明代南疆云南、贵州、四川、广西、广东等省地形复杂，自然条件差别甚大，民族众多。除居有汉族之外，还有苗、瑶、黎、僮（壮）、罗罗（彝）、白、么些（纳西）、窝泥（哈尼）、栗些（傈僳）、阿昌、百夷（傣）、普米、俅（独龙）、景颇、蒲人（包括今布朗和德昂）、卡瓦（佤）、攸乐（基诺）、拉祜、藏、蒙古、回、布衣、侗、水、仡佬、仫佬、毛难（毛南）、越、布朗、独龙等少数民族，他们的社会发展极不平衡。元朝在少数民族聚居区建立了土官制度，各族各部头人世领其地，世领其民，拥有土兵，具有相当实力。元末，在各族人民反抗元朝暴政的同时，一些头人也力图结寨自保，割据一方。明太祖以武力征服割据势力，收降各部头人，逐步实现南疆的统一，建立军政机构。同时，又以怀柔政策，推行土司制度，稳定南疆，以便集中力量于北方。
（一）建立卫所、屯田和开发南疆的政策
明初以数十万军队平定南方各省后，为控制这些地区，镇压各部头人的反抗和人民的起义，将大部分军队留驻该地，在要冲地点建立军事卫所，隶属各省都司或行都司。在少数民族聚居的都司下，设都司土官，并将诸土司的土兵也纳入都司的管辖之下。都司和卫所的官员均由中央任命，土官可以世袭。为解决卫所兵员不足，招募当地汉族、少数民族入伍，收降元朝的驻军，将谪发、充军者编入卫所，又从各地籍选（抽丁）。未建州县地区的卫所，兼管军事和民政。如云南的金齿军民卫、澜沧军民卫、腾冲军民卫，贵州的普定军民卫、都匀军民卫、平越军民卫、清平卫、兴隆卫、龙里军民卫、毕节卫、赤水卫，四川的建昌卫、番宁卫、越巂卫、松潘军民卫等。
南疆地区大多山高路险，仅靠内地运粮，无法解决大批卫所军队的给养。因此，屯田在南疆势在必行。明代在南方的屯田有军屯、民屯和商屯三种。军屯即以卫所为单位，士兵“三分守城，七分屯田”，立屯堡，开垦屯种，由官方购买农具、耕牛等。耕种所获，作为军饷、储备和卫所官员的薪俸。民屯则由明廷从内地或人口稠密地区移民、招募、征丁或流放者到边疆开垦屯种。商屯是明代首创的，是由“开中”发展而来[1]。即明廷召盐商运粮到指定的地点，以换取国家专营盐场的“盐引”（提盐票据，一般大引400斤，小引200斤），商盐凭“盐引”提取盐后，可以自由贩卖，从中获利。后来盐商觉得长途运粮劳苦且获利不大，于是用金钱招募内地的贫苦农民，到边疆开垦屯种，以收获的粮食就地交纳，换取“盐引”，称为商屯。
屯田在南疆各省发展很快，至永乐时达到高潮。如云南的军屯、民屯、商屯遍及全省，屯种面积在150万亩以上，占当时登记在册的全省耕地面积的一半。明代到云南屯田的汉族有四五十万人（包括军屯29万），其他诸省也不在少数。
屯田对开发南疆，促进当地社会经济文化的发展起了积极作用。此外，明初又采取了一些开发南疆的措施。
兴修水利。洪武四年，修治广西兴安灵渠；二十三年，明廷命景川侯曹震疏浚四川永宁宣慰司所辖水道；二十七年，凿通广西郁林州南北二江之间的20余里长渠；二十九年，复修兴安灵渠；西平侯沐英疏浚滇池，消除水患；云南宜良的汤池渠水利工程长达36里，是由1500名屯军士兵开凿的。这些水利工程不仅解决了水患，而且使屯户和少数民族的田地都得到了灌溉，故“军民利之”，“夷汉利之”。水车、水碓、水磨等也得到推广利用。
修筑道路，设置驿站。洪武十五年（1382年），明朝统一云南后，招谕四川东川、乌蒙、乌撒、芒部诸酋长，“率土人随疆界远近，开筑道路，各广十丈，准古法，以六十里为一驿。符至奉行”[2]。次年，依耿忠建议，以其所辖松漠等处安抚司所属各长官司户口之数，“量其民力，岁令纳马置驿，而籍其民充驿夫，供徭役”[3]。洪武十七年，水西女土司奢香夫人自京师胜诉后，应太祖之要求，回贵州组织人力，“开偏桥、水东，以达乌蒙、乌撒及容山、草塘诸境，立龙场九驿”[4]。开辟了贵州与云南、四川的道路，便利了三省各族的交往，促进了贵州的发展。
兴办教育，开设学校。明代南疆也如内地一样陆续开办了学校，委派学官，设馆授徒，学习经史。“迄明，天下府、州、县、卫所，皆建儒学”，“盖无地而不设之学，无人而不纳之教。庠声序音，重规叠矩，无间于下邑荒徼，山陬海涯。此明代学校之盛，唐、宋以来所不及也”[5]。明廷还令各地土司选派子弟到京师入监读书，“敕国子监官善训导之”[6]。边疆地区也同内地一样参加科举考试，故明代南疆许多少数民族子弟也题名金榜，中举登进士。如以云南回族为例，仅保山闪氏一族，有举人、贡生、进士21人；蒙自沙甸一村有13人；玉溪龙门附近三个回族村有11人。在壮、白等族中，进士、举人也不少。明代在南疆少数民族中出现了一批著名的诗人和学者，这与兴办教育是密切相关的。
（二）土司制度和土流合治
明朝在平定、收降南疆少数民族地区各部时，承认元朝授予各族首领的宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官等官职，承认其辖区并保留其土兵。对元朝在各少数民族聚居的府、州、县所设的土官，也基本上以原官授职，设立土府、土州、土县。土司、土官皆世袭，由中央颁发符印，确定其等级、品秩和俸禄，并规定了承袭、考核、缴纳贡赋、应征等制度。允许土司在辖区内仍然保留其传统的统治机构和权力。这一制度普遍推行于南疆的云南、贵州、四川、广西和广东琼州（今海南省）等少数民族地区。明初至天顺时所设土司、土官如下：
云南，设宣慰司7、宣抚司3、安抚司3、长官司23、土知府10、土知州17、土知县6及其他土吏若干。
贵州，永乐十二年（1414年）建省后，由布政使司领宣慰司1、安抚司1、长官司52、“蛮夷长官”20；贵州都司领长官司12，另用土官15人。隆庆时，改贵州宣慰司为府，改普市千户所为安抚司，另增长官司2。
四川，设宣慰司1、宣抚司3、安抚司5、千户所8、招讨司1、长官司37、指挥使6，另用土官23人。
广西，设长官司3、土知府4、土知州32、土知县6、土巡检111人。
明朝规定，土司、土官承袭须经过一定的程序。本人事先应将承袭者呈报上司，造册四本，由都指挥使司、布政使司和按察使司各存一本，另一本报送中央所属兵部或吏部备案。本人亡故后，应袭者请求袭职时，须经上司勘合，取得上司印结、本人宗支图及邻舍保结，送中央吏部或兵部，奏请皇帝批准，然后赐予信符诰文，方为合法。袭职后须习礼数月。这些规定的目的是为了防止冒混或因承袭人不明而引起争端。土司、土官承袭，有子则长子继承，无子则孙、婿、妻、本家族、女及外戚均可承袭，故明代有不少女土司、土官，如水西宣慰奢香、建昌知府师克、武定知府商胜、东川知府胜古、乌撒知府实卜以及明末石砫土司秦良玉等，均名震一时。土司、土官也可以由本地乡老推荐。明廷规定，年15岁以上者方可袭职，如承袭者年幼，可由其叔伯等长辈“借职”管理本地，或由本家族人代理，或由协同流官管事，俟应袭者成年后，归政于本人。
土司必须定期向明廷朝贡，以此表明与明廷的臣属关系，明廷回报以丰厚的赏赐。各地土司朝贡分一年一贡、二年一贡或三年一贡。贡使人数只许五六十人，多不过百人。限每年十二月底前到京，按期到达者给全赏，逾期者给半赏。(www.xing528.com)
土府、土州、土县及其他土吏以三年为一考，土官本衙门将土官、土吏之事迹验实后申报布政使司和按察使司考核。政绩平常者，复原职；称职者，加赏复原职；不称职者，降一级另于缺官衙门补用。六年再考，九年赴京候黜陟。如犯有贪污、害民、劫夺、仇杀且事迹显著者，由按察司究治。
土司的土兵听从中央和都司的调发，作战有功者，按军功给赏，但给赏官至三级为止，或厚赏不升。
在平坝和交通便利的地区，长期以来汉族和少数民族杂居，汉族人口不断增加，生产水平较高，已向地主经济发展。明朝在这些地方设了府、州、县。其中有的与内地州县一样，由中央直接委派官员（流官）统治。另有一些地区因存在着世代统治该地的土官，如全部设流官统治，经常发生土官闹事或民族反抗，达不到预期效果。明廷便利用这些世袭土官，进行“土流合治”或“土流参治”。在土官势力较强的地方，以土官为主，担任正职，另由中央派流官任副职佐之，也起监督作用；在土官势力较弱的地方，由中央派流官任正职，任命原有土官任同知、通判等副职。土官无论正副皆世袭，流官与一般州县一样，任职有期限。明朝在广西、云南的内地和广东、四川、贵州的部分地区就实行这种统治办法。
在土流合治的府、州、县，贯彻了与内地相同的赋税制度。明廷根据该地区户口、人丁和田地的多寡，直接征收田赋、课税和派差役。土官所拥有的庄园也被列入国家规定的“民田”之中，承担着国家的赋税。同时，明廷又在土官的辖区内建立军事卫所，派进大量的军屯和民屯户。明初，对这些地区在赋税上还比较宽松，“蛮方僻远，来纳租税，是能遵声教矣。逋负之故，必由水旱之灾，宜行益蠲免。自今定其数以为常，从宽减焉”[7]。后来，由于土官辖地不断被卫所占取，故不断发生纠纷。
（三）改土归流
明朝推行的土司制度对瓦解元朝的统治，争取边远地区各部头人的归附，稳定南疆和加强中央对少数民族地区的统治，曾起了一定积极作用。但是，随着社会经济的发展和明朝中央集权的加强，土司制度的弊端和各种社会矛盾越来越突出了。明朝对南疆的开发及汉族大量进入这些地区，促使那里的地主经济发展起来，而在土司制度下，奴隶制和封建领主制严重地束缚着生产力的发展；土司有意保留落后的制度和习俗，抵制汉族文化的影响；土司拥有土兵，又领土，管民，往往形成与外部隔绝的割据势力，与中央相对抗或发动叛乱；土司之间为争夺领地互相兼并，不断发生仇杀；土司往往因争夺承袭权而发生内讧。土司和明廷的双重剥削、压迫和无休止的征发，引起各族人民反土司、反明朝的斗争。这些弊端和矛盾，使土司制度失去明初招抚、安定边疆和加强明朝统治的作用。于是明朝在一些矛盾比较突出的土司统治区开始实行改土归流。
永乐时，思州、思南二宣慰因争地仇杀，又拒绝明朝的禁令，明廷派兵平息后，分其地为八府、四州，设贵州布政使司，派流官统治，贵州最大土司田氏被废。宣德初，贵州永从蛮夷长官李瑛卒后，无人继嗣，改设流官。嘉靖时芒部军民府因争夺承袭权被改土归流。嘉靖末广西龙州土知州与副使仇杀被改土归流。万历年间平定播州土司杨应龙叛乱后，在该地设遵义、平越二府，分隶四川、贵州省，改土归流。也有因当地群众要求而改土归流的，如弘治年间贵州金容金达长官司何伦父子被明朝论罪处死，应民众之请改设流官。云南省的鹤庆、寻甸、广西、武定、顺宁等府，也先后以各种原因被改土归流，土州、土县被改土归流者也不少。明朝有时也采取使土官流官化，选派一些土官到中央或其他地方担任流官，成为改土归流的一种形式，如云南安宁土知州董赐、景东府土经历杨大用等就被任命为流官。
改土归流的主要内容是改土司为府、州、县，由中央派官员治理，或废除府、州、县中的土官，全部由流官统治，同时丈量土地、额定赋税、设兵防守等。改土归流有利于加强中央集权制，但明朝的改土归流只是开始，也是不彻底的。
[1] “开中”，明廷颁布三盐法之一种，又称“中盐”。中盐例规定，商人运粮入仓，凭引赴各转运提举司照数支盐。下文“盐引”例即仿此而来。
[2] 《续文献通考》，卷二四一，《四裔五》。
[3] 《明史》，卷三一一，《四川土司一》。
[4] 《贵州通志》，《土司志二》。
[5] 《明史》，卷六九，《选举一》。
[6] 《明史》，卷三一二，《四川土司二》。
[7] 《明史》，卷三一六，《贵州土司传》。
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