蒙古旧俗，汗位传给诸子中的一人，不专传长子，更少传授弟侄。儿子被指定为继位人，仍待部众集会推举，公认他的地位。这种集会，称为忽烈而台（大会议）。开会时推一人主议，与会人都有发言权，但绝少别举非指定人。铁木真的母弟哈撤儿善战立功，妖巫说，上帝将命哈撤儿代位，哈撤儿几乎被杀。铁木真生四子，长子术赤被疑为蔑儿乞种（孛儿台怀孕时被虏），兄弟共推窝阔台继汗位。铁木真依惯例，财产精兵，分给幼子拖雷。铁木真死，诸王、驸马及诸大将召开忽烈而台，众议多拥戴拖雷，斡赤斤（铁木真幼弟）、察合台二人力主维持原议，经四十余日的犹豫，才决定窝阔台继位。窝阔台死。遗命传位皇孙失烈门（阔出子），皇后乃马真氏矫旨立长子贵由，拔都为首的诸王不肯附和，经三次忽烈而台，贵由勉强得立。贵由死，拔都用武力拥戴拖雷子蒙哥，窝阔台、贵由、察合台三系诸王多方反对，经三次忽烈而台，继位权终于转移到拖雷系。蒙哥死，皇弟忽必烈正率兵攻宋鄂州，忽烈而台推举皇弟和林留守阿里不哥，忽必烈急回军至开平府（察哈尔沽源县北）自立为皇帝（元世祖）。战争凡五年，阿里不哥败降，蒙古忽烈而台制从此废弃。
忽必烈破坏忽烈而台，引起诸藩王的武力反抗。阿里不哥败后，窝阔台长孙海都（封地在和林北）联合窝阔台、察合台、钦察三汗国与忽必烈进行大规模的长期战争，至铁木耳时代，海都死，察合台汗笃哇降，窝阔台汗国灭亡，战争才暂时停止。忽必烈采汉制，生前立皇太子，希图确定帝位继承人，可是事实并不符合他的愿望。
忽必烈在位三十五年死。皇孙铁木耳立，在位十三年死。侄海山立，在位四年死。弟爱育黎拔力八达立，在位九年死。子硕德八剌立，在位三年被杀。叔也孙铁木耳（泰定帝）立，在位四年死。子阿速吉八立，在位一月余，海山第二子图铁木耳（文宗）起兵逐阿速吉八自立。同母兄和世㻋称帝，封图铁木耳为皇太子。和世㻋在位八月被杀，图铁木耳又立，在位五年死。子懿璘质班立，在位一月余死，和世
子托欢铁木耳立，在位三十七年，元亡。
自海山至懿璘质班凡八帝二十五年，一帝平均在位三年。当时皇后、皇族、大臣间行施各种阴谋暴力，互相杀夺，无暇顾及统治权的巩固，这是元朝不能较久存在的原因之一。
铁木真、窝阔台相继任用汉化的契丹人耶律楚材，草创了不少统治汉族的制度。忽必烈早年，就了解到统治中国，必须采用中国旧有的统治术，因此留心罗致儒生，如窦默、姚枢、许衡、刘秉忠一类人，都加优礼。这些儒生替他想了许多方法，元朝制度大体在忽必烈时代建立起来。
改国号——至元八年，依刘秉忠议，取《易经》“大哉乾元”的意义，改蒙古为大元。改国号诏书里说：“秦、汉、隋、唐原是一个小国的专名，作为全中国通称，未免不公。我现在做了万邦的共主，一切人民都是大元人民，并不强令充当蒙古国的人民。”
服装——蒙古侵入中原，依契丹、女真旧法，不强迫汉人改换衣冠，薙发打辫。庶民除不得服赭黄色衣，其余全存旧俗。儒生祭孔子，得用襕带唐巾行礼。
定都燕京——蒙古人筑城，从窝阔台开始。他选定和林作都会，筑四个城门的小土城。城内有两条大街，一名回族街，居住商贾，一名契丹街，居住工匠。东门买卖粮食，西门买卖山羊、绵羊，南门买卖牛及车，北门买卖马匹。规模简陋如此。忽必烈建都燕京，至元元年，改称中都（开平称上都），四年，中都东北筑新城宫殿。九年，定名大都。城周围六十里，城门十一座，比和林城大十倍，这就是现在的北平城。
制文字——蒙古本无文字，铁木真借用畏兀儿字，忽必烈始命吐蕃僧八思巴造蒙古新字。凡四十一字母，制成字一千余个，至元六年颁行全国，政府一切公文，限用新字作主体，各国文字作副体。新字只有平上去三声，没有入声，因入声轻呼便成平声。忽必烈定制，中原官吏限用蒙古语，江浙官吏得用汉语。各路设蒙古字学，汉官子弟多入学读蒙古文字，从此中国北部语音，受蒙古语影响，失去入声。
定官制——铁木真初起漠北，只有万户管军政，达鲁花赤（断事官或掌印官）管民事。窝阔台依耶律楚材议，始立十路征收课税使。忽必烈命刘秉忠、许衡定官制，内官最高有中书省管政事（宰相），统领吏、户、礼、兵、刑、工六部，枢密院管兵、马，御史台管纠察。次级内官有院（如蒙古翰林院、宣政院）、寺（如武备寺、太仆寺）、监（如司天监、回回司天监）、府（如大宗正府），外官有行省、行台、宣慰使、廉访使，亲民官有路、府、州、县四等。凡内外官长官必须用蒙古人或色目人（西方人），次官得用汉人、南人。元朝非蒙古人做宰相，只有史天泽（汉人，忽必烈时代）、哈散（回族人，爱育黎拔力八达时代）、太平（汉人，本名贺惟一，托欢铁木耳时代）三人。州县官元初多世袭，其中颇有中国降官，子孙相继袭职。忽必烈用廉希宪、姚枢、宋子贞等议，罢州县官世袭。五品以下官由行省自选，称为省选。图铁木耳时代，三品以下官也由行省监选官全权迁调。又元初百官，例不给俸，任令贪暴害民，后来虽然给俸禄，定职田，丝毫不能减少官吏赃秽的积习。
行省——忽必烈灭宋，统一中国，划分地方行政区，中书省直辖河北、山东、山西地，称为腹里。此外行中书省（简称行省）凡十一，岭北（治和林）、辽阳（治辽宁辽阳县）、河南、江北（治河南开封县）、陕西（治陕西乾县）、四川（治四川成都县）、甘肃（治甘肃张掖县）、云南（治云南昆明县）、江浙（治浙江杭县）、江西（治江西南昌县）、湖广（治湖北武昌县）、征东（治朝鲜京畿道）。行省制度，明、清以来相沿不改。
蒙古人向外侵略，与多种宗教接触，他们很快懂得保存被征服国的宗教，对自己非常有利，因此保护一切宗教，成为蒙古传统的政策。
此外，各派僧、道，都规定特殊待遇的法律。但如私撰经文，犯上惑众，为首人处斩，附从人各按轻重论刑。这就是说，宗教的作用只在欺骗人民，如果违反朝廷利益，那就该坐犯上惑众的重罪。
尊孔——蒙古人尊孔，用意与保护各宗教相同。法律上僧、道、儒并称三家。蒙古初侵中原，耶律楚材自称治天下匠，劝铁木真、窝阔台用周公、孔子的教义治中国。楚材推举儒生陈时可、赵昉等充十路征收课税使，陈时可等征得钱粮献上，窝阔台喜出望外，开始相信儒生可用。窝阔台围开封，索金衍圣公孔元措（孔子五十一代孙）并绣女、弓匠、养鹰人数十人。孔元措来见，即封为蒙古衍圣公，又敕修孔子庙，制备礼乐法器，赐洒扫户一百。忽必烈更知尊孔的利益，诏中外崇奉孔子，上都、大都诸路府州县各立孔庙，官吏岁时致祭，月朔释奠（祭祀），禁止军民侵扰孔庙。铁木耳给衍圣公官田五千顷，供孔子祭祀，特下诏褒崇道：“孔子之道，垂宪（法）万世，有国家者（朝廷）所当崇奉。”(www.xing528.com)
学校养士——窝阔台始立学校。忽必烈在大都立国子学，收学生一百人，蒙古人五十，诸色目、汉人五十。学生先读《孝经》《小学》（朱熹著）、《论语》《孟子》《大学》《中庸》，次读《诗》《书》《礼记》《周礼》《春秋》《易》。学生饮食及一切用费，由学田开支。各路府州县设立学校。又别设官立、私立书院。学校、书院生徒免一身杂役，优等生或用为教官，或用为吏员。学校各有学田，岁入听学官支配，名义上用途是祭祀孔子、师生衣食、救济穷儒，实际止供学官和儒生们分肥。至元二十五年，全国学校二万四千四百余所，大抵有名无实，所谓学生，多是求免差役的富豪家子弟。
南宋遗民郑思肖说，元分人民为十级，一官、二吏、三僧、四道、五医、六工、七猎、八民、九儒、十丐，谢枋得又说七匠、八娼、九儒、十丐。这当是宋末儒生纷纷降元，无耻可贱，行同乞丐，因而民间有九儒十丐的传说。其实元人既知尊孔，崇奉孔子的儒生，自然不会列在庶民或娼妓的下面。
科举——科举是儒生贪官的主要途径，元朝官员多用蒙古及色目人，排斥汉人、南人分润做官的利益，虽然汉官屡请开科取士，总被蒙古人阻止不得行施。爱育黎拔力八达延祐二年，始举行科举，蒙古、色目人第一场经问五条，在朱熹注《大学》《中庸》《论语》《孟子》四书内出题；第二场时务、策两道。汉人、南人第一场经问两道，朱注《四书》内出题；又经义一道；第二场试古赋、诏诰、章奏；第三场策一道。乡试（行省考试）八月举行，会试（省部考试）次年二月举行，御试（殿廷考试）三月举行。蒙古、色目人列一榜（称右榜）汉人、南人列一榜（左榜），录取名额两榜相等。蒙古进士授官比色目人高一级，色目人又比汉人、南人高一级。自延祐至亡国，仅举行七次，每次取士两榜总数最多一百人，最少五十人。汉人、南人尤其是南人想从科举得官，非常困难，朝廷虽然尊孔尊经，虽然封死去数千百年的伯夷、叔齐、微子、箕子、屈原、杜甫做公爵，可是活着的儒生连小官也不易得到，因此朝廷总不免失望怨恨。
蒙古侵入中原，就有一些所谓名儒投奔蒙古主人，献上典章、礼乐、制度、三纲五常等统治中国的儒学。这些人多被搜罗在忽必烈左右，待遇颇优。刘秉忠教忽必烈尊孔养儒，说孔子为百王师表，为万世立法。窦默习伊洛（程颐）性理学，见忽必烈，首言治天下必须三纲五常，正心诚意。窝阔台攻宋，命杨惟中、姚枢从军到南方求儒、道、释、医、卜等人。蒙古军攻破德安，屠洗全城，名儒赵复被俘，得姚枢救免死。赵复见家人尽殁，痛不欲生，夜中奔至水边，披发号哭，似乎想投水自杀；姚枢追到，劝赵复道，你读圣贤书多年，还没做过官，死了可惜，不如跟我到北方，可以传圣教，扬美名。赵复觉得有理，随姚枢至燕京，杨惟中、姚枢出钱建书院，聚书八千余卷，使讲授程、朱的道学，赵复俨然成了北方道学大师。他的弟子姚枢、许衡二人最著名，姚枢赞助忽必烈设计灭宋，立功不小，官至昭文馆大学士。许衡道学比姚枢更高，隐居河南（河南孟县），得忽必烈召命，即日入京，路上遇别一道学家刘因，因问你一招就去，不太快么？衡说，不如此，圣道不行。后来忽必烈又招刘因，因称病，有人问因，因说，不如此，圣道不尊。道学家无耻做作，都自称为了圣道。忽必烈命许衡入中书省议事，衡怕得罪大臣，称病固辞。忽必烈责衡道：“窦默屡言王文统奸邪，你为什么不说？是孔子教你这样做，还是你不遵孔子教？既往不咎，以后不许。”衡谢罪道：“圣道远大，臣读书所得甚浅建。”衡定朝仪，造官制，率弟子十二人教蒙古学生有功，官至集贤大学士，兼国子祭酒。比许衡稍后，有南宋名儒吴澄，自称传孔、孟、程、朱道统，降元做国子监丞，教授程、朱学，被尊为一代最大的道学家。
蒙古征服中国，官吏多用蒙古、色目人，残杀贪污，无恶不作。忽必烈信用回回人阿合马，专事搜括、贿赂公行。阿合马子呼逊做浙江行省平章政事（省长），被发觉的赃钞八十一万锭。其余因献妻女姊妹给阿合马得官的一百三十三人，因献财货得官的五百八十一人，这七百十四人贪赃当与呼逊类似。阿合马专权二十年死，又用卢世荣敛钱，搜括比阿合马更凶。卢世荣死，又用畏兀儿人桑哥理财，公开出卖官职、刑狱，门庭如市。江南官价最高，江南受害也最惨，杭州、扬州两地尤甚，人民嫁妻卖女纳赋税，无妻女可卖，窘迫自杀的动辄千百人。
桑哥与江南释教总统杨琏真伽合谋，发掘南宋诸帝、后坟墓（在浙江绍兴县），理宗赵昀的头颅特别大，取作饮器（一说饮器即溺壶。朱元璋灭元，始取昀头归葬）。诸帝、后枯骨杂置牛马枯骨中筑白塔，用赵构所写九经石刻作塔基，号镇南塔。杨琏真伽凡发掘宋帝、后、大臣坟墓一百一所，得殉葬金宝无算。后因他事犯罪，被查出的赃物有黄金一千七百两，银六千八百两，钞十一万六千二百锭（金银、钞数定多隐匿），私庇逃赋平民二万三千户，佃户五十余万人。
忽必烈的贪暴政治，他的子孙相继发展，铁木耳大德七年，一次发觉赃污官吏一万八千四百七十三人，赃钞四万五千八百六十五锭，冤狱五千一百七十六件。这只是下级官吏，有势力的赃官当然不在数内。
女真族侵入中原，因本族人少，不得不分给汉族士大夫颇大部分的权利，联合压迫汉族平民，维持自己的政权。蒙古族侵入中国以前，先已征服西域诸国，因此色目人（西域降人）被利用来压迫较后征服的汉族。为了分化汉族团结，故意造出汉人、南人的区别，政治上多少给北方汉族一些微小利益，使最后征服的南人怨恨北人，这样，蒙古族的统治地位，获得暂时的巩固。
当时各种族依贵贱分为四等。
蒙古族——有黑达达尼而伦派二十氏，塔立斤派九氏，白达达十五氏，野达达四氏。
色目人——有畏兀族（回鹘）、唐兀族（西夏）、康里族、乃蛮族、钦察族、阿速族、乌思藏族、回族等。
汉人——腹里汉族及契丹、女真通称汉人。曾有汉人在窝阔台前演影戏，影中有各国人，其中有一老人被系在马尾。窝阔台问这是何等人。答道，是蒙古兵俘虏的回教徒。窝阔台即令停演，取波斯及汉地所产宝物示演戏人道：“你们汉人的宝物比不上回族，我国里回教富人至少各有汉地奴婢数人，你们汉地贵人并无一人置有回教奴婢。你们应该知道成吉思汗政令，杀一回教徒罚黄金四十巴里失，杀一汉人仅罚驴一头。你们怎配侮辱回教徒。”在蒙古统治者看来，色目人比汉人贵得多，汉人止当得一头驴。
南人——黄河以南及南宋遗民称南人，受压迫尤甚。南宋亡后，城乡编二十家为一甲，使北人为甲主，衣服饮食由甲人供给，童男少女任甲主凌辱。妇女往往寻死，有的自动当舟妓，因舟人不设甲主，舟妓例不卖身。举这一例，足见南人比汉人更贱。
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