1902年9月，即陈独秀在安庆藏书楼开展第一次演说后，陈独秀迫于局势无奈返回日本，并与藏书楼演讲会的“盟友”潘赞化一同进入成城学校学习。在陈独秀首次回国的四个月时间里，东京留日中国学生的政治分野日益分明。
1902年冬，留日学生秦毓鎏、张继等发起一个新团体，名为青年会。青年会的倡导者本是励志社社员，故等于在励志社未解散之前一些学生便已“择励志会之意气发抒者”另立门派。陈独秀也是其中的一分子。
青年会“以民族主义为宗旨，破坏主义为目的”，招纳的会员是倡导革命的留学生，所以该会会员“是为留学生团体中揭橥民族主义之最早者”[15]。在正式决定成立团体之前，倡导者针对团体的名称展开了一番讨论，最初决定仿照意大利的一个团体名称“少年意大利”，将会名定为“少年中国”。由于考虑到此名称过于暴露团体性质，易引起清政府当局的注意，进而极有可能对团体的后期发展和相关活动的进行带来阻碍，故经再三研究决定“隐约其辞”，定名为青年会。青年会成立那天，署名入会者便有陈独秀、潘赞化、苏曼殊、秦立山等人。
陈独秀在青年会的署名为陈由己。事实上，陈独秀的名字众多，但众多名字之中，只有由己、三爱、独秀三名为自己所取。“由己”之名，是陈独秀1902年在东京筹组、加入青年会时首次使用的名字，1903年创办《国民日日报》时期亦用过此名号。“由己”即自由、凡事顺随自己，凡事经由自己思考而定夺，凡事由自己做抉择，不屈从、不归顺、不忘失自我，是为“由己”之名的含义。事实上，1903年之前的陈独秀，其言行举止便是对这一名号的最好诠释。也正是这种“由己”的独立、自由之精神使得陈独秀对于时势时刻保持着敏感而清醒的头脑。于是当同龄人都在“顺旧”时，他在“求新”；当多数人正在“化己”时，他早已大踏步地开始了“化民”的征程。
1903年，陈独秀作《题西乡南洲游猎图》，在诗中抒发了自己的志向和决心，阐发自定前程的“由己”之意：
勤王革命皆形迹，有逆吾心罔不鸣。直尺不遗身后恨，枉寻徒屈自由身。驰驱甘入荆棘地，顾盼莫非羊豕群。男子立身唯一剑，不知事败与功成。
以“由己”为名号的陈独秀作为创设青年会的成员之一，意味着其已然明确了自身的使命和自身未来的走向。
除在日本作为成员之一而组建青年会之外，陈独秀亦分别于安庆两次藏书楼演讲会上倡议组建两个团体，即青年励志社与爱国会。可以说，青年励志社与爱国会，是主要由陈独秀在国内组建的两个较早的团体。(www.xing528.com)
青年励志社所纳社员均是安庆地区思想先进之青年，社员每周一聚，集中阅读各类资料报刊并针对时事发表自己的看法。青年励志社的社员之间相互勉励，共同致力于思想的进步和社团的发展，以更新思想、砥砺志气为目的。1903年，受国内外轰轰烈烈的拒俄运动的影响，青年励志社社员开始进行军事训练，并效仿东京留学生组建拒俄义勇队，后因当局密令缉拿藏书楼演讲为首者，故社员遂星散，青年励志社亦相应解散。从根本上讲，青年励志社是陈独秀最早在安庆设立的一个文教活动的集中营。
安徽爱国会的创办亦是陈独秀所倡议。在1903年安庆第二次藏书楼演讲中，陈独秀着重强调要了解国内情势、提高爱国思想觉悟以及拥有健康体魄的重要性，此三者均体现在爱国会的章程中。
陈独秀在安徽爱国会章程中强调了教育对于改善社会现状的重要性。安徽爱国会《拟章》中规定的宗旨为：“本社因外患日亟，结合士群为一团体，发爱国之思想，振尚武之精神，使人人能执干戈卫社稷，以为恢复国权为基础。”关于安徽爱国会的职责，《拟章》“现办之事”项下列有二事，即出报、体育。出报，目的是宣传文化、学说，让民众丰富思想、提高觉悟、了解国情；体育，目的是养成民众健康之身体。二者均属于广义社会教育中所涉及的内容。
在安徽爱国会章程中，陈独秀对于体育的重视得到明确体现。章程规定爱国会社员“每日习操以二小时为率。惟学堂已有体操者，星期合操”。为了能够确保体操活动的实施，章程中亦有严格的纪律规定：“凡体操会期，必须人人到场。倘实有事故，可先期报明，违不报至三次者除名。”[16]
可以说，应陈独秀之倡议所办之实为一小型之社会学校，在其中涉及的内容颇多，主要包括：更新及丰富思想此学校智育之内容；呼吁众人爱国此学校德育之内容；涉及提高身体素质此学校体育之内容。称安徽爱国会为一社会学校，是因其公开面向社会民众，对比学校，开展的各类活动的范围、种类，受众更广、更多，具有的社会影响亦比学校教育广泛。
此外，陈独秀于1903年在安庆藏书楼演讲会上向公众所提的“爱国”与“强体”的主张，以及在安徽爱国会章程中所涉及的“尚武精神”“爱国思想”等内容，早有体现。陈独秀的好友汪希颜在1902年4月24日的家书中写道：“善乎皖城名士陈仲甫氏有言：‘蒙学莫急于德育，而体育次之，若智育，则成童以后未晚也。诚以德为人道之本，无德则体无以立，智必不醇。’”[17]
1903年前后的陈独秀已然将教育视为革命的重要手段。陈独秀通过接受新式教育和国外教育，以丰富、更新自身学识及思想，进而以己之力“化民”的事实，亦说明陈独秀自始至终看重的都是教育对个体及社会发展的重要作用。不过，此时期的陈独秀并未深入到教育内部，即并未对教育进行改革，其具体的教育思想尚未形成体系。
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