大学的价值来源于创新，来源于引领，来源于清新、活泼、有生命力的创造，生命需要扶持，需要给以自由生长的环境，而不能严以桎梏。蔡元培刚入北京大学时，学校旧思想拘束严重，腐败形象广为人知，知识传授上沿袭“尊孔”，教师聘用上则“不问其学问之浅深，惟问其官阶之大小”[10]。蔡元培在北京大学力主打破旧思想的拘束，开自由风气。他“素信学术上的派别是相对的，不是绝对的；所以每一种学科的教员，即使主张不同，若都是‘言之成理、持之有故’的，就让他们并存，令学生有自由选择的余地”[11]。
1918年秋，蔡元培在为《北京大学月刊》撰写的发刊词中提出：“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也……此思想自由之通则，而大学之所以为大也。……吾校兼容并收之主义，而不至以一道同风之旧见相绳矣。”[12]这被视为其“思想自由，兼容并包”办学思想的最初阐释。蔡元培在这一思想指导下采取的一系列举措受到了来自持传统社会思想人士的强劲挑战，但他没有保持沉默或退缩，而是给予了有理有力的还击。1919年3月，蔡元培在《致〈公言报〉函并附答林琴南君函》中，重申了自己“循思想自由原则，取兼容并包主义”的办学主张。(www.xing528.com)
根据上述思想，蔡元培在选聘教师、安排课程等方面充分体现了广泛的包容性：教师中既有鼓吹新思潮的陈独秀、李大钊，也有旧学深邃的刘师培、梁漱溟，既有20多岁的青年学者胡适，也有已过花甲之年的“清末怪杰”辜鸿铭；课程设置上则中西文化并收，既讲授国学文化，也学习居里夫人的研究成果。蔡元培让各种学派在校内共存，各种思想主张和学术观点任情抒发，而学生在比较和选择中确立思想观念和学识基础，在比较和竞争中完成对各学说主张的优胜劣汰。蔡元培“思想自由，兼容并包”的主张及成功实践，一时形成了百家争鸣的活跃局面，其观念对后世影响十分深远。
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