博”；其三，“进问”的门人指实为子贡。《孔子家语·始诛》所记也略同《荀子》，增多之文有：“戮之于两观之下，尸于朝三日”，又“心达而险”作“心逆而险”。
少正卯的五条罪状，大约属于后世所说的“异端邪说”之类。可以认为，这是历史上第一例思想言论犯罪大案。
关于少正卯其人，《论衡·讲瑞》篇言其与孔子同时在鲁国讲学，曾使孔门“三盈三虚”。这样说来，他们是学中敌手，互相争夺信徒，则孔子诛少正卯可能含有挟嫌报复、压制异门的成分。又汉儒高诱说少正卯是谄谀之徒，且说“少正”是其官称，“卯”为其名（见《淮南子·氾论训》注）。清儒孙星衍也说“少正”是官名，是“正人”的副职（见《尚书今古文注疏》）。明代何心隐讲章中则称“正卯”，似以少为姓。
汉代以来，“孔子诛少正卯”事被缙绅学者广泛称引。最先对这件大案产生怀疑的是读书别具只眼的朱熹。他说：“尝疑诛少正卯无此事，出于齐鲁陋儒欲尊夫子之道而造为之说。若果有之，则《左氏》记载当时人物甚详，何故有一人如许劳攘而略不及之？”（《朱子语类辑略》卷三）此后疑者渐多。与朱熹同时代的叶適，金元之际的王若虚，明王文禄以及清人尤侗、阎若璩、崔述、江永、梁玉绳等，相继叩疑辨伪。近代梁启超等人也认为其事不可信。明王文禄《海沂子·稽阐》言：“后之忌才而加之罪，皆驾言诛少正卯也……先儒尝疑不经见，且春秋禁专杀，殆秦汉谬传乎？或者诛即责也。孔子曰：‘于予与何诛’之云”。崔述《洙泗考信录》（卷二）就《孔子家语》所载加按语云：(www.xing528.com)
《论语》：季康子问政于孔子曰：“如杀无道，以就有道，何如？”孔子曰：“子为政，焉用杀？”……圣人之不贵杀也如是，焉有秉政七日而遂杀一大夫者哉？三桓之横，臧文仲之不仁不知，《论语》、《春秋传》言之详矣，贱至于阳虎不狃，细至于微生高，犹不遗焉，而未尝一言及于卯。使卯果尝乱政，圣人何得无一言及之？史官何得不载其一事？非但不载其事而已，亦并未有其名。然则其人之有无，盖不可知。纵使果有其人，亦必碌碌无闻者耳，岂足以当圣人之斧钺乎？春秋之时，诛一大夫非易事也，况以大夫而诛大夫乎？孔子得君不及子产远甚，子产犹不能诛公孙黑，况孔子耶？此盖申韩之徒言刑名者，诬圣人以自饰，必非孔子之事。且其所谓“言辩行坚”、“荧众成党”云者，正与《庄》、《韩》书中訾儒者之言酷相类，其为异端所托无疑。
崔述的质疑反映了辨伪派的基本观点：第一，其事始见于晚出的《荀子》、《家语》诸书，而《荀子·宥坐》及《孔子家语》都被怀疑是伪造，又不见于《论语》和《春秋》经传；第二，执政七日，以大夫诛大夫，不合事理；第三，孔子一贯倡“仁”，“首诛”之事不符合他的思想学术。这些看法不无道理，但毕竟是疑臆，遽断为伪似嫌鲁莽，不如疑以传疑。
胡适《中国哲学史大纲》，相信孔子杀少正卯事，梁启超提出批评（见《评胡适之中国哲学史大纲》）。
两千多年以来，“孔子诛少正卯”或被当作诛奸破邪的典型，或力辨其伪，虽然观点不同，大约都是为了维护“至圣”的权威。到20世纪70年代，这一疑案又被一些“崇法批儒”的人翻了出来，当作孔子迫害“新兴势力”的一大罪证，当然是别有用心的“古为今用”。
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